人和小鼠心脏之间的差异远大于人的心肝脾肺？

终于开组会了，小哈从宏观上熟悉了实验室所有成员的课题。最（hao）欣（jiu）喜（jie）的是见到了久闻大名的莫医生。。。

莫医生：小哈，我想做两个亚型的转录组对比，希望发现一些能够用来分型的biomarker。已经测了一个亚型的几个肿瘤样品，另一个亚型的组织不好搞，最近才攒了一些，你帮我看看需要测多少个样品合适？

小哈：莫医生，我先问你个问题吧！你说人的心脏跟小鼠的心脏更像呢？还是人的心肝脾肺之间更像？

莫医生：人和小鼠的心脏更像。

小哈：去年12月份，PNAS上发表了一篇文章，发现同一物种的器官之间的相似程度大于人和小鼠的同一器官。

他们用了96套人和小鼠RNA-seq的公共数据，画了个主成分分析的图。圆形的是人的各个器官，三角形的是小鼠的各个器官，你看，三角形和圆形明显分布在两片区域。

这96套数据中的13套出自同一实验室，单看这13套数据，也看到了相似的现象。

随后又从管家基因、生物学重复、表观遗传标记等方面进一步分析。。。总之，就是人和小鼠之间的差异是很大滴~~~

用小鼠做模式生物要小心喽！

如此颠覆性的结论在国外某论坛上引起了热烈讨论，俩外国方舟子瞟了一眼数据，发现：

the human and mouse tissues were sequenced in separate lanes and on separate runs! In other words, the inter-species comparison they were testing was completely confounded with a well-known batch effect: sequencing run (and lane).

人和小鼠的组织被放到到了各自不同的run里面测序！换句话说，物种间的差异是众所周知的批次效应导致的！

有图有真相：

人的器官在同一个run里面，小鼠的器官在另2个run里。1个run相当于跑一次电泳，想把不同次电泳的结果放到一起比，需要消除批次效应。

于是两个外国方舟子又试着消除批次效应，无奈都是garbage in, garbage out。

莫医生：想搞清楚这个问题，该怎么办呢？

小哈：重做实验，把所有需要对比的样品放到同一个run里面跑。

莫医生：。。。

参考资料：

Lin S, Lin Y, Nery J R, et al. Comparison of the transcriptional landscapes between human and mouse tissues[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2014, 111(48): 17224-17229.

http://www.molecularecologist.com/2015/05/another-lesson-in-genomics-experimental-design-and-avoiding-batch-effects/

说好的遗传病家系呢？请待下回分解。

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