科研高分配图必备工具-Cytoscape

什么是Cytoscape？

Cytoscape是一个开放源代码软件平台，用于可视化分子相互作用网络和生物途径，并将这些网络与注释，基因表达谱和其他类型数据整合在一起。 尽管Cytoscape最初是为生物学研究而设计的，但现在它已成为复杂网络分析和可视化的通用工具。

 简单来说，就是当你有一堆蛋白质互作的数据，或者基因共表达数据，或者不同类型的mRNA互作的结果，但是不知道如何可视化，此时就可以选择cytoscape啦！利用它轻轻松松画科研高分配图。

1.工欲善其事,必先利其器- Cytoscape下载和安装

首先去官网下载Cytoscape，网址（https://cytoscape.org/）。可见如下界面，download！安装！
安装后，打开软件，见如下，表示软件安装成功：提示，若安装运行失败，可能是没有装java,cytosacpe运行依赖于java,请检查电脑是否安装了java。

2.小试牛刀

下面拿数据来体验一下吧！首先你需要准备一个网络互作文件，最基本的是两列基因，每排表示第一列和第二列是有相互作用的。小编以如下数据为例（里面有lncRNA,gene，miRNA）  ①选择file----Import----network from file  ②导入网络文件第一列选择source node，第二列选择target node，然后点击-OK  ③一个最基础的网络图就画好啦！但是！作为一个有追求的科研人怎能接受如此简单的图呢！好看的图，安排上！

3.进阶教程-向SCI迈进！

高分杂志的图，通常是各种颜色，各种形状，此时如何调整呢？例如根据基因得表达量，共表的p值，表达的上下调，等等去调整点的颜色形状，边的线条粗细等等！此时，那就少不了属性文件了！属性文件就是刚刚导入的网络文件中每个点（上述的例子是mRNA）的属性，例如差异上下调、何种类型的RNA。小编用以下属性文件为例美化图片
①file----Import----table from file,点击ok 
②将控制面板从network切换到style,如图中红色步骤1所示，然后看到红色步骤2,分别代表，点，边和网络的设置。  ③下面来尝试换点的颜色，点击fill color，会出现颜色块，选一个喜欢的即可。进阶玩法：要是给不同类型的RNA标不同颜色如何选择呢？分别点击示例步骤，选择颜色，注意，小编这里选择type，是因为属性文件的不同类型的RNA列表头是type,实战中可以按照您的真实数据的属性表头选择。④美化小tip:学会套用模板，cytoscape有经典配色模板，学会用它事半功倍哦！点击style下红框标出菜单，弹出超多示例，小编一般选择sample1为模板，再自行调整！ ⑤导出图片，选择 export。1.导出图片选：network to image---选择png或者pdf。2.导出网络下次继续美化，选择Network to file。 

今天的分享到此结束啦！

还请思考：

1.如何调整点的大小、标签大小、形状？提示：和更改颜色同理，可以自行摸索下啦！

2.如何选择感兴趣的基因形成的子网络呢？

更多精彩我们下期再会！

文：XM

排版：市场部

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