新冠病毒溯源——从2018年的一篇Nature说起

Original 常熟理工李杰生命科学前沿 2021-03-18

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2018年，来自中科院武汉病毒学研究所（石正丽课题组）、北京微生物与流行病学研究所（童贻刚课题组）、华南农业大学（马静云课题组）等研究机构的研究人员在Nature杂志报道了在广东发现的一种能够感染猪的冠状病毒。由于这种病毒能导致猪的严重腹泻症状，被命名为 猪急性腹泻综合征冠状病毒 （ SADS-CoV ）。

通过序列比对发现SADS-CoV的基因序列类似于2007年香港大学袁国勇院士在广东发现的一种蝙蝠冠状病毒HKU2的基因序列，两者序列相似度达到了95%，提示 SADS-CoV 可能来自蝙蝠 。随后，研究人员对2013-2016年在广东省收集的596个蝙蝠粪便样本进行了核酸检测，其中58个样本检测呈阳性（占9.8%），进一步进行基因组测序发现与SADS-CoV的相似性最高达到了98%。对35名与患病的仔猪有密切接触的农场工人同样进行核酸检测，无人阳性。至此，这基本就建立了比较完整的证据链： 广东的马蹄蝙蝠携带的 SADS-related CoVs通过某种方式（叮咬或者其他方式）传播到猪身上 ，从而引发猪群中的传播，形成在广东小规模爆发的 猪腹泻疫情 。

谣言始末

这条科学发现，还上了当时的新闻联播，巧合的是当时新闻中也把它叫成了“ 新型冠状病毒 ”。于是就有人开始造谣说2019年爆发的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)疫情就是2018年发现的那个 “ 新型冠状病毒” （SADS-CoV）。

其中的谣言有两个： 1、这个2019年的新型冠状病毒是不是就是2018年的SADS-CoV？ 2、科学家会不会不小心把这个病毒泄露出来了？

今(SARS-CoV-2)非(SADS-CoV)比

先说说这个猪急性腹泻综合征冠状病毒 （ SADS-CoV ），我是直接参与了该病毒的发现与鉴定工作 。 2017年初开始，广东部分猪场先后暴发免疫猪群新生仔猪腹泻、死亡的案例。临床发病比PEDV稍晚、死亡率稍低，实验室检测排除了常见的几种猪腹泻相关病毒感染。多个不同的实验室都利用高通量测序技术对死亡仔猪小肠内容物进行检测，对病原进行了鉴定。因为这个病毒影响没SARS那么大，没有权威机构统一命名，故各个实验室命名都有差异，如PEAV（2017年最早发表基因组）、SeACoV、SADS-CoV等，很明显SADS-CoV因为源自上述的那篇Nature文章，名气最大。从命名其实我们也可以看出来，这个猪的冠状病毒是属于 Alpha冠状病毒 ，而SARS-CoV-2、SARS等都是 Beta冠状病毒 。所以说SARS-CoV-2病毒与SADS-CoV是 没有太多关联 的。其中有意思的一点是 SADS跟SARS看起来很接近 是吧， 只差了一个英文字母 ，或许这就是为什么有人要造谣SADS-CoV会跟SARS-CoV-2有关系吧。其实SADS的S代表的是swine猪。而关于此次新型冠状病毒的起源在何处，全世界的科学家和公众都是非常关切的，目前依然没有太多线索。 武汉虽然是最 早“公开”爆发的 ，但并不意味着武汉就是病毒的源头。 从SADS-CoV的跨宿主传播经验来看，这不是一件容易的事情， 可能需要长达数十年时间 的积累。从石正丽课题组等2020年发表在Nature上的文章来看，他们在获得了SARS-CoV-2的基因组后，发现来自蝙蝠冠状病毒RaTG13的一部分RdRp基因序列与SARS-CoV-2的相应序列相似。通过进一步测序获得RaTG13完整基因组后才发现该病毒序列和SARS-CoV-2相似度高达96.2%。我推测是研究人员为了后续研究方便在采集样本后就会对样本进行处理提取RNA以长期保存，并对RdRp基因的一部分序列进行测序，建立了相应的数据库将RdRp序列与样本相对应。在此次获得SARS-CoV-2基因组后，他们通过比对RdRp基因序列就快速锁定了这个2013年采集自云南的样本，随后才通过测序获得了RaTG13的完整基因组。换句话说， 研究人员自始至终都没有获得过RaTG13的病毒株，实验室保存的也只是RaTG13的RNA而不是活病毒，因此也无从谈起从实验室泄露 。

病毒溯源意义重大

也有很多网友说：石正丽这些科研工作者不去找到杀死病毒的方法，整天却在研究哪些动物上有哪些病毒，甚至是研究不同种类动物之间的病毒传播，这 到底有什么意义呢 ？这些科研工作者为什么 总是在寻找病毒的来源而不是研究杀死病毒的方法 呢？研究这些病毒的不同传播对人类看上去百害而无一利？ 这是帮着病毒在传播？ 让我们看看是Xi怎么说的。 3月2日，Xi在北京考察新冠肺炎防控科研攻关工作时强调，要统筹 病毒溯源 及其 传播途径研究 ，利用病毒蛋白和不同受体的结合特征，评估可疑动物作为中间宿主的可能性。

病毒溯源是研究病毒人际传播规律和演化历史， 搞清楚病毒从天然宿主到中间宿主，再到人类世界的完整链条，是疫情防治的核心科研攻关环节。 其目的在于找到传播源头，摸清病毒初始传播途径、突变规律和潜在风险，采取更有针对性、更加行之有效的防控措施。回顾历史， 人类与传染病斗争中取得的一些重大胜利都与找到并控制自然界中的病毒源头密切相关 。例如，当人们发现老鼠身上的跳蚤是传播鼠疫病菌的，这种曾肆虐一时的疫病才得到控制。 病毒溯源工作不仅对当前疫情防控意义重大，对未来的传染病防治，甚至国家生物安全更有重要的战略意义 。 而石正丽课题组等2018年的研究可能是目前唯一一例可追溯冠状病毒演化史的研究 。像SARS等冠状病毒绝大多数都是在人群中发病流行后，我们才从蝙蝠体内分离到相关的冠状病毒。石正丽的研究对我们研究冠状病毒经突变实现跨宿主传播的能力和所需时间，提供了最好的材料！作为公众，我们需要理性客观，依据事实说话，不然与方方无异。参考文献

Zhou P, Yang XL, Wang XG, et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature, 2020, 579(7798):270-273.
Zhou P, Fan H, Lan T, et al. Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus of bat origin. Nature, 2018, 556:255-258.
Gong L, Li J, Zhou Q, et al. A New Bat-HKU2–like Coronavirus in Swine, China, 2017. Emerging Infectious Diseases, 2017, 23(9):1607-1609.
Vineet D Menachery, Boyd L Yount Jr, Kari Debbink, et al. A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence Nature Medicine volume 21, pages1508–1513(2015).