1978年12月，十一届三中全会决定恢复成立中央纪律检查委员会，陈云当选为中央纪委第一书记。直到1987年，陈云执掌中央纪委长达9年。他提出：“执政党的党风问题是有关党的生死存亡的问题。”
杀几个可以挽救一大批
进入改革开放新时期，沿海一些地区，原来零星的走私贩私在地方领导的错误判断和影响下，逐步形成比较大的甚至是群众性的犯罪活动。1982年1月5日，中央纪委递交了一份《信访简报》，反映广东一些地方走私活动猖獗，少数领导干部带头走私。
陈云看过后勃然大怒，将秘书朱佳木叫进办公室，指着简报说：“告诉鹤寿要严办，要杀几个。杀几个可以挽救一大批，乱世要用重刑，我们解放初期贪污几千元就要枪毙。”
陈云在《信访简报》上批示：“我主张严办几个，判刑几个，以至杀几个，并且登报，否则党风无法整顿。”
正副县委书记相继被处决
陈云密切注视着这场斗争的走向。处理广东省海丰县委书记王仲一案，牵动着他的心绪。
1979年秋到1981年8月，王仲侵吞缉私物资、受贿索贿的总金额达6.9万元。王仲的不法行为在海丰造成严重后果，走私活动得不到制止，一批干部被腐蚀。有人认为，王仲是老同志，做过些贡献，可以考虑从轻处理。但是中央，特别是陈云认为，王仲起了非常坏的示范效果，若不按照党纪国法给予惩处，对改革开放是不利的。
1983年1月17日，在汕头市人民广场举行审判大会，王仲被判处死刑。王仲是改革开放后第一个因贪污腐败被枪毙的县委书记。同年9月18日，海丰县委副书记叶妈坎也因犯巨额走私罪被判处死刑。
这场斗争处理的不只是一个王仲，而是一批。经过持续的努力，东南沿海走私猖獗的局面被初步扭转。1983年10月，陈云在党的十二届二中全会上公布：“就从打击经济领域犯罪以来，中央纪委统计的经济犯罪案件中看，开除党籍的有9000多人，受党纪处分的有1.8万多人，两者合计2.7万多人。”
查处第一只省部级“老虎”
陈云查处的第一只“老虎”是化工部副部长杨义邦。杨义邦在未弄清香港某皮包公司实力的情况下，就贸然同该公司负责人柯某签订了6亿美元的贷款备忘录。他还违反国家保密规定，委托柯某递送我内部信件。指定由北京某公司低于市场价出售塑料原料给柯某的香港公司，使柯某从中获利75万美元。
中央纪委工作人员在查办这个副部长的案件时，遇到不小阻力。
1982年2月，中央纪委给予杨义邦党内严重警告处分。时任中央统战部顾问的刘澜涛就此事致信邓小平、陈云、胡耀邦，认为处理太轻。2月24日，陈云在看到刘澜涛来信后批示：“这件案子书记处讨论了两次，不作决定，我是退无可退，才由纪委作出决定的。一部分参加书记处（讨论）的同志顾虑重重，我看没有必要怕那些负责同志躺倒不干，要讲党性，不怕他躺倒，谁要躺倒，就让他躺吧。”
陈云的批示推动了对杨义邦的重新处理。7月，中央纪委报经中央书记处同意，给予杨留党察看两年和撤销党内一切职务的处分。8月，国务院决定撤销杨义邦化工部副部长职务。这是改革开放后受到查处的第一只省部级“老虎”。
派“女包公”调查江西省省长
陈云打掉的另一只“老虎”是江西省省长倪献策。1985年，50岁的倪献策当上江西省省长。他与一个名叫郭晓红的女人勾搭在一起。郭晓红的弟弟郭勇走私价值60万美元的2000台录像机，被深圳海关查处，并被罚款150万元。郭晓红找到倪献策，要他帮忙“疏通”。在多方走关系受阻后，倪竟要求中国银行南昌分行给郭勇在香港的走私合作方汇去60万美元。
中央纪委得到消息，派出以中央纪委常委刘丽英为首的调查组。刘丽英被陈云称为中央纪委里的“穆桂英”，被老百姓称作“女包公”。调查组摸清了倪献策的犯罪经过，中央纪委决定开除倪党籍。倪因徇私舞弊罪被判刑2年。
1985年，安徽省委常委、省委秘书长洪清源收受贿赂，被中央纪委查处，后获刑10年；1986年，胡亦民任中共大连市委第一书记，利用职权搞特殊化，被予以严重警告处分……在陈云的主持下，一大批经济上有问题的干部被揪了出来。
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