小白生信学习记5：HTseq的安装

当你把测序文件里的reads已经mapping到基因组上去了，接下来通常就是去计算每个基因（或者每种转录本）上有多少的reads在这上面。在测序深度等条件一致时，mapping到的reads越多，则可以认为这个基因的表达量越高。

HTseq-count就是来做这个事情的。（HTSeq其实也有别的功能，比如统计reads的碱基质量。见参考资料1）

reads在mapping到基因上的情况分为以下7种（下图第一列），而HTSeq-count对reads属于什么类型的mapping，有三种解析方式（union，intersection-strict，intersection-nonempty）。默认的模式是union的，也就是说，只有reads都在基因A上，那就认为这个reads属于mapping到基因A上。而一旦有部分序列和基因B有重合，则认为是有歧义（ambiguous）的。如果reads不属于这7种模式中的任何一种，则认为是no_feature 的。

现在我们讲一下这个软件的安装。HTSeq是一个python包。

所以：

1.首先检查默认使用的python版本：

python -V

如果是版本比较低于2.7，则需要安装一个>=2.7的。

我是在自己的环境里安装的。也就是非root权限下安装：

下载方法前面有提过。可以在电脑里下载好，传到服务器上，也可以用wget或者curl等工具进行下载。

在下载好新版本的python后，

#解压tar

gzip Python-2.7.13.tar

tar zxvf Python-2.7.13.tar.gz

#进入文件夹

cd Python-2.7.13/

#必须用绝对路径，~/local/python2.7.13是不可以的

./configure --prefix=/home/chaody/software/python2.7.13/

make

make install

vi ~/.profile

在.profile加入：alias python='~/software/python2.7.13/bin/python2.7'

退出后

source ~/.profile

#此时输入

python

跳出来的python编辑器是我自己安装在自己账户下的python2.7，而非服务器的。输入quit() 可以退出python。

2. 安装HTSeq

如果你没发现这个提示，在下面的操作也会发现，你需要装一个Numpy。

tar -zvxf HTSeq-0.6.1p1.tar.gz

cd HTSeq-0.6.1p1/

python setup.py build

果然发现需要先安装numpy！

3. 安装numpy

3.1.直接下载和安装。

curl -OL

tar -xzvf numpy-1.11.2.tar.gz

cd numpy-1.11.2/

python setup.py build

python setup.py install

#你也可以使用pip或ez_install安装（如果你装过的话）。

4. 装好numpy后，重新安装HTSeq

cd ~/software/HTSeq-0.6.1p1/

python setup.py build

python setup.py install

搞定！

输入htseq-count

就会出现用法了。

看到这里不知大家有没自己去看看软件的主页，其实每个软件的安装方法，软件的作者都是给出来过的。

小白生信学习记大体写到这，以后不定时更新。感谢大家一直以来的学习。尤其是当我得知其实有人是跟着一步步操作过来的，感觉备受鼓励。

软件的使用我不打算写了。一是网上有许多别人写好的现成的中文的（比如生信技能树创建人的Jimmy兄），二是每个软件的用法可以去找对应的说明文档，或者查看自带的这个help文档。而有的软件作者甚至会直接给你一个protocol，比如tophat2和hisat2。

再次感谢！

资料：

参考资料1：

HTseq说明文档：

HTseq下载网址：

Jimmy的个人博客：，微信公众号：biotrainee

生信技能树：

抱歉，上次漏掉了的小白生信学习记4所需要的上机文件链接在这: https://pan.baidu.com/s/1bpw1wBl 密码: axk2

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