地理数据 | “横断山高山植物多样性起源”科学发现数据集发布

    近期，中国科学院A类战略性先导科技专项“泛第三极环境变化与绿色丝绸之路建设”的“气候变化对生物多样性的影响与适应策略”项目科研骨干、中国科学院昆明植物研究所陈家辉博士（第一作者和共同通讯作者），孙航研究员（共同通讯作者）和杨永平研究员（共同通讯作者）等科研人员在《Nature Communications》上发表题为“Genome-wide analysis of Cushion willow providesinsights into alpine plant divergence in abiodiversity hotspot”的论文，为横断山高山植物多样性起源提供了证据。

    青藏高原，尤其是其东南边缘的横断山具有丰富的高山植物多样性，是全球生物多样性的研究热点地区之一。研究人员以青藏高原特有、横断山为分布中心的典型的高山冰缘带杨柳科柳属垫状植物小垫柳（Salix brachista，英文名Cushion willow）为研究对象，使用二代（Illumina）、三代（PacBio+Nanopore）以及染色体构象捕获技术（Hi-C）等手段获取了小垫柳一个雌性个体的高质量基因组。以此为参考基因组对涵盖小垫柳分布区的14个种群的77个个体进行了全基因组重测序，获得了约160万个高质量单核苷酸变异位点（SNP），在此基础上进行了小垫柳遗传多样性、遗传结构、演化模式等群体遗传学和演化分析。研究结果表明横断山的快速隆升造成的复杂地形地貌、多样生境和剧烈气候波动等是导致物种种群分化的重要因素，而种群的分化往往是物种形成的前提，因此，这些因素可能是横断山丰富的高山植物多样性形成的重要原因。

    该论文的部分研究数据已制作成科学发现关键数据集，数据集名称为“青藏高原高山植物小垫柳基因组组装数据集（2019）”，包含青藏高原高山植物小垫柳Fasta格式的基因组组装文件，包括核苷酸（DNA）、核糖核酸（RNA）、蛋白质编码序列（Protein）序列数据，以及gff格式的基因组组装注释文件。目前，该数据集已在国家青藏高原科学数据中心（https://data.tpdc.ac.cn）发布，可在线公开获取。

小垫柳植物图片及其天空岛分布模式和取样点

数据链接：

https://data.tpdc.ac.cn/zh-hans/data/e192e8e6-c02b-4c13-bac1-3b33b06f55ec/

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-019-13128-y

转载自：国家青藏高原科学数据中心

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原文标题：“横断山高山植物多样性起源”科学发现数据集发布

图文编辑：郭美娟

审编：鲁嘉颐

终审： 顾伟男   田巍   梁龙武

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