做好ChIP实验，抗体是关键！

染色体免疫沉淀（ChIP）是用于研究细胞内蛋白在染色体DNA上分布的经典技术。这些蛋白可能是组蛋白亚单位、转录因子或与DNA直接或间接结合的其它调节蛋白或结构蛋白。

一般的，ChIP实验细分为几个主要步骤：样本制备、蛋白与DNA交联、细胞裂解和染色质片段化、染色质免疫沉淀、洗脱纯化DNA，最后会用定量PCR（qPCR）、芯片或测序等方法确定或筛选出与靶蛋白相互作用的DNA片段。

对于成功的ChIP实验，选择适当的ChIP抗体是最关键的步骤之一。即使是最高质量的抗体，即在经典的Western blot验证中表现非常好的抗体，也不一定适合ChIP。最好考虑使用在ChIP实验中专门验证过并且每个批次都验证过的的抗体。（如ChIPAb+™抗体引物套装）因为ChIP实验的抗体要识别天然染色质状态或可能的交联构象下的蛋白或感兴趣的修饰残基，所以即使同一货号不同批次的抗体，也可能存在结果的差异。如果您的抗体未经专门的质量控制且已证明可在ChIP中应用，我们建议您在评估几种可能的抗体后，再为您的ChIP实验选择一种最适合的。

在您选择抗体之前，必须了解抗体的特异性。在使用针对翻译后修饰的蛋白质（如修饰的组蛋白）的抗体时，尤其是这样。您必须确认所使用的抗体只检测包含特定修饰位点的表位。目前有多种方法来评估抗体的特异性，包括斑点杂交、多肽芯片或多肽抑制分析等。这里给大家推荐一个检测组蛋白抗体特异性的可靠方法— AbSurance™组蛋白抗体特异性芯片（货号16-665、16-668和16-667）。这些芯片在PVDF膜上总共提供了89个组蛋白H2、H3和H4的高质量肽段。分析操作像Westernblot一样简单。结果如下图所示：

利用默克密理博针对三甲基化组蛋白H3赖氨酸4的抗体（货号05-745R）检测特异的相互作用。Absurance™芯片显示了H3K4me3肽段预期的特异性（9A和9B，绿色框），而与其他肽段无相互作用。一抗的稀释度为1:2,000。阳性对照兔IgG显示在12H（蓝色框）。

利用供应商E针对乙酰化组蛋白H3赖氨酸56的抗体检测非特异的相互作用。Absurance™芯片数据表明目标肽段H3K56ac的识别弱（6G和6H，绿色框），而与H3K9ac有着强的交叉反应性（1C和1D，红色框）。一抗的稀释度为1:2,000。阳性对照兔IgG显示在12H（蓝色框）。

文章转至：默克生命科学

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