我的转录组学习小书
在我刚接触生信的时候,我以为生信就是BLAST和NCBI。直到2016年那个夏天接触到一批RNA-Seq数据,让我感受到高通量数据分析的魅力,于是就开始了我自学生信这条路。
那个时候没有人指导,一切都靠自己摸索。那个时候为了学习RNA-Seq书分析,专门找了RNA Data Analysis这本书去看,看完了两遍,迷迷糊糊还是不懂。 但是在强大的兴趣驱使下,我并没有放弃,坚持了下来。
于是我看了鸟哥的Linux私房菜, 听了马哥的Linux运维课程, 通过网络爬虫入门Python, 在生物统计学课上补充了统计学和R语言, 期间还了解高通量测序的基本概念,看了Bioinformatic Data Skill 和 biostar handbook 。在如此多的积累之下,终于有一天我感觉自己迈过了生信初学者的门槛,不再像以前那么迷茫了。
为了让自己的知识能够沉淀下来,于是我跟着转录组继续从RNA-Seq数据分析开始,尽量把每一步我所知道的内容都记录下来。
有一天,当我继续把自己的学习笔记抢鲜版的PDF发到我的转录组密友辅导群(我的小密圈好多小伙伴都在学习RNA-Seq,为了感谢他们的支持,所以就专门建立了这个群)时,Y叔说我可以建立一个GitHub repo呀,这样大家就可以共同协作修改了。
于是我花了大概7个的番茄钟的时间把我之前的git学习笔记复习了一遍,然后用七牛云+极简图床解决了图片的问题, 就把我的学习笔记上传到GitHub上了,欢迎访问https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics。阅读原文可直达。
简单的git笔记,可略去
创建一个GitHub账号
认证Git Remotes
# 本地创建SSH keys ssh-keygen -b 2048 cat ~/.ssh/id_rsa.pub
将结果复制到GitHub设置的SSH and GPG keys
# 验证
ssh -T git@github.com
# 看到下面信息表示没有问题
Warning: Permanently added the RSA host key for IP address '192.30.255.112' to the list of known hosts.
Hi xuzhougeng! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.
在GitHub上建立一个仓库,
复制仓库地址
将项目克隆到本地
git clone git@github.com:xuzhougeng/Learn-Bioinformatics.git # 查看远程信息 git remote -v
这里的origin约定习俗表示为主要的远程仓库的命名,毕竟一个本地仓库可以推送到多个远程仓库
准备本地的内容
# 先准备要推送的内容 touch Initing-the-Environment.md # 把写好的内容复制进去,然后查看状态 git status # 告诉git要进行追踪的文件 git add Initing-the-Environment.md git status # 提交改动 gti commit -m "lesson 1" git status
提交到GitHub
git push origin master
在GitHub看最终效果
目前我在微信更新了3篇笔记,这些内容都会同步到我的GitHub上,然后我的第四篇笔记也已经上传到了GitHub上。