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Graphpad prism7作图教程 | 单维度分组散点图、二维度分组柱形图

喵君妹妹 壹脑云科研圈 2022-10-07

本文转载自:星星联盟会


Hello,

这里是行上行下,我是喵君姐姐~


大家是否还在苦恼用什么软件能画出漂亮的行为结果图?本期就来继续推荐Graphspad prism这一款画图软件,它界面简洁,易于操作,十分适合于小白们。


在之前的介绍中,我们首先介绍了如何使用Graphpad prism画出ERP波形图,后面接着介绍了如何用它画出折线图和单维度分组柱形图。


 

除了折线图与单维度柱状图之外,在平时阅读文献的过程中,我们还可以看到各种各样的散点图以及多维度柱状图。


例如,在探讨工作记忆更新中线索-目标间隔以及重复项目对移除过程的影响时,便可以使用二维度柱状图来呈现结果。

 

(图源:Ecker et al.,2014)


最后,以散点图的形式表现工作记忆容量与移除速度之间的关系。

 

基于以上,本期就来继续介绍如何用Graphpad prism画出单维度分组散点图与二维度分组柱形图~


(图源:Ecker et al.,2014)

注:由于在以下教程中,数据是不完全引用,因此实际图与所引用文献图片存在部分差异。



 

单维度分组散点图适合于简单分组的数据,即数据组仅由一个方案定义,在数据表中每一列定义一个数据组,在行向量上没有分组;每组可以有多个相互间是独立或非独立的数据,作图时用点来显示每个数据的位置;可直观的看到每组数据的分布情况和统计情况。

 

示例:文献:PMID: 26565812;Fig 1A

 

 (图源:Wang L et al.,2016)


示例解读:CISD2在37例癌旁组织和409例肿瘤组织中的表达差异

 

1. 新建数据表


选择“File”→“New”→“New Data Table and Graph…”,新建一个数据表。

 

 

2. 弹出的窗口里选择作图类型


首先选择“Column”类型。


其次选择输入的数据类型为独立重复类型。


然后点击“Create”,完成表格创建。

 

 

3. 添加散点图


在表格里输入数据后,点击下方导航栏中的Graph视图按钮,选择散点图,点击“OK”

 



 

4. 修改坐标


删除标题、x坐标轴标题;将Y坐标轴标题改为“Expression of CISD2 in TCGA sets”

 


注:标题太长时可使用回车键进行换行。

 

5. 格式设置


双击作图区任意空白位置,在弹出属性框中对散点图进行格式设置。

 

首先下单菜单里选择Adjacent组。


其次 颜色选择深蓝色。


然后, Size 改为2号大小。

 


首先下单菜单里选择Tumor组。


其次Shape改选择成实心圆形; Size 改为2号大小。


然后颜色选择红色。


最后点击OK

 

 

结果如下图所示:

 


6. 改变坐标倾斜度


双击X坐标轴,在弹出属性框中将标签的倾斜度改为水平,点击“OK”

 

 

至此,散点图制作完成。

 

 

注:可点击坐标轴进行拉伸,以调节坐标轴长短。

 


二维度分组散点图适合于二重分组的数据,即数据分组具有双向变量,每一列定义一个组别,每一行也定义一个组别。

 

示例:文献:PMID: 26565812;Fig 3D

 

 (图源:Wang L et al.,2016)


示例解读:两个细胞株里,过表达CISD2前后,细胞克隆形成能力的变化。

 

1. 新建数据表


选择“Grouped”类型,数据3次重复,点击Create建立数据表。

 

 

2. 输入数据


在表格里输入数据后,点击Graph视图

 

 

3. 选择柱状图样式


弹出窗口里确认选择了第一个样式(“交错并联”式),点击“OK”

 

 

注:可根据需要进行重命名。

 

 

4.编辑X、Y轴


输入Y坐标轴,删除图的标题和X坐标轴标题;将图例移动至作图区上方,图例字体加粗。

 

首先单击Y坐标轴标题输入“Colony number”


其次分别单击或选中图表标题“Colony”“XTile”,按delete键删除这两个标题。


然后选中两个图例,点击顶部“Text”工具框里的加粗按钮,将字体设置为粗体。


最后分别选中两个图例,将其移动至作图区上方。

 


结果如下图:

 

 

基本完成,下面按照示例的格式进行个性化设置。

 

5. 图形格式设置


双击作图区任意空白处,在弹出属性框里对各组数据的图形格式进行设置

 

首先, Data set下单菜单里选择Vector组。


其次, Fill改为白色。


然后, Pattern改为纯色填充, Border改为1/2 pt。


最后, Thickness改为1/2 pt。

 

 

首先Data set下单菜单里选择CISD2组。


其次Fill改为黑色。


然后Border选择1/2 pt(当Fill选择纯黑色时,这里Pattern可以不改)。


接下来Thickness改为1/2 pt。


最后, 点击“OK”

 

 

结果如下图:

 


6. 设置柱子的粗细

 

鼠标单击X坐标轴,指针移动到末端,待指针变成双向箭头时,拖动鼠标,将X坐标轴缩短一点。

 


7. 设置柱子之间的间距,双击作图区调出属性窗口

 

首先, 点击图形设置选项。


其次, 设置组内柱子间距为柱子宽度的100%,组间距离为300%。


最后点击“OK“

 

 

结果如下图:

 

 

8. 设置Y轴刻度方向


双击Y坐标轴,在属性框里设置刻度方向向右,点击“OK”

 

 

 

至此,二维度分组柱状图完成。

 

本期的教程就到此结束啦!


在这三期中,我们向大家介绍了ERP图折线图、单维度柱状图单维度散点图、二维度柱状图,当然,除了这些之外,还有一些饼状图、箱型图、相关分析图等等。


下期我们会整理一些线上资料以供大家学习,其中包括Graphpad prism系列,欢迎持续关注~


我们下期再见!

 

PS:后台回复关键词“graphpad prism”即可获得安装包及对应教程啦!

 

排版:华华

校对:喵君姐姐

本文转载自:星星联盟会


参考文献:

1. Ecker U K H, Lewandowsky S, Oberauer K. Removal of information from working memory: A specific updating process[J]. Journal of Memory and Language, 2014, 74: 77-90.

2. Wang L, Ouyang F, Liu X, et al. Overexpressed CISD2 has prognostic value in human gastric cancer and promotes gastric cancer cell proliferation and tumorigenesis via AKT signaling pathway[J]. Oncotarget, 2016, 7(4): 3791.

3. 解螺旋PPT《Graphpad prism 7 作图教程》


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