绕过root权限，如何使用GFOLD进行差异表达分析一：GFOLD的安装
Background
1背景
GFOLD 的使用场景
现在转录组的分析非常非常普遍，一般的生信从业者接触的第一类数据类型可能就是转录组数据分析。转录组分析的灵魂步骤，就是寻找不同的groups的差异表达基因，这一步是差异表达基因功能分析的基础。对于有生物学重复的数据（并且一般的转录组数据都会有生物学重复），我们一般采用一个叫edgeR和DEseq的R包。但是你可能非常不幸，你的老板是一个小农主义思想泛滥的人，舍不得花钱测重复，你拿到了一套没有重复的转录组数据。或者咱们换个说法，你的老板是一个非常稳重的人，在正式测数据之前，先预先测了一批数据没有重复的数据进行一个预分析。这时候edgeR依然可以用，不过需要认为指定一个dispersion值，这样的不同的人就可以有不同的结果，在查阅了很多资料之后呢，大家一致认为没有重复的转录组数据应该用GFOLD软件进行安装。
好，我们现在知道了分析的方法。但是没有你分析数据的服务器的sudo密码（为了安全起见，只有管理员才有sudo权限。），但是管理员办事又拖拖拉拉迟迟不给装，老板又对催促得非常厉害。你只能试一下在没有权限的的情况下自己装gfold。今天的这篇文章，详细地讲解如何在非root用户安装GFOLD。也希望各位同学能够举一反三，在非root前提下也能够学会安装其他软件。
好，我们总结一下：
有重复的转录组数据，用的比较多的是DEseq2(负二项分布)，edgeR(负二项分布)， edgeR（二项分布）。
没有重复转录组数据，普遍推荐使用统计大学的GFOLD。
本文默认读者具有最基本的linux操作指示。比如切换文件夹，新建文件夹，移动文件/文件夹。
INSTALL
2
安装
1.安装GSL.
在安装Gfold之前，必须安装一款基于GNU的数值计算工具。
GSL的官方介绍：http://www.gnu.org/software/gsl/
下载命令：
wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-2.2.tar.gz
GSL的非root权限安装方法：
cd /path/where/you/put/software
进入目录以后，可参考 INSTALL 中说明，里面会把遇到的一些常见问题列出方便解决。
对于我们没有root权限的用户，安装必须指定路径，安装到自己的用户环境中。
下边红色字体这一步非常重要！！
等号后边换成你自己的安装路径，之后同样的字符也请自行替换。如果不指定会默认装到系统目录，因为没有写入权限，肯定会出现令人痛苦的Error， 所以要装到自己的制定目录。这一步是一个大坑，大家注意。
./configure --prefix=/YOUR/INSTALL/PATH
make
make check（选做，不运行也完全不影响）
make install
2.安装GFOLD
GFOLD说明书：http://compbio.tongji.edu.cn/~fengjx/GFOLD/gfold.html
下载地址：
http://compbio.tongji.edu.cn/~fengjx/GFOLD/gfold.V1.1.2.tar.gz
下载方法：
wget http://compbio.tongji.edu.cn/~fengjx/GFOLD/gfold.V1.1.2.tar.gz
README里面的安装指南其实也写得比较明白，节选重点如下：
1.To check whether your setting is correct, you can execute the following command in th e terminal
echo $CXXFLAGS
If the output is empty then some steps above are not correctly followed.
If the output is not empty, then the output should be a directory. Check the existence of this directory and make sure that there is a 'gsl' folder in this directory.
2. Compile the program by running command "make". If GSL libraray is not set correctly, errors as the following would occur.
g++ -O3 -Wall -lgsl -lgslcblas -g main.cc -o gfold
In file included from GeneInfo.hpp:29,from main.cc:24:
Utility.hpp:69:36: error: gsl/gsl_statistics_int.h: No such file or directory
Utility.hpp:70:28: error: gsl/gsl_vector.h: No such file or directory
...
If it happens, follow step 1 again. If error remains, try the
following comman:
g++ -O3 -Wall -g main.cc -o gfold -lgsl -lgslcblas -I//YOUR/INSTALLED/PATH/include -L/your/installed/path/lib
3. The executable program is "gfold" with documentation in directory "doc"
根据说明书，将如下两句
export CXXFLAGS="-g -O3 -I/YOUR/INSTALLED/PATH/include -L/home/chaody/bin/lib"
export LD_LIBRARY_PATH="/YOUR/INSTALLED/PATH/lib:"$LD_LIBRARY_PATH
加到home下的.profile文件中。注意：-I 和-L后面没有空格，这也是个坑。
然后source profile
source ~/.profile
直接输入make，回车，此时是报错的，如图：
根据README里的方法，我尝试了
g++ -O3 -Wall -g main.cc -o gfold -lgsl -lgslcblas -I/YOUR/INSTALLED/PATH/include -L/YOUR/INSTALLED/PATH/lib
貌似成功了！因为多了一个可执行的（绿色）gfold文件。
输入
./gfold -h
出现了如下页面。
为了使命令简化，设置环境变量使得只需要输入gfold即可使用该命令：
echo "alias gfold='~/software/gfold.V1.1.2/gfold'" >> ~/.profile
source ~/.profile
OK，安装完毕。
本来想写的更多，无奈篇幅限制。只能写到这。转录组的分析其实也是有很多步骤组成的，比如数据的质控，差异表达分析，mapping软件的比较，如何用ht-seq统计基因的表达量，FPKM的意义以及弊端，对差异表达基因的GO富集分析，KEGG注释等等。都是非常值得写的部分，这会在今后的推文中，详略得当地向大家展示出来。
今天圣诞节，祝大家节日快乐。
如果有什么意见或建议，请跟我联系呦~
And 圣诞快乐呀~~
——爱你们的生物女博士
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