转录因子和靶基因系列(一)转录因子调控哪些下游基因,有实验证据的线索
转录因子及其调控的靶基因是研究转录调控的核心问题。
我们将跟大家分享一些好用的工具,进一步了解感兴趣的转录调控通路。
那就从转录因子结合哪些区域,调控哪些下游基因开始吧!
ChIP是找转录因子结合位点的经典实验,目前CistromeMap知识库(http://cistrome.org/db/#/)收录了14000多套人和小鼠的ChIP-seq数据,包含800多个转录因子。
您感兴趣的转录因子可能已经有人做过ChIP-seq实验喽!为您找靶基因提供了有实验证据的线索。
怎样查询我的转录因子是否有现成的ChIP-seq数据呢?
在CistromeMap知识库(http://cistrome.org/db/#/)的Factors中滚动鼠标可以浏览factor(转录因子或组蛋白修饰),或直接在contining word栏搜索转录因子的名字。
注:名字一定要用official name,可以在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene里获得。
以YY1为例,点击YY1,Results栏里出现YY1的ChIP-seq数据集,包括在哪个细胞里面做的,文章在哪一年发表在哪个期刊。
点击你感兴趣的那一行,下面出现该套数据的简介,包括处理条件,对照是什么,哪个物种,数据来源的文章,细胞系,细胞类型,组织类型,疾病类型。
数据质量评价在右侧,绿色表示质量好,绿色的圆点越多,质量越好。
在浏览器中浏览峰图,点击WashU或UCSC Browser。在go前面输入您感兴趣的基因名字,会跳到该基因附近的区域,查看YY1在该基因附近的结合情况,高的峰表示该位点有较强的转录因子结合。
设计个ChIP-qPCR引物,验证一下在你感兴趣的细胞和处理条件下YY1的结合吧!
页面下方是QC reports(质量评估)的几个参数,一眼扫过去,那个conservation profile中间是个尖尖的峰,旁边的信号低,质量是好的。
QC motifs是从这套数据中YY1结合区域中找到的已知motif和新的motif。会看到排名第一的就是YY1,make sense,随后还有其他TF的motif,可能该TF跟YY1在同一个复合物中哦!不过也不排除YY1的抗体非特异结合了其他的TF。
点击链接,能看到motif的漂亮logo。
说好的靶基因呢?
靶基因就在putative tarets里面,按照可信度从高到低排列,看看您感兴趣的基因是否在列表里面。
哪个转录因子跟我这个转录因子有相似的结合特征呢?
相似的Factor,预示着他们可能有着相似的功能,甚至两者之间有结合(co-factor, partner)哦!
Find similar datasets,里面列出了相似性从高到低排列的ChIP-seq数据集。
做个CoIP验证一下,给老板来个big surprise吧!
这是转录因子和靶基因系列的第一篇文章,接下来会推出更多的有用工具,欢迎评论,说出您最想了解的分析问题吧!
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