那就再讲讲三行R代码搞定的森林图吧

有心的小伙伴后台问公众号是否改名了。哈哈，是的。以前为了显示Big的名字「StatsThinking」难写难记，现在开始，可以采用中文名「统技思维」搜索了。对的，你没看错，是「统技思维」：聊聊统计，讲讲技术，谈谈思维。另补充：与罗辑思维没有关系啊。

前一篇和大家聊了森林图的各种实现方法，重点介绍了EXCEL搞定森林图的11步大法。

参考：玩转森林图的n种方法，总有一种适合你！

有几位读者反馈，其实用EXCEL的Stock Plot也能比较方便的绘制点估计及其95%CI 的误差图。

↑Stock plot

↑Stock plot效果

不过需要留意两点：

• 数据列的顺序是： 95%I上限， 95%CI下限，点估计值。

• 图是纵向的，需要后期旋转成横向。

另外，用EXCEL画图的遗憾：

• 手动步骤太麻烦（码农的通病）

• 后期处理成矢量图不太方便

码农总是再想用代码解决问题，既然EXCEL手动操作太麻烦，导出矢量图又不方面，于是乎，后台就有很多小伙伴问，三行R代码呢？

好吧，满足你们的要求，谁让我这么爱你们。

首先，没有安装R软件的同学需要下载安装R。如果你曾经被SAS安装伤透了心，这次你可以放100个心，安装R就像安装一个搜狗输入法一样，而且他是免费开源的。

• R安装包清华镜像下载地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
  

同时强烈推荐下载安装R软件华丽的外套：Rstudio。

• Rstudio下载：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
  

接下来，可以动手小试牛刀了。

1. 安装并加载forestplot包。

install.packages("forestplot")

library("forestplot")

2. 读入数据文件，建议把数据文件存在csv文件里。

dat <- read.csv("D:/Plot Forest data.csv", header = FALSE)

注意：

• windows地址在R里要改「\」为「/」或者为「\\」

• 数据整理成如下格式

3.用forestplot画图。

forestplot(as.matrix(dat[,1:6]), dat$V7,dat$V8,dat$V9, 

graph.pos= 5, graphwidth = unit(50,"mm"), is.summary = c(TRUE,rep(FALSE,10)), boxsize=0.2, line.margin=unit(1,"mm"), lineheight = unit(10,'mm'), colgap = unit(3,"mm"), zero=1,  xticks = c(0.0,0.5,1.0,1.5))

函数式编程的缺点就是函数参数太别多，这是为做更多细节的调整。其实最基本的也就前面4个参数。

• as.matrix(dat[,1:6])，告诉R，我们要数据的前6列作为文本，数据要转换为矩阵形式，所以用来as.matrix函数。

• dat$V7,dat$V8,dat$V9，告诉R，这是点估计以及95%CI的上下限，用来绘制森林图的效应值及其误差线。

• 后面的参数是对图的位置，宽度，汇总效应，点估计图的大小，行列间隔，以及无效线，坐标轴等做的更细致的设置。

接下来，可以导出各种矢量图了。

↑R 图导出图片

↑R 图导出格式选项

最终导出期刊常用的TIFF格式图，效果如下：

↑R 图最终效果

关注「统技思维」，后台回复「csvdata」推送示例数据文件。

周一啦，努力干活啦！

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