不懂生信，不装Linux，也能Run代码—Windows系统的Linux命令行工具Babun

泡实验台的生物人中，偶尔出现主动学习并实践生物信息分析的佼佼者。

没错，就是佼佼者，他们的路越走越宽。

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现在ENCODE啊，ICGC啊，这些国际化大项目往往都把分析的源代码公布出来了，还有一些特靠谱的作者直接把代码跟文章一起发表了。

就像发表实验protocol一样。

代码都拿到了，您距离run起来只差一层窗户纸。

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R

如果只是R代码，在Windows系统下就能搞定。

安装

下载R和Rstudio，傻瓜式安装，然后双击打开Rstudio。

设置路径

在Rstudio右下角区域找到Files选项卡，点击右边那三个点...，选择你文件所在的位置。点击More，点击Set As Working Directory。

Run脚本

点击Rstudio左上角的Files，打开代码文件：文件名.R。

查看以#开头的说明文字，了解需要哪些输入文件，以及输入文件的格式。

如果看到library(包的名字)，通常需要安装()里面的包，方法如下：

install.packages(包的名字)

或

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("包的名字")

每按一下Ctrl+Enter就会Run一行。

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Babun

如果是python、perl、shell脚本，在Windows下用Babun就可以运行，还能在里面装生物软件呢！

安装

进入http://babun.github.io/，点击Download Now直接下载

解压缩，双击齿轮图表的install

看着黑色终端窗口里的字母数字飞快向上跑，顿时化身进入黑客帝国。

等窗口里的内容不动了，安装成功，叉掉窗口。

装哪去了？怎么打开babun？

它在用户文件夹里，就是Windows系统我的文档、我的图片等文件夹所在的地方。

打开.babun文件夹，双击俩齿轮图标的babun，您就打开了新世界的大门。

你可以把这个小黑窗口当做Linux虚拟机，而不会像虚拟机那样占空间占内存。

装软件，跑脚本，无所不能。

设置路径

先在babun窗口里输入cd和空格，然后拖拽一个你感兴趣的文件夹到babun窗口里，cd空格后面就会出现这个文件夹的路径了。

然后，就当babun窗口是一台Linux电脑一样用吧！

Run代码

想Run python、perl、shell脚本，就在窗口里写下./脚本文件名.pl，或文件名.py，或./文件名.sh，和参数、输入文件。

具体参数、输入文件和输出文件的格式，您要看脚本里面前几行，以#开头的说明文字。

好啦！窗户纸捅破了~

Run起来吧！