R可视乎|蜂群图

蜂群图

蜂群图类似于使用jitter在箱须图中展示每一个分组内部各个样本的分布情况。

两个图的差别是jitter是是的样本点在横轴随机平移，而蜂群图对样本点的排列更为规律，同时其还能够根据其它参数对样本点进行颜色的匹配。

之前已经介绍过使用jitter绘制箱须图中的样本点，详细的内容见这篇文章，这里介绍一下蜂群图的绘图方法。

beeswarm包

蜂群图使用R语言的beeswarm包进行绘制，首先还是来看一下具体的绘图参数。

beeswarm(x,
    method = c("swarm", "center", "hex", "square"),
    vertical = TRUE, horizontal = !vertical,
    cex = 1, spacing = 1, breaks = NULL,
    labels, at = NULL,
    corral = c("none", "gutter", "wrap", "random", "omit"),
    corralWidth, side = 0L,
    priority = c("ascending", "descending", "density", "random", "none"),
    pch = par("pch"), col = par("col"), bg = NA,
    pwpch = NULL, pwcol = NULL, pwbg = NULL,
    do.plot = TRUE, add = FALSE, axes = TRUE, log = FALSE,
    xlim = NULL, ylim = NULL, dlim = NULL, glim = NULL,
    xlab = NULL, ylab = NULL, dlab = "", glab = "",    ...)

各参数意义：

• x为绘图数据；

• method定义数据点的排列方法；

• vertical和horizontal定义绘图方向；

• cex定义点的相对大小；

• spacing定义点与点间相对距离的大小；

• labels定义每组的标签名称；

• at定义绘制蜂巢的位置；

• corral定义点的调整方法；

• corralWidth定义点调整方法的宽度范围；

• pch、col、bg定义点的形状、颜色和填充颜色；

• pwpch、pwcol、pwbg定义point-wise的形状、颜色和填充颜色；

• do.plot定义是否绘图；

• add定义是否添加到已有图形中；

• axes定义是否绘制坐标轴；

• log定义数据是否要进行log转换；

• xlim和ylim定义坐标轴的值域；

• xlab和ylab定义坐标轴标签；

• dlim和glim相当于xlim和ylim；

• dlab和glab相当于xlab和ylab。

绘图过程

我们先来绘制一个简单的蜂群图，使用OrchardSparays作为示例数据。

beeswarm(decrease ~ treatment,
    data = OrchardSprays, log = TRUE,
    pch = 16, col = rainbow(8))

再来绘制一个复杂的蜂群图。

data(breast)
beeswarm(time_survival ~ ER, data = breast,
    pch = 16, pwcol = 1 + as.numeric(event_survival),
    xlab = "", ylab = "Follow-up time (months)",
    labels = c("ER neg", "ER pos"))
legend("topright", legend = c("Yes", "No"),
    title = "Censored", pch = 16, col = 1:2)

在图中，使用点的颜色来表示研究个体是否存活。

很多时候蜂群图通常与箱须图一共使用来展示数据的分布，我们再来绘制一个箱须图与蜂群图同时出现的例子，在上面的命令后再添加仪表命令。

boxplot(time_survival ~ ER, data = breast, add = T, names = c("",""), col="#0000ff22")