你的lncRNA是否因SNP而发挥了不同的作用？导致预后的不同？
组会上，小哈遇到莫医生，盯上了莫医生手里那40多个肿瘤样品的lncRNA-seq数据。
小哈最近在搞lncRNA的SNP分析，有些lncRNA上的SNP位点影响了其二级结构，使其结合到蛋白质或miRNA的能力发生改变，亮瞎眼的作用机制哇！
莫医生手里那40多个肿瘤样品，已经做了lncRNA-seq，里面是否存在GWAS tagSNP位点？跟临床follow-up数据结合起来分析，找到某个lncRNA的SNP位点跟预后有相关性，就太牛X了~~~
风师姐把正在忽悠莫医生合作的小哈拉过来，你先别管那高通量的，来看看我手里这一个lncRNA，上面有没有SNP位点，我想在肿瘤组织里检测一下，看看跟预后有没有什么联系，也许能够成为新的biomarker呢！！！我手里这些临床样品的预后信息都很准确的呦~~
如何查找某个lncRNA上的SNP位点？
有个大而全的lncRNASNP数据库
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/
收录了人和小鼠3万多条lncRNA上的SNP，包括人的495 729个和小鼠777 095 SNP位点。其中142个人lncRNA的SNP是GWAS的tagSNP，197827个lncRNA的SNP在GWAS连锁区域。
点击SNP ID，其中rs1054626位于GWAS连锁区，附近有一个tagSNP rs12750249。
点击Pubmed下面那个链接到这篇paper：
2013;9(1):e1003225. doi: 10.1371/journal.pgen.1003225. Epub 2013 Jan 31.
Loci associated with N-glycosylation of human immunoglobulin G show pleiotropy with autoimmune diseases and haematological cancers.
这个tagSNP跟自身免疫疾病和血液系统癌症高度相关。
注：旁边有tagSNP有什么意义？
SNP是分布在动物基因组中非常常见的一种分子标记。在人体中每1000bp就可能有一个SNP。需找SNP的目的是为了做连锁分析，在现在先进的技术里，还可以做全基因组关联分析（GWAS）。然后说说标签SNP（tagSNP），这个涉及到单倍型的问题（对单倍型稍微讲解一下！三个SNP假定是G、C突变，G、T突变和A、T突变，但不是说这些突变在单倍体染色体上里是随意组合的，而是趋向于一种组合方式，比如一条染色体是GGT,另一条是CCA）。因为在基因组中，有些区域是较为紧密连锁在一起的，这个区域可大可小，组成一个单倍型框，在区域里也会存在多多少少的SNP。人们没有必要把这些SNP都找出来，因为它们往往就像是捆绑在一起的。于是从中选出一个代表性的SNP，它可以反映这个区域的情况。然后就方便人们继续做关联分析！继人类基因组计划之后，还做了单倍型的图谱。这也是标签SNP的应用。
有了这些GWAS tagSNP或连锁区域的SNP信息，还可以用关联的疾病给lncRNA-seq的差异表达lncRNA做富集分析！
SNP造成的lncRNA高级结构的改变
新的结构：
SNP位点对miRNA binding的影响
靶向结合lncRNA的miRNA：
SNP位点使得lncRNA获得新的miRNA结合
SNP位点使得lncRNA丢失了miRNA的结合
手里有肿瘤组织，想做lncRNA-seq？一定要结合SNP分析一下，别错过找到新biomarker的机会。
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