PrecisionMed_肿瘤基因检测FAQ（四）
临床上，很多身体虚弱的晚期肿瘤患者，没办法进行手术和穿刺（穿刺有一定创伤性，可能会引起气胸或转移），或患者出现多处转移，组织不是很好取，或取得的组织样本量达不到基因检测的需求，那么肿瘤患者可以用血液做基因检测吗？灵敏度如何？是否靠谱？
肿瘤的液体活检是最近几年来比较火的技术，《非小细胞肺癌血液EGFR基因突变检测中国专家共识》指出：当肿瘤组织难以获取时，血液是EGFR基因突变检测合适的替代生物材料；也是对可疑组织检测结果的补充；血液EGFR基因突变检测可用于对肺癌分子分型、疗效预测和疾病监测。
肿瘤组织具有异质性，包括时间异质性（药物选择压力导致治疗过程中的时间异质性）和空间异质性（原发灶及转移灶存在有空间异质性），可见肿瘤并不是均一的细胞，而是由很多不同的细胞组成（如下图）。有的癌细胞比例很低，大概在5%以下，要检测到这些癌细胞的基因突变，需要高灵敏度和特异性的检测方法；原发灶的肿瘤（或CTC）因坏死或凋亡（药物、免疫机制及肿瘤细胞竞争等原因）后会释放DNA片段到血液中，这个就叫循环肿瘤DNA（也叫ctDNA），血液做基因检测即是检测ctDNA，血液ctDNA约占整个cfDNA的1%甚至0.01%，要检测ctDNA则需要更高的灵敏度和特异性的方法。
时间异质性
空间异质性
市场上做ctDNA的方法主要有ARMS、dPCR、NGS（HRM方法不够主流），各有各的优缺点。
NGS是目前来说比较前沿主流的技术方法，一般组织样本需要测序500乘以上，而外周血样本需要加大测序深度，测序5000乘以上，有的公司对外周血的样本会测序到10000至30000乘，唯有加大测序深度才能检测到小频率的基因突变（所谓的测序深度，10000乘就是相当于目标序列被平均测了10000次，NGS的好处就是它能平行地测很多次，测的次数越多，它的准确率就越高，当然生信这块的算法也很重要）。
2015年Clin Cancer Res的一篇文章以肿瘤组织检测结果为金标准，验证血液与组织的匹配度，灵敏度达到75% (72/96)，特异性达到 96% (137/142)，一致性可达 88% (209/238)，可见在没有组织的情况下，血液是合适的替代生物材料（当然组织还是检测的金标准）。
Ps：有些肿瘤因为血脑屏障等原因无法进入外周血的，则无法通过ctDNA来做检测，市场上有些公司如果测序深度在5000乘以下，就不要做了，根本没有什么意义，至少的测序深度要在5000乘以上。
目前市场上推出的肿瘤基因检测panel（套餐），产品基因数目及价格差异较大，该如何选择？意义有多大？
目前来说，市场比较常见的几种肿瘤基因检测产品主要有：
一、根据癌种设计的panel：比如肺癌有多少个基因、胃癌有多少个基因、乳腺癌有多少个基因，依据NCCN指南等推荐用几个药物就做几个基因，这是一个产品（价格稍低，针对性强，但不敢保证一定能测到基因突变，因为有些患者的基因突变是比较罕见的基因突变，它并没有包含在这几十个基因突变里面，而是包含在其他一些比较罕见的基因里面，这些罕见的基因突变有可能是跨适应症的靶向药物也有可能没有靶向药）。
二、根据所有的靶向药设计的panel：比如FDA/EMA等批准的几十种靶向药物，甚至包含了处于临床阶段的靶向药物，把这些所有的靶向药物相关的几十个基因整合在一起组成的产品（价格稍高，针对性更强，但不敢保证一定能测到基因突变，因为有些患者的基因突变是比较罕见的基因突变，这些罕见的基因突变目前可能没有靶向药）。
三、把癌症及药物所有相关的基因都组合起来设计的panel：这是一个高端的panel产品，里面不仅涵盖已批准靶向药物，还包括临床正在试验的药物、化疗药物及没有靶药药物的罕见突变等（目前数据显示筛查出来约500-600个跟肿瘤发生、发展相关的基因），panel全部给你测，只要能取到组织样本就一定能给你测出基因突变，但是有没有药物不敢保证。这种产品可以很好的弥补前两种产品的缺点（漏检或者假阴性），只是价格会较高。
四、基于外显子组数据的药物和临床试验设计的panel：该panel对患者肿瘤组织和正常组织的全外显子组（包含3万多个编码基因）进行测序、比对，得出肿瘤中特有的突变信息，据此总结出具有针对性的、可能使患者获益的药物信息。该panel检测覆盖度广，但是同时会带来一系列的问题，同一基因突变的位点可能有多个，不同突变位点对药物的影响不一定相同，与现有药物的关系则没办法给出明确的解释，该panel价格较高，但给出的治疗药物选择更加宽泛。
每种产品都有自己的优势，在真正选择产品的时候建议大家根据经济条件及患者的情况来选择。比如刚确诊的时候，可以选择几十个基因的panel来进行检测。但是如果晚期多处转移的时候，尤其是耐药的患者，基因突变比较复杂紊乱，可以选择更多的基因panel去检测。