perl模块异常symbol lookup error的解决方式

关于perl这个让人又爱又恨的编程语言，在大学的时候就折腾了好久（三个月吧），折腾完之后发现自己连个实现多序列比对xml结果的解析都实现不了，后来就换python了。不过毕竟当前很多主流生信软件还是采用的perl，跟perl打交道总不可避免，有麻烦也不可避免。

我遇到的问题是，报错perl: symbol lookup error:**** undefined symbol: Perl_xs_apiversion_bootcheck。

事情的起因是：系统内核由ubuntu distribution 换成了CentOS，虽然都是linux，有些套路还是不太一样。centOS的更新周期比较长，但稳定性比较高，这里就是说一下为什么换系统，具体的不同，说不清楚。  系统换了之后所有的个人配置文件保留，包括所有的packages，libraries。

最近要用到一些依赖于perl环境的软件，包括miRNA领域经典的mirdeep2 和另一个常用的Transdecoder。不得不说perl的模块依赖真可谓错综复杂。

mirdeep2 依赖于PDF::API2 跟 Compress::Zlib

Transdecoder 依赖于DB_File

Transdecoder之后就要用到Trinotate，而Trinotate貌似依赖于Compress::Zlib

还有貌似个什么plugin依赖于LWP::Simple

而大部分需要联网下载的perl程序都依赖于LWP::Simple

由于新管理员采用了conda管理所有能管理的东西，但保留了所有的personal configure。

于是，我用什么都有类似报错：

perl: symbol lookup error:/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/auto/DB_File/DB_File.so: undefined symbol: Perl_xs_apiversion_bootcheck

经过百度／google一通，得知原因是由于模块版本跟当前环境中的perl版本的不兼容。

解决问题的步骤如下：

1. 弃用了管理员的conda下的cpan，自己下载了cpanm对所依赖的包进行了安装

    结果：由于cpanm 依赖源比cpan少，有时候只能从镜像下载，有些版本安装不了，Failed

2. 弃用了/usr/bin/perl，自己安装了bioconda环境，重装了perl5，v5.22.0

    结果：刚开始看着好像能用了，的确能用了，但由于很多软件依赖的perl脚本起头就是/usr/bin/perl，管理员给我用的测试脚本改成了/usr/bin/env perl, 测试脚本可以用了， 但别的还是不行； 相当于Failed

3. 一怒之下把自己所有的perl库都卸掉，把bioconda的PATH删掉，仍然用/usr/bin/perl，然后cpan重装

    结果： 报错，只不过是换了一种反式，类似于Abort: load XXXX failed， 这里忘了记录。

4. 冷静了一会，开始想起来曾经看过的草泥马perl书上讲过一个用来测试perl模块的命令：

    执行 perl -MComress::Zlib -e 1

    得到报错：Compress::Raw::Zlib object version 2.012 does not match bootstrap parameter 2.01

    意思就是仍然是安装版本跟环境要求不同，略慌，明明删了好几次了——肯定是没删干净

    执行find `perl -le 'print "@INC"'` | grep Zlib

    得到二十多行内容，也就是说在perl @INC里还有之前残存的Zlib，力求一次删干净

    执行find `perl -le 'print "@INC"'` | grep Zlib > remove.list | rm -rf `cat remove.list`

    之后再执行perl -MComress::Zlib -e 1， 提示： Can't locate XXXXX in @INC

    执行cpan install Comress::Zlib

    再次测试，就可以用了。

总觉得得放个图才好。