我的R包：zgtools使用指北

项目页面： https://github.com/xuzhougeng/zgtools

安装方法：

# 这个必须装，感谢Y叔提醒
install.package("devtools")
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# 感谢Y叔提醒
biocLite("xuzhougeng/zgtools")

功能：
顾名思义，zgtools, 就是我的常用工具，比如说我会把我自己会经常用到的流程写成函数。目前的功能如下：

• auto_ge_analyzer.R: 自动化基因表达分析流程。 说是自动，其实你还是需要自己提供文件路径和试验设计。其中文件必须得是用salmon得到的count matrix file。你看这个R包是不是很垃圾，完全不能实现我心里那种，大喊一声”给我分析RNA-Seq数据”， 过了几分钟就有结果的那种效果。

• enrich_analyzer.R: auto_ge_analyzer的其中一个组件，把Y叔的clusterProfiler 里面的富集分析工具放到一个函数里面。 没有任何的创意，我唯一的工作就是写了一个函数，我自己都看不过去了。

• eda_plot.R : auto_ge_analyzer的其中一个组件。 把一些探索性数据分析(explorary data analysis)的图用一个函数的方式画了出来。 我的工作就是写了一个函数，做了code的搬运工，一点都不geek。

• 其他： 我没有想好写啥，慢慢更新吧。

缘起

这是我在学习 Hadley Wickham 的 R package 后的第一个R包作品。

我一直想把自己常用的代码封装起来，这样就能非常方便的使用了。

为了让自己的代码写的更高端一点，所以我没事就去Y叔的GitHub 观摩他的代码，然后我总能在他的代码部分看到如下内容

##' drawing phylogenetic tree from phylo object
##'
##'
##' @title ggtree
##' @param tr phylo object
##' @param mapping aes mapping
##' @param layout one of 'rectangular', 'slanted', 'fan', 'circular', 'radial', 'equal_angle' or 'daylight'
##' @param open.angle open angle, only for 'fan' layout

##' @param mrsd most recent sampling date

不明觉厉，于是我就默默地去搜索这些神秘代码是什么出处，于是就被我搜到Hadley写的R package 这本书。最好的学习方式就是践行，于是在稍微看完第一遍这本书后，我就动手写这个R包了。

这个R包，不出意外，一定会是一个不太好用的R包，里面充斥了大量的代码问题，比如说没有考虑到环境变量，没有考虑到用户的使用习惯，没有太多的创新性。 

但是，至少我把他写出来了，后面就是不断改进了。

少年，你要不要也去看下 Hadley写的 R package, 然后写一个R包玩玩。

PS: 请诚实的告诉我， 你们是不是被题图吸引过来的。