确认过眼神，你是不是懂TMB算法的人？
最近小编一直在看关于肿瘤突变负荷（TMB）方面的文献，对FM1和MSK两家的文献进行详细的研究，两家TMB的算法有很大的区别，两家都各有各的道理，因此小编在好奇心的驱使下，比较两家的算法，不做任何评价，纯粹看看区别。
肿瘤突变负荷，英文全称Tumor Mutation Burden（TMB）或Tumor Mutation Load（TML），是一种可定量的生物标志物，用来反映肿瘤细胞中所含有的突变数目，通常用肿瘤细胞基因组编码区的每百万碱基突变数来衡量。
对于TMB的算法，除了WES水平的计算，针对大panel的TMB的算法，通常采用FMI和MSK两家的算法，都是采用大数据的算法（一家10万人数据，一家1万人数据），但是算法存在差异，下面我们对WES水平、FM1和MSK三种算法进行比较。
不同算法的筛选标准
传统意义上，在WES水平上计算TMB时，都是去除同义突变（synonymous），但是FM1在计算WES水平的TMB时，为了减少样本的噪音，TMB计算时包含了同义突变。
2FM1的TMB算法从The Cancer Genomics Atlas (TCGA)数据库中下载569例肺腺癌的WES水平的体细胞突变的结果文件。
利用TCGA的569例肺腺癌的WES水平的数据，用计算机模拟的方式计算FM1 与MSK的TMB。FM1的panel有315个基因，MSK的panel有468个基因，其韦恩图如下所示。
FMI与MSKpanel基因韦恩图
首先计算在WES水平上，以同义突变为变量，包含同义突变和不包含同义突变两种过滤条件计算TMB。下面以图表的方式展示其不同。
显而易见的同义突变对TMB的计算有很大的影响。
根据WES水平的数据，利用FM1的TMB算法，计算FM1的315 panel的TMB以及MSK的468 panel的TMB。比较依据FM1的TMB算法，两种panel的TMB分布，以及与WES水平TMB的拟合性。
利用FM1的TMB算法，计算不同的基因列表的TMB存在差异。
根据WES水平的数据，利用MSK计算TMB的算法，计算FM1的315 panel的TMB以及MSK的468 panel的TMB。比较依据MSK计算TMB的算法，两种panel的TMB分布，以及与WES水平TMB的拟合性。
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