系统功能启用后将有三大变化
1.将收发函的传递方式由邮寄调整为通过核查系统实现；
2.对稽核比对结果为重号的海关缴款书，由主管税务机关通过核查系统向重号方主管税务机关发函，如需要可通过核查系统向税款入库地直属海关发函，进行核查；
3.税务机关在对稽核比对结果为重号的海关缴款书核查时，可通过审核企业外汇付汇信息、进口合同信息等资料对企业海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致性和真实性进行确认。
其他
必须关注：6月1日起施行，增值税扣税凭证再出管理新规~~
国家税务总局办公厅日前发布《关于开展海关进口增值税专用缴款书核查信息化管理工作的通知》（税总办发〔2017〕53号），税务总局决定联合海关总署共同开展海关缴款书联网核查信息化管理工作，在抵扣凭证审核检查管理信息系统（以下简称“核查系统”）中增加海关缴款书联网核查功能，通知自2017年6月1日起施行。
其他相关事项
除上述要求外，海关缴款书核查相关工作严格按照《国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的公告》（税务总局公告2013年第31号）和《国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关事项的通知》（税总发〔2013〕76号）执行。
在新功能正式启用后，未完结的核查工作仍按原有纸质方式回函。新的核查工作任务，应通过核查系统实施，如遇特殊情况，可采取原有模式进行特别处理，并对未使用核查系统开展核查工作的特殊情况做出文字说明存档备查。
附相关文件：
国家税务总局
关于加强海关进口增值税抵扣管理的公告
国家税务总局公告2017年第3号
为保护纳税人合法权益，进一步加强增值税管理，打击利用海关进口增值税专用缴款书（以下简称“海关缴款书”）骗抵税款犯罪活动，税务总局决定全面提升海关缴款书稽核比对级别，强化对海关进口增值税的抵扣管理。现将有关事项公告如下：
增值税一般纳税人进口货物时应准确填报企业名称，确保海关缴款书上的企业名称与税务登记的企业名称一致。税务机关将进口货物取得的属于增值税抵扣范围的海关缴款书信息与海关采集的缴款信息进行稽核比对。经稽核比对相符后，海关缴款书上注明的增值税额可作为进项税额在销项税额中抵扣。稽核比对不相符，所列税额暂不得抵扣，待核查确认海关缴款书票面信息与纳税人实际进口业务一致后，海关缴款书上注明的增值税额可作为进项税额在销项税额中抵扣。
税务部门应加强对纳税人的辅导，充分利用多种渠道向全社会广泛宣传，赢得纳税人的理解和支持。
本公告自发布之日起实施。
特此公告。
国家税务总局
2017年2月13日
国家税务总局 海关总署
关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的公告
国家税务总局 海关总署公告2013年第31号
为了进一步加强海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）的增值税抵扣管理，税务总局、海关总署决定将前期在广东等地试行的海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法，在全国范围推广实行。现将有关事项公告如下：
一、自2013年7月1日起，增值税一般纳税人（以下简称纳税人）进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，需经税务机关稽核比对相符后，其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣。
二、纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，应按照《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）规定，自开具之日起180天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（电子数据），申请稽核比对，逾期未申请的其进项税额不予抵扣。
〔注：《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）规定：增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的海关进口增值税专用缴款书，应自开具之日起360日内向主管国税机关报送《海关完税凭证抵扣清单》，申请稽核比对〕
三、税务机关通过稽核系统将纳税人申请稽核的海关缴款书数据，按日与进口增值税入库数据进行稽核比对，每个月为一个稽核期。海关缴款书开具当月申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月、次月及第三个月。海关缴款书开具次月申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月及次月。海关缴款书开具次月以后申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月。
四、稽核比对的结果分为相符、不符、滞留、缺联、重号五种。
相符，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，其号码与海关已核销的海关缴款书号码一致，并且比对的相关数据也均相同。
不符，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，其号码与海关已核销的海关缴款书号码一致，但比对的相关数据有一项或多项不同。
滞留，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，在规定的稽核期内系统中暂无相对应的海关已核销海关缴款书号码，留待下期继续比对。
缺联，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，在规定的稽核期结束时系统中仍无相对应的海关已核销海关缴款书号码。
重号，是指两个或两个以上的纳税人申请稽核同一份海关缴款书，并且比对的相关数据与海关已核销海关缴款书数据相同。
五、税务机关于每月纳税申报期内，向纳税人提供上月稽核比对结果，纳税人应向主管税务机关查询稽核比对结果信息。
对稽核比对结果为相符的海关缴款书，纳税人应在税务机关提供稽核比对结果的当月纳税申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
六、稽核比对结果异常的处理
稽核比对结果异常，是指稽核比对结果为不符、缺联、重号、滞留。
（一）对于稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书，纳税人应于产生稽核结果的180日内，持海关缴款书原件向主管税务机关申请数据修改或者核对，逾期的其进项税额不予抵扣。属于纳税人数据采集错误的，数据修改后再次进行稽核比对；不属于数据采集错误的，纳税人可向主管税务机关申请数据核对，主管税务机关会同海关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到主管税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
（二）对于稽核比对结果为重号的海关缴款书，由主管税务机关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
（三）对于稽核比对结果为滞留的海关缴款书，可继续参与稽核比对，纳税人不需申请数据核对。
七、纳税人应在“应交税金”科目下设“待抵扣进项税额”明细科目，用于核算已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额。纳税人取得海关缴款书后，应借记“应交税金—待抵扣进项税额”明细科目，贷记相关科目；稽核比对相符以及核查后允许抵扣的，应借记“应交税金—应交增值税（进项税额）”专栏，贷记“应交税金—待抵扣进项税额”科目。经核查不得抵扣的进项税额，红字借记“应交税金—待抵扣进项税额”，红字贷记相关科目。
八、增值税纳税申报表及税务机关“一窗式”比对项目的调整
（一）自2013年7月1日起，纳税人已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额填入《增值税纳税申报表》（一般纳税人适用）附表二“待抵扣进项税额”中的“海关进口增值税专用缴款书”栏。
（二）自2013年8月1日起，海关缴款书“一窗式”比对项目调整为：核对《增值税纳税申报表》（一般纳税人适用）附表二第5栏税额是否等于或小于稽核系统比对相符和核查后允许抵扣的海关缴款书税额。
九、本公告自2013年7月1日起施行，《国家税务总局关于加强海关进口增值税专用缴款书和废旧物资发票管理有关问题的通知》（国税函〔2004〕128号）、《国家税务总局关于部分地区试行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的通知》（国税函〔2009〕83号）、《国家税务总局关于部分地区试行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关问题的通知》（国税函〔2011〕196号）同时废止。
特此公告。
国家税务总局 海关总署
2013年6月14日
国家税务总局 海关总署
关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关事项的通知
税总发〔2013〕76号
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局，广东分署，各直属海关：
为进一步加强海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）的增值税管理，堵塞税收漏洞，维护纳税人合法权益，保障海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法顺利实施，现将有关事项通知如下：
一、各级税务机关、各级海关要加强协作配合，共同做好“异常”海关缴款书的核查工作。
（一）各海关应按照有关规定对海关缴款书入库数据及时进行核销，保障纳税人及时抵扣税款。
（二）各主管税务机关应于每月纳税申报期内，向纳税人提供上月海关缴款书稽核比对结果信息。纳税人上月稽核比对结果中无“滞留”的，稽核系统每月1日自动导出稽核比对结果信息；纳税人上月稽核比对结果中有“滞留”的，稽核系统于纳税申报期结束前2日自动导出稽核比对结果信息。
（三）对稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书，如纳税人有异议，应提交《“异常”海关缴款书数据核对申请书》（附件1）申请数据核对，同时附海关缴款书原件。主管税务机关会同海关进行核查。核查流程是：主管税务机关在收到纳税人数据核对申请书的15日内，向税款入库地直属海关发出《海关缴款书委托核查函》（附件2，全国各海关联系方式可自海关总署网站http://www.customs.gov.cn或拨打12360查询），同时附海关缴款书复印件；税款入库地海关收到委托核查函后，在30日内以《海关缴款书核查回复函》（附件3）回复发函税务机关。对海关回函结果为“有一致的入库信息”的海关缴款书，主管税务机关应及时以《海关缴款书核查结果通知书》（附件4）通知纳税人申报抵扣税款。
《海关缴款书委托核查函》编号为20位，第1至11位为主管税务机关代码，第12位为“发”，第13至16位为年份，第17至20位为顺序号。
对于稽核比对结果为重号的海关缴款书，由主管税务机关进行核查，不需向海关发函核查。
（本条中“有关税务机关发出《海关缴款书委托核查函》的时限规定以及关于稽核比对结果为重号的海关缴款书核查规定”自2017年6月1日起废止）
二、海关需要对海关缴款书涉及的进口增值税申报抵扣情况进行核查确认的，可向纳税人主管税务机关发出《进口增值税抵扣信息委托核查函》（附件5）。主管税务机关收到委托核查函后，在30日内以《进口增值税抵扣信息核查回复函》（附件6）回复发函海关。
《进口增值税抵扣信息核查回复函》编号为20位，第1至11位为主管税务机关代码，第12位为“复”，第13至16位为年份，第17至20位为顺序号。
三、各省税务机关可结合本地实际，本着方便纳税人和基层税务机关操作的原则，制定本地海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法实施细则。
四、实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法，是加强税收征管、堵塞税收漏洞的重要举措，各级税务机关应做好纳税服务工作，保障海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法顺利实施。
（一）实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法涉及纳税人申报纳税程序的调整，税务机关要做好税收政策宣传和纳税辅导工作，帮助纳税人及时掌握新办法申报流程，告知纳税人在取得海关缴款书的当月向税务机关报送海关缴款书数据，以免因纳税人仍然在取得海关缴款书的次月申报期报送数据而影响税款及时抵扣。
（二）创新服务手段，充分应用现代信息技术，做好网络报送海关缴款书电子数据等配套工作，方便纳税人按时准确办理纳税申报。
本通知自发布之日起执行。
国家税务总局 海关总署
2013年8月6日
编辑设计：北京国税
来源：国家税务总局 重庆国税