干货分享 | 计算神经科学专业必备资源清单

转载自：神经计算与控制实验室  作者：NCC Lab

南方科技大学NCC Lab，是以数学和计算为核心，以研究人类大脑的计算方式为基础，以控制和调节大脑功能为应用的实验室。

数据与工具类推荐

01

Paper with Code 

https://paperswithcode.com/

“Papers with Code 是一个总结了机器学习论文及其代码实现的网站。大多数论文都是有GitHub代码的。这个网站最好的地方就是对机器学习做了任务分类，检索对应的模型非常方便。”此乃机器学习论文+代码查找神器！

02

Neurosynth

https://www.neurosynth.org/

Neurosynth，功能性磁共振成像（fMRI）数据的大规模自动合成平台，方便研究人员快速定位与认知功能对应脑区的网站。该网站将文献中提到的脑区以及脑区和认知功能的对应关系集成，通过交互式的面板使用户可以快速了解相关脑区的位置。

03

MNE

https://mne.tools/stable/index.html#

用于探索、呈现并分析人类神经电生理数据（MEG、脑电图、脑电图、sEEG、EEG、ECoG等）的开源Python软件

04

3D Slicer

https://www.slicer.org/

3D Slicer是一个开源软件平台，用于医学图像信息学、图像处理和三维可视化。通过美国国立卫生研究院和全球开发者社区的支持，是免费的、强大的跨平台处理工具。

05

PyTorch

https://pytorch.org/

开源的Python机器学习库，基于Torch，底层由C++实现，应用于人工智能领域，可加速从研究到生产的路径。

06

BrainStorm 

https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/

BrainStorm是一款主要针对EEG和MEG的数据分析软件，其特点在于使用者无需掌握编程或数学方面的知识，即可熟练操作该软件。同时软件的GUI设计对用户十分友好。正如开发者所言，“The main advantage of BrainStorm is its rich and intuitive graphic interface”。在官网上可以找到图文并茂、指向明确的tutorial文档，帮助用户快速将想法付诸于实践。

07

SPM（StatisticalParametric Mapping）

https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/该软件由Karl J.Friston的开发，侧重于fMRI、PET、EEG的数据分析,以及功能成像。SPM功能上包含Preprocessing、Modelling和Statistical inference等（见图）。详细内容可在SPM官网的文档中找到。

08

https://pstnet.com/products/e-prime/

这是一个计算机化的行为研究的实验生成系统。在设计实验时，只须选取常用的实验功能图标，然后把图标拖曳到实验程序内，可以在短短的时间，建立复杂的实验程序。E-Prime能呈现的刺激可以是文本、图像和声音（可以同时呈现三者的任意组合）提供了详细的时间信息和事件细节，可供进一步分析，有助于了解实际实验运行的时间问题。专门面向心理实验，并针对心理实验的时间精度作了优化。刺激呈现与屏幕刷新同步，精度可达毫秒。相对于传统编程语言，E-Prime易学易用，实验生成快速。

09

https://sccn.ucsd.edu/eeglab/index.php 

EEGLAB是一个Matlab的工具箱,主要用来处理EEG（脑电图）和MEG（脑磁图）以及其他的连续且事件相关的电生理信号，如ECG(心电图）。EEGLAB能够对电生理信号进行一系列的分析，包括独立成分分析（ICA)、时频分析（TFA）、消除伪影、事件相关的统计分析以及几种对数据可视化的模型。

自学资源与网课推荐

数学类

Highlights of Calculus（麻省理工学院公开课：微积分重点）

零基础学习微积分，广受中国学生喜爱，甚至也有不少高中学生在此学习微积分。 

官方介绍

https://ocw.mit.edu/resources/res-18-005-highlights-of-calculus-spring-2010/

网易公开课

http://open.163.com/special/opencourse/weijifen.html

Bilibili

https://www.bilibili.com/video/BV1Jt41157Jr/?spm_id_from=333.788.videocard.0

英文版

https://www.youtube.com/watch?v=UcWsDwg1XwM&list=PLBE9407EA64E2C318&index=1

Linear Algebra（麻省理工公开课：线性代数）

这门课广受中国大学生欢迎，成为了很多学校的中国大学生学习线性代数的第二甚至是第一课堂。 

官方介绍

https://ocw.mit.edu/courses/mathematics/18-06-linear-algebra-spring-2010/

网易公开课 

http://open.163.com/newview/movie/courseintro?newurl=%2Fspecial%2Fopencourse%2Fdaishu.html

Bilibili 

https://www.bilibili.com/video/BV1zx411g7gq?from=search&seid=17131766025151339890

英文版

https://www.youtube.com/watch?v=ZK3O402wf1c&list=PLE7DDD91010BC51F8

Matrix methods in data analysis, signal processing and machine learning（麻省理工公开课：矩阵应用于数据分析 信号处理 深度学习）

同样也是一门基础课，是上一门线性代数的扩展，讲述数据分析、信号处理和机器学习中的线性代数 

官网介绍

https://ocw.mit.edu/courses/mathematics/18-065-matrix-methods-in-data-analysis-signal-processing-and-machine-learning-spring-2018/

Bilibili 

https://www.bilibili.com/video/BV1Z4411L7ULfrom=search&seid=3877550496405585339

英文版

https://www.youtube.com/watch?v=Cx5Z-OslNWE&list=PLUl4u3cNGP63oMNUHXqIUcrkS2PivhN3k

神经科学类

计算神经科学 Computational Neuroscience

这门课介绍基本的计算方法，帮助学生了解神经系统的功能，并确定它们如何运作。在Coursera平台上，华盛顿大学的课程。

Coursera 

https://www.coursera.org/learn/computational-neuroscience

Bilibili

https://www.bilibili.com/video/BV1vt411i7AS?from=search&seid=7068352421962019540


计算精神病 Computational Psychiatry Course

瑞士苏黎世联邦理工学院（ETH）的工程系从2011-2012学年度起，开设了计算精神病学课程Computational Psychiatry Courses（CPC）。ETH每年都会邀请世界各地相关领域学者来CPC课堂做报告。

2019年CPC课程：

https://video.ethz.ch/lectures/d-itet/2019/autumn/227-0971-00L.html

2018年CPC课程： 

https://video.ethz.ch/lectures/d-itet/2018/autumn/227-0971-00L.html

这两个网站视频加载有时较慢，想了解课程摘要与介绍，请移步NCC Lab“课代表”版本的CPC2018课程文字整理。

医学神经科学 Medical Neuroscience

如果同学们想要在神经科学这方面补补课的话这是一个好选择，这有一门课建立在细胞和分子生物学、一般生理学和人体解剖学的基础上，主要关注中枢神经系统。相对于之前的课程更偏医学一点。同样是在Coursera平台上，杜克大学的课程。

Coursera 

https://www.coursera.org/learn/medical-neuroscience

Bilibili 

https://www.bilibili.com/video/BV16W411W7LF?p=1                

机器学习类

ICML（国际机器学习大会）Tutorials

ICML（国际机器学习大会）的视频对于想了解机器学习的同学来说是很有价值的。

ICML 2016:

http://techtalks.tv/icml/2016/tutorials/

ICML 2019: 

https://www.bilibili.com/video/BV1T4411N7bT?from=search&seid=10632960595065825201

NeurIPS （神经信息处理系统大会）Tutorials

NeurIPS（神经信息处理系统大会）是人工智能顶级会议，也是机器学习方面的顶级课程，推荐给大家。

NeurIPS 2019：

https://www.bilibili.com/video/BV1fJ411z7nS?from=search&seid=1949665264790979007

NeurIPS 2018：

https://www.bilibili.com/video/BV1at411Q769?from=search&seid=2927519635736274057

TensorFlow

https://tensorflow.google.cn/resources/learn-ml

随着机器学习在计算神经科学领域的逐渐广泛应用，在缺少指导的情况下，学习者需要自己选择学习路线。TensorFlow 提供了与机器学习有关的四个领域（编码、数学、机器学习理论以及如何从头到尾构建您自己的机器学习项目）相关学习资源推荐，供学习者自由选择。 

文献查询推荐

学术网站导航

http://www.4243.net

http://www.6453.net

http://www.9312.net

http://www.20009.net

学术导航网站为大家提供很多入口，比如访问sci-hub，Google学术，小木虫论坛，免费下载知网，百度文库资料等文库，可以在这里找到几乎所有常用链接甚至是软件工具，非常方便！

PubMed

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/

如果想要查询生物医学文献，PubMed是一个好帮手。PubMed是由美国国立卫生研究院提供的一项服务，存档生物医学，生命科学科研文献。免费是PMC的核心原则，但是作者和出版商才是版权的拥有者，所有使用PMC的用户必须遵守版权声明。另外PubMed也有文献订阅功能，右上角登录进去后回到检索页面点击Create Alert，然后其他操作和stork差不多。 

Stork 文献鸟

https://www.storkapp.me/

只需要把想要追踪的关键词和人名都输进去，文献鸟就可以每天自动搜索文献，并且在邮箱上把结果发给你。

END

内容整理：NCC Lab 王海慧 张皓铭 郑书晗

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