ATAC-seq检测CD8+T细胞感染病毒后分化成的不同亚型细胞的染色质松散程度差异

这个月20号刚出来的文章，发表在Immunity上，IF=24

作者研究naive CD8+ T cells在感染病毒过程中，分化成不同的亚型细胞，采用ATAC-seq和RNA-seq手段，联合motif、ChIP-seq数据和MeDIP数据，比较不同分化亚型T细胞的染色质松散程度变化。

用于ATAC-seq的细胞获取流程：

1、不同分化亚型的T细胞的ATAC-seq signal 之间比较和聚类：

2、效应T细胞和记忆T细胞的ATAC-seq peaks聚类比较

3、效应、记忆和exhausted T细胞中在几个基因位点的ATAC-seq信号强度，及RNA-seq检测到的这几个基因位点在不同类型T细胞的表达水平

4、与Memory cells相比Memory Precursor Effector Cells 和Short-LivedEffector Cells之间更为接近

5、特殊抗原病毒感染下的Effector,Memory, and Exhausted CD8+ T Cells之间的对比

6、比较naive cells,effector cells, SLECs, MPECs, memory cells, and exhaustedcells的差异ATAC-seq位点，在位点上富集已知的motif位点，并和ChIP-seq、RNA-seq数据overlaping，最终筛选出在CD8+ T Cells中的这些差异位点结合bhLH, bZIP,HMG, T-box, NR, and RHD Family TFs

7、体外实验不同类型T细胞转染逆转录病毒NFAT-CA-RIT突变与未感染 Mock之间的Dynamic对比

小编的话：这篇文章中的图表都很炫酷啊，自2013年首篇ATAC-seq文章发表以来，ATAC-seq就以它相较DNase-seq、ChIP-seq和Mnase-seq的优势受到科研圈的广泛关注。嘉因生物ATAC-seq即将上线，敬请期待。

讲到这里，我不禁要默默地打一个广告，上海嘉因生物公司是上海仅有的一家提供稳定ChIP-seq实验服务的公司，解决ChIP-seq实验难的问题，且后续生物信息分析专业深入，还能根据客户需求定制分析。如有ChIP-seq实验及数据分析、公共数据挖掘需要，欢迎联系我们。

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