课题方向选择、基金申请、艺术交流 —— 且听IBW2017大会报告人讲述自己的亲历经验
又有小伙伴儿分享IBW2017参会感受，让我们得以从不同角度，全方位学习生信大牛们的经验。
这是为数不多的生信专业课题组维护的公众号之一，该课题组在张岩教授的带领下专门从事计算表观遗传学的研究，是国内较早开展相关研究的Lab，做表观遗传学的小伙伴儿快来关注。
原作者特殊声明：本报道总结归纳比较仓促，对专家所讲领悟欠妥、不深之处，还望各位海涵。
【座谈】课题方向选择、基金申请、艺术交流 —— 且听IBW2017大会报告人讲述自己的亲历经验
1 选课题、选方向
Dr. Qinghua Jiang：每逢开会、论坛，都会有很多国内、外不同地区应邀而来的、做的非常不错的专家参加，并做出口头的学术报告，那么各位专家是怎样来选择一个好的方向、一个好的点去做呢？
Dr. Wei Li：老师和学生之间存在一个定位，有的时候老师把课题全选好了，完了学生去做；有的时候老师不管，学生完全自己去想、自己去做，这两个都不行；我们所以的课题都是老师和学生之间进行非常紧密的互动，而且idea大部分都是学生自己产生的，因为老师没有足够的时间和精力去抓一个具体的课题。有时候，也会看到一个东西、很好玩儿，但没有任何的idea，不知道怎么去做，然后找个学生去尝试，他会做的非常基础、非常扎实，然后在讨论的过程中，我们再慢慢、慢慢的确定一个新的idea，确定一个新的direction。这个时候就是完全的看到一个东西很好玩才去做，所以没有想过这个东西将来会不会有什么用。比如说大概去年我们发了一篇nature genetics，做得是Broad H3K4me3与tumor-suppressor genes之间的关系，但是我们只是看到了肿瘤样本中存在Broad H3K4me3，但是并不知道他到底和癌症发生有什么关系，所以就安排一个学生去做试试看，然后很偶然的就做了一年的时间，发现是与抑癌基因转录延伸和增强子活性相关的。所以说，有时候，一个非常偶然的事情，如果你非常有兴趣，那么花时间去慢慢的培养培养也是可以的。
Chen, K., Chen, Z., Wu, D., Zhang, L., Lin, X., Su, J., … Li, W. (2015). Broad H3K4me3 is associated with increased transcription elongation and enhancer activity at tumor suppressor genes. Nature Genetics, 47(10), 1149–1157. http://doi.org/10.1038/ng.3385
Dr. Xiaole Shirley Liu：我们一般找课题的话……第一个，你得知道什么比较重要，比如说我就知道immunology，决定要做了，就一定要坚持下去，几年能不能挺的住，否则这个方向就咔咔，就不要开始；第二个，一定要知道自己有什么优势，可以让postdoc自己多想几个方向，然后针对自己团队的优势选择有力的方向去做。Postdoc刚来的第一年可以是处于放养状态，想做什么就做什么（当然，学生不可以这样培养），你可以帮着做一些判断，哪个可行、哪个不可行；到第二年，实在不行，还可以进行课题的安排，还是来得及的。Basic一定是这个方向很重要，并且我们得有一定的优势，然后才是想办法去做。
Dr. Han Liang：我找方向比较随机。我2001年之前读的是化学，然后到了MD Anderson读的是分子进化，到芝加哥做博士后，从进化角度做miRNA、lncRNA，做不同物种的比较，不同的pan-cancer，到了2008年、09年找工作的时候，赶上了经济危机，后来去了MD Anderson，正好赶上做TCGA，这时候已经有十几个癌症的data出来了，针对单个癌症的分析都已经做过了，就发现研究pan-cancer其实是很重要的。当时，我们组里有4个人（一个postdoc，3个学生），允许每个人交一个subject，然后报一个项目，我就给每个学生分了一个项目。另外就是，发现需要有个connection（net work），就是去找大牛合作，但是人家可能不愿意带着你，这时你可以选择和他们postdoc合作，形成一定的联络，所以说出来开会的时候，要和别人communication。我内心其实是很care的，你如果要是和别人一说，别人要是再不理你，其实是不太好的。后来就鼓励自己，要是看到了这个人站在那儿了，一定要去和他交谈，发现自己在犹豫的时候就是直接过去和他打招呼。然后，发现直接去说也不太好，就是先找一下别人发的文章，然后通过聊paper和别人去交流。所以说学术学术，就是有学也有术。学，就是要培养自己的长处、优势；术，则包括很多内容，第一个就是community，第二个就是network，等等。
Dr. Yi Xing：一开始的时候，资源没有那么多，选方向一定是很重要的，我得选一些自己感兴趣的，还得有一些积累的，同时还得是不是每个人都在做的，稳定之后可以向其他的地方扩展，我比较喜欢的一件事情就是，把一个方法带到另外的一个领域里面去。
Dr. Sheng Zhong：我选方向，发文章，文章发在哪里没关系，只要是30年之后人家翻出来说当时有人想过这个事儿。
Dr. Yunlong Liu：我从来没有在一个star的university受过training，或者是star的lab，做得一直是一些home biology，或者是自己想的方向，博士后是在生物化学系，从养细胞开始，去做一些molecular biology，然后就是没钱招postdoc，只能是找便宜的。不是特别努力，两年发了11篇文章。一开始完全就是像Shirley说的这个level 1的水平，就是帮助很多人分析一些数据，然后做一点自己感兴趣的东西。要知道自己有一些什么样的background，然后去进入一些新的方向，通过读一些paper学一些东西，他们不可能把所有的内容都cover，我觉的这个非常重要的。可以通过和别人合作学习，渐渐的建立起一个研究的方向，不要觉得自己是草根就没得可做，真是像Dr. Sheng Zhong讲的，你找一个自己感兴趣的去做，然后像Shirley讲的就是去读paper，把一个领域彻底的去了解，然后再去看哪些是你可以去做的，bring一些libraries进来，再去深入的展开，以后会是一个什么样的情形的话，还是值得去拭目以待的，这就是我的一些想法。
Dr. Li Yang：我现在去的是生化系，看看他们在做什么。找一些local的、好的合作者。一开始，我比较lucky，老板刚拿了项目，我就可以多招几个postdoc，有的人你可以给他讲讲你想做什么，他可以做的比你想的还要多，做得还会很不一样，但是是很好的一面；有些可能就是你给他说什么，他给你做什么，一模一样的，需要多去交流一下，让他有兴趣，这样就能拼命的往上去做。
Dr. Wei Wang：我可能比较另类，我不是特别认为自己是做生物信息的，我认为自己是做computational biology的，我觉得选题是要有一些目标的，是要围绕着这个的，当然也得是为了生存考虑，所以得是做点能拿到钱的，或者能发paper的。一些重大项目可能需要非常非常长的时间，而且不一定能发到最好的杂志上，但这样的工作可能从长久以后还会闪亮，可能也会在历史上留下一定的印记。比如说，大家感叹JMB（Journal of Molecular Biology）现在的IF可能只有2点几或者3点几，而他在十几年前，大概2000年左右，影响因子在5点几，那时候nature可能达到20几分吧，20分出头，那现在nature到38了，他现在变成了3点几。但是JMB做为一个老牌的Journal，很多有影响力的基础工作还是发表在了这个杂志上面。这也就是说理想和现实之间还是离得比较远的。当然有的project也是牺牲了好几个postdoc，什么都没有做出来，不过我觉得还是得有一些坚持。随着你慢慢的做起来，可以去选择一些collaborator，当然也会有很多人来找你，我觉的你也应该存在一个主导地位，不能他让做啥你就做啥，一定要在一个平等、互利、合作的基础上，这样才能够比较长久。
1 申基金、报项目
Dr. Qinghua Jiang：我们现在运行一个实验室，干什么都是钱，我们在坐的各位有成功的经验，也有这种失败的经历，请大家介绍一下如何去申请基金、重大项目、title？
Dr. Shuhua Xu（最新一批国家杰青）：现在都是站在international的视野上去考虑问题，基金的申请，这个过程，现在看起来还是不错的，大多数都是失败的，杰青虽然是拿到了，但是我是申请了五次，上会是两次，这个过程其实是很艰辛。国内自然科学基金：中科院主要是3个；对大多数人都一样的就是NSFC（包括重大研究计划），大家都可以申请的，再有就是科学院的一些项目；第三个就是地方政府的项目。我开始拿到的是面上项目，现在大家都是从青年基金开始的。开始就是做一些简单的、基础的工作，后来手上也有一些钱了，就做一些whole genome的sequencing，做下来发现这就是个坑，有了自己的data就开始需要有好几个人去做，建立一个team，然后就发现需要去产生更多的data，负担就变的越来越大，就需要不停的去写grant、写report，去答辩，最后就是还不如之前自己一个人去写code，产出却不成比例。所以说，基金不一定要拿到很多钱。再说一下人才项目，这个应该是一个多因素的问题在里面，我相信做的好的都是有机会去上的，我们这个领域其实之前国家是不怎么会给到钱的，幸好中国呢有个评估体系，那就是count你的paper，当然这个也不是长久之计，我们也在讨论这个IF今后是不是该继续去看。那么可能对于年轻的PI来说的话，还是要去拿更多的基金，发更多的paper，可是回过头来讲，到50岁、60岁之后，可能会发现在这个history上没有留下什么特别重要的东西。还是会后悔的，开始可能过的还蛮不错的，就怕以后觉得在这个field里没有什么impact。
Dr. Sheng Zhong：申请基金主要是靠听老板的话。当学生的时候，好多事儿经常自己觉得是对的，但实际都是错的。老板和我说的话吧，经常需要好久才能反应过来他和我说的是什么。
Dr. Wei Wang：我觉得写grant最重要的还是novelty，一定要有创新性才行，另外就是要写的能够肯定自制review的，因为拿来grant第一反应就是reject（至少我是），包括审稿，然后才是看能不能被其一步步的说服，挑不出毛病来，做的东西也是非常的expected。当然不同的reviewer之间有时候也会有很多不同的意见，别人说你好，得从你写的东西里面来argue你写的好，你哪怕有个citation，告诉review你这p value是多少多少，怎么来的，然后支持你的人就会去找，说我看了这个paper，的确是这样的，那么如果你没有，这就不行了，我不知道国内是什么情况，现在国外是写的越来越短，但是即使再短，你这些该有的东西你还是得有的，一个都不能少。所以作为一个review在审，就会看你是不是novel啊，detail有没有啊，technology是不是acknowledge的呀。要给支持你的人写一些有用的证据来使用。
Dr. Wei Li：大部分美国高校是给你三、四年的时间，如果拿不到RO1的话就离开。最深的体会就是你一定要在你这个领域做出了一个成果，在你初步的结果里面已经有prove data，甚至是已经发出了high impact paper，我作为一个review，我会特别喜欢看你已经发表了的工作，因为你没有发表的东西的话，你写的天花乱坠的也没有用，我不可能是你这个领域的特别的专家，大部分是我大概懂一点，但不是完全懂，你写的天花乱坠的我也不知道你说的对不对，但是如果已经发表了工作，经过了严格的同行评议，我相信那是真的，也就是说你挖金子，第一铲子就挖到了，你说再给我20W我能挖到更多的，那我就比较相信。所以说在拿基金的方向上一定要在过去的几年有发表过文章，否则一定是找个理由毙了。所以说比较自豪的是，我写的四五个基金上，基本就是写一个就中一个，没有被退掉的。所以，我的经验就是等我文章发表以后，我就立马花时间写一个grant，然后去申请。
Dr. Yi Xing：我就有点不一样了，我一般写四个才能中一个。我就说一点吧，其实review在读grant的时候他们是很烦的。我的感觉就是，重要的东西你要在grant里多说几次，就像免疫系统，同样的事情，他有几个方面来完成。我renew过一个grant，其中有两个review比较赞成，另外有个review反对，说对RNA-seq分析不太了解，比如你分析剪切，你怎么把剪切信号和基因表达的信号区分清楚，所以就比较奔溃，然后就找我们的project officer去谈，就讲你毕竟得保证每个grant所有人都能读懂，就像Wei Wang老师说的，你得让喜欢你grant的人在讨论的时候能找到依据帮你去说好话。你如果把一些重要的东西在简介里面说、在数据里面说、然后highlight里说几遍，就可以让别人比较容易找到你讲的事情。其实这也会被人认为是写作能力比较差，重复的东西说了好几遍，但是这至少说明这个东西他看到了，所以，写grant还是需要有些技巧的。
Dr. Xiaole Shirley Liu：我的感觉就是说，写grant还是有一些经验的。一个组里要是想要有一个好的良性循环，一定要把组里的学生尽量的把他培养好了，创立一个新的direction，让自己的学生尽快的去把全国的位置都占了，你才是老大。现在很多大组的postdoc都已经出来自己带团队，所以要把这个练出来，写grant就是一种手段，通过写你就会明白实际上这个事情是这么做的，就会对结果有个计划，对实验设计上还是有一定的帮助的。你写一个东西一定要懂得most of the reviewers don’t understand你到底要做什么，所以你要把他的重要性和你大概要做什么，你的这个unique放在第一页纸中讲出来，大概要有个idea，不要都说大话、空话，都这样印象肯定会不好。其实还有个招，我不敢说是成功的例子，但是至少我试过，就是在一个新方向上你拿到了grant，就乘着机会多写一些，尽量多拿几个，然后几年之内就可以不需要了。
Dr. Ge Gao：国内经费（grant）和人材项目（title）这两个事情实际上不太一样，我觉得以我自己的体会的话，至少在未来的五年内大家不用担心生信的经费弄不到，稍微解释一下（科技部、基金委、卫计委开会），这些是自然科学基金，另外一个就是科技部的重大研究计划（精准医学、慢病、生物安全），大家都觉的要和生物信息联系起来，每年在报计划的时候就总会有人找推荐做生信的，太需要这方面的人了，然后就是基本上想拿就都能拿到grant。重大研究项目需要一个首席加上四个PI，之前已经启动了60几个项目，也就是说至少有300个人已经被锁在项目里了，那么在全国下来，能有多少可以申报的，里面做生信的需求还是很大的，说这些我想说的就是大家不要担心没有grant，也许该担心的是不要卖的太便宜了，你不能老是给别人去打工，应该是一种更平等的合作。另外一个就是人材项目，每年是定额的，有人上去了，别人就上不去了，所以说人材项目实际上是比较难的，生信上拿帽子实际在国内是比较吃亏的，因为人家不认为你是有identity的，觉得你就是在打工，你来了就是作为一个工具，有人讲生物信息不是一个学科啊，就是一个技术，他们认为你没有自己的identity，所以在人才项目上，支持率就比较差一些。我们只能是说生物信息是一个年轻的方向、是一个快速扩张的方向，但是同时呢也是一个相对来讲呢有些困难的方向，因为毕竟太新么，所以在具体的操作上，我们一定要是让自己起点就高一些，我们不能认为自己就是给别人打工的，我们只有把自己的工作做好，才能得到足够的respect。对于操作这方面，还是建议大家有机会的话，还是要申报一个人才项目（青年、优青、杰青），一定要多申报，因为基金委的名额是和申请人数是有关系的。实际上，人才项目生信拿到的比例是比较低的，根文章相比的话。基金委认为不是我们不给啊，是你们不申请啊。你不申请，我们没法给你啊。总结起来的就是，第一，对自己要求高一些，做更好的工作；同时大家多去申报grant，尤其是人材项目，就是你申报的话就可能给你，但是你不申报的话，就肯定不会给你。
1 艺术与人交流
Dr. Xiaole Shirley Liu：开会的时候怎么去和别人交流？如果说我有talk，那我讲完了，会有人来和我交流；但是如果没做报告，我怎么去和人交谈？怎么才能一回生、二回熟呢？
Dr. Han Liang：其实我挺支持这些会在中国开，为什么呢，在中国开，你有地主优势啊。好比说，请大牛来苏州开会，我水平够不上人家，那来中国开会啊，我带他去苏州园林转一圈，玩儿着玩儿着，话聊开了，也就能互相交流了；但是如果你在美国开，你对美国文化也不懂啊，说football，我也不看，谈不起来。我喜欢开中国的会，中国文化我懂啊，他们还喜欢了解中国文化，我就能给他们讲啊，完了我还和他们照张照片，再去找他交流也就不会不好意思了，他一看照片也就想起来了，也就不怕他们因为忙忘记了还认识我。言下之意，即为利用自己所熟稔的东西，创造与别人交流的有利情景。
Dr. Yi Xing：我们develop一个online的tool，做RNA splicing，经常会有一些比较大的lab会用我们的tool，这样我们就相当于是花时间给整个field建立了一个很好用的web server，这样的话我就可以很容易以这个tool作为切入口去与人交流，而且如果他在用你的工具的话，你的文章送到他手里去审的话，他可能也不会很直接的就拒你。
Dr. Wei Li：我就特别同意Shirley讲的，如果说你在会上不给talk的话，确实是很难去和大牛进行交流的，所以一般情况下，没有talk的话，这个会我就不去了，去了也是瞎耽误时间。为了克服这个问题，我就非常注意和local的合作，比如hospital、邻院或者其他系的，如果我觉的这个人我以后会和他有一些合作的机会，我就去找host，请他帮忙安排一个meeting，一般45分钟、或者半个小时，这个就是你们俩坐在一起，就俩人，保证这段时间里你可以和他敞开了谈，如果能够谈的来那将来大家可以保持联系，这样谈完了一般回来会给他写个letter，说明我们谈了什么什么，接下来保持联系，就这样的；那要是45分钟谈不来的，估计以后就再也谈不来了。
Dr. Wei Wang：出去开会，或者和人交流，我不会刻意的去提前读一些paper，我觉的没有必要，大家就是聊一些简单的话题，聊单位、聊孩子，当聊到一些非常感兴趣的东西了，回来再去找一下paper，加深一下。而且保持一些新鲜感，我才能提出一些有水平的问题。
Dr. Jingdong Jackie Han：出去开会，其实还是需要脸皮厚一点，尤其是你刚刚进入新的领域，还是外行的时候，真的不会有人请你去talk，没有人会知道你，后来真是当自己做出一些成绩了，就会有越来越多的人来找你，也真的是有一些人在后来的工作中对你有很大的帮助。一是，你真的脸皮厚进去了，二是真得有publication。
Dr. Ting Wang：大家听了我昨天的talk呢，知道我是做转座子的，但实际上我一开始并不是做转座子的，我在挤入这个领域里面的过程中是花了很大的功夫的。我最早申转座子的RO1，回来的意见说这个人没有做转座子的经验，包括他过去的老板都不是做转座子的，为什么我们要给他钱呢？就是这样，你也没办法。接下来我做的两件事还是比较有用的：一个呢就是你要到你要做的领域里面去学习，从做postdoc开始，不要怕拉下脸来去，带着学生去，会比你自己更有用，你让学生去帮你淌路，带着他们去开会。其实在别人的眼睛里面，你自己来和你带着学生来是不大一样的，就不只是你自己的一个interesting，而是你的一个invest，你在为这个领域在training人，那么有些人会想，这个人在这里培养学生，将来可以给我做postdoc，这样都是从最底层做起，不要怕拉下脸来。第二个呢，就是说怎么去认识这个领域里的牛人，你想认识几个牛人，我觉的我做的几个事儿还是有用的，请seminar，把自己领域里看好的几个牛人以seminar的形式请过来，之后他们不会忘掉你的。从grant的角度的话，你还是得要有publication，paper出来了，然后四年以后申请了同样的grant，形式就发生了转变。第三一个，就是consulting，以postdoc的身份给talk，老板给的机会，能够认识业界的牛人，通过工作建立connection。领域里的会议不光是能出席，你要能做一些community；联系业界大佬；加入一些consulting。实际上就是讲：在家靠父母，出门靠朋友。我们要是给这个领域做共享，那么这个领域会加倍的给出回报。
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