不知不觉两年多过去了，最近整理以前学习群记录发现了当初的宏伟计划，其中一个小成果是：生物信息学最佳实践–基础篇。图灵出版社的编辑鞭策了我一年多，还没有把它整理成为出版级别的质量，我也不知道为什么也不知道问题出在哪里。（总之自己的精力被不喜欢的科研耗着了，我也很无语）

• 前言

• 致谢

• 作者简介

• 1 数据产生

• 1.1 芯片技术

• 1.1.1 三大芯片制造商

• 1.1.2 表达谱芯片

• 1.1.3 基因分型芯片

• CNV芯片

• 1.1.4 甲基化芯片

• 1.1.5 miRNA芯片

• 1.2 一代测序技术

• 1.3 二代测序技术

• 1.3.1 NGS先行者：454及其序列数据

• 1.3.2 渐行渐远：SOLiD及其序列数据

• 1.3.3 一家独大：illumina 及其数据

• 1.4 2.5代测序:Ion Torrent

• 1.5 三代测序

• 1.5.1 异军突起的pacbio

• 1.5.2 长到天际的Nanopore

• 2 数据存放类型

• 2.1 FASTQ

• 2.2 FASTA

• 2.3 SAM格式

• 2.4 BAM 格式

• 2.5 VCF

• 2.6 GTF和GFF

• 2.7 GenePred

• 2.8 BED

• 2.9 MAF

• 其它格式

• 3 生物信息学数据库资源

• 3.1 基因ID

• 3.2 参考基因组版本

• 3.3 NCBI

• 3.4 Ensembl

• 3.5 UCSC

• 3.6 ENCODE

• 3.7 GENCODE

• 3.8 TCGA

• 3.9 1000 GENOME

• 4 统计及可视化

• 4.1 描述性统计量

• 4.2 概率相关

• 4.3 估计

• 4.4 相关性分析

• 4.5 第五节 常用统计方法

• 4.5.1 差异分析

• 4.5.2 生存分析

• 4.5.3 主成分分析

• 4.5.4 进化树

• 4.6 常用可视化工具

• 4.6.1 在线工具

• 4.6.2 R绘图系统

• 4.7 可视化举例

• 4.7.1 表达矩阵可视化大全

• 4.7.2 转录本结构图

• 4.7.3 reads覆盖图

• 4.7.4 其它

• 5 计算资源及编程

• 5.1 硬件配置

• 5.2 软件安装

• 5.2.1 二进制软件(预编译版本) {soft-binary}

• 5.2.2 源码软件 {soft-source-code}

• 5.2.3 系统自带软件中心 {soft-repositories}

• 5.2.4 conda软件管理 {soft-conda}

• 5.2.5 语言类软件（模块、包） {soft-packages}

• 5.3 环境变量

• 5.4 编程语言

• linux的shell

• R

• perl

• python

• R包安装终极解决方案

• perl模块终极解决方案

• Python包安装的小结

• 6 生物学基础知识

• 6.1 中心法则

• DNA 与 复制

• RNA 与 转录

• 蛋白质基础

• 6.2 组学

• 基因组

• 转录组

• 表观组

• 微生物组

• 蛋白质组

• 代谢组