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中疾控分享新冠最新数据,疫情反反复复,都来自哪些地方?

病毒学 生命科学前沿 2022-06-23


随着新冠疫情在国内的散发传播,我国始终坚持“动态清零”政策,并取得一定成效。近日,中国疾病预防控制中心(CDC)通过GISAID分享了从20个省收集的2022-01-01至2022-03-30期间出现的SARS-CoV-2基因组序列


系统进化分析法表明在此期间中国新出现的COVID-19 基因组序列,至少有32 种来自境外输入。但这些变异毒株并没有引起广泛的本地传播,这也反映了中国为了阻断境外输入疫情传播渠道采取的一系列举措的有效性。


在此次共享的COVID-19 基因组序列中,2022-01-01至2022-03-30我出现的COVID-19基因组序列具体情况如下:

  1. 共出现6种Delta变异株基因组,分别来自4个不同的谱系。

  2. 共出现44种Omicron变异株基因组,分别来自7个不同的谱系。

  3. 没有发现高度不同的新变种


中疾控绘制的包括来自基因组树距离的假定传输链接的完整地图如下:



GISAID——全球最大的流感及新冠病毒数据平台

2008年建立的GISAID是全球最大的流感及新型冠状病毒数据平台。国务院新闻办公室2020年6月7日发布《抗击新冠肺炎疫情的中国行动》白皮书中提到:中国疾控中心、中国医学科学院、中国科学院武汉病毒研究所作为国家卫生健康委指定机构,向世界卫生组织提交新型冠状病毒基因组序列信息,在全球流感共享数据库(GISAID)发布,全球共享。



GISAID已收集1020万组SARS-CoV-2基因序列

作为一个流行的线上数据分享平台,GISAID 汇聚了全球诸多科研团队COVID-19溯源努力。最新消息是,该平台已收集到了来自全球 172 个国家和地区、超过 1020万组的 SARS-CoV-2 基因序列


GISAID科学顾问、来自新加坡的 Sebastian Maurer-Stroh 表示:根据世界各地提交的最新数据,我们可以构建出一套追溯新冠病毒如何在全球范围内传播的监测系统,以了解相关防疫措施和疫苗是否仍然有效。


在 EpiCoV 数据库中的 1020 万个基因组中用 AudacityInstant 搜索 50 个新的SARS-CoV-2基因组序列,发现总共有 14176 个密切相关的基因组。


下图显示了与50个新的COVID-19 基因组序列存在相关基因组的国家分布,其中深蓝色条对应于来自国外的相同序列和可能的传输链路:



构建系统发育树

系统发育分析中,最重要和最常见的内容为构建系统发育树。系统发育树以树状结构表示各个节点的进化关系,枝点可以是物种、同一物种的样本、基因等单元。系统发育树中的分支反映了物种是如何从一系列共同祖先进化而来的


此次中疾控工作人员收集了来自中国的最新共享 COVID-19 基因组序列后,对其进行了完整的系统发育分析,并最终用可视化的形式展示了COVID-19 基因组序列境外引入的模式和在同一棵系统发育树中COVID-19变异株的详细血统。




最新变种出现,还应密切关注!

当地时间4月22日,美国疾病控制和预防中心(CDC)报道了奥密克戎的一个最新变种——BA.2.12.1毒株。相关数据显示目前BA.2.12.1已作为病毒流行株导致美国纽约州、新泽西州等地区的疫情再次死灰复燃。


奥密克戎被认为是迄今为止最具传染性的新冠变异株,而根据纽约州卫生部的数据,BA.2.12.1的传播力估计比BA.2还要高25%左右。目前,全球其他地方包括英国、澳大利亚、以色列、丹麦和奥地利等地也陆续监测到了BA.2.12.1感染病例的出现。


中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友介绍,结合过去两年多对新冠病毒变异情况的研究和对这一类病毒的认识来看,新冠病毒的变异持续发生是常见的事情,在这方面我们必须要有思想准备。


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