一大波CNS级别单细胞文章等你来读
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我们团队收集整理了2G的单细胞文献PDF文件，但是各种云盘总是封杀这样的资源链接，我们也很难办。
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文献领读分享标准
首先必须要有文章发表于年份，以及杂志，标题 这样的开头
然后是摘要
使用哪种单细胞转录组技术，测下多少个样品，多少个细胞
重点发现是什么（细胞亚群，还是特殊通路）
正文5个重点
首先是样品，建库测序，RNA-seq上游分析概况
然后是质量控制情况，最后的表达矩阵是多少个基因多少个细胞
接着介绍作者是如何挑选重要的基因和降维
降维后的聚类以及对每个类的注释
类的下游分析(差异分析或者实验验证等)
最后总结一下
这个研究的发现了什么，意义是什么。点出它的特色。
我们收集的文献有
A developmental landscape of 3D-cultured human pre-gastrulation embryos.
PMID：31830756
发表期刊：Nature
影响因子：43.07
Multi-omics profiling of mouse gastrulation at single-cell resolution.
PMID：31827285
发表期刊：Nature
影响因子：43.07
发表时间：2019 Dec 11
A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart.
PMID：31835037
发表期刊：Cell.
影响因子：36.216
发表时间：2019 Dec 12
Single-cell multiomic analysis identifies regulatory programs in mixed-phenotype acute leukemia.
PMID：31792411
发表期刊：Nat Biotechnol
影响因子：31.864
发表时间：2019 Dec 2
Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial target in glioblastoma.
PMID：31873309
发表期刊：Nat Med
影响因子：30.641
发表时间：2019 Dec 23
Single cell transcriptome analysis reveals disease-defining T cell subsets in the tumor microenvironment of classic Hodgkin lymphoma.
PMID：31857391
发表期刊：Cancer Discov
影响因子：26.37
发表时间：2019 Dec 19
Loss of ADAMTS19 causes progressive non-syndromic heart valve disease.
PMID：31844321
发表期刊：Nat Genet
影响因子：25.455
发表时间：2019 Dec 16
CD4+ T Cell Help Is Required for the Formation of a Cytolytic CD8+ T Cell Subset that Protects against Chronic Infection and Cancer.
PMID：31810883
发表期刊：Immunity
影响因子：21.522
发表时间：2019 Dec 17
Hic1 Defines Quiescent Mesenchymal Progenitor Subpopulations with Distinct Functions and Fates in Skeletal Muscle Regeneration.
PMID：31809738
发表期刊：Cell Stem Cell.
影响因子：21.464
发表时间：2019 Dec 5
Design and application of single-cell RNA sequencing to study kidney immune cells in lupus nephritis.
PMID：31853010
发表期刊：Nat Rev Nephrol
影响因子：19.684
发表时间：2019 Dec 18
Using single-cell technologies to map the human immune system - implications for nephrology.
PMID：31831877
发表期刊：Nat Rev Nephrol.
影响因子：19.684
发表时间：2019 Dec 12
The power of one: advances in single-cell genomics in the kidney.
PMID：31819231
发表期刊：Nat Rev Nephrol.
影响因子：19.684
发表时间：2019 Dec 9
Genetic predisposition to mosaic Y chromosome loss in blood.
PMID：31748747
发表期刊：Nature
影响因子：43.07
发表时间：2019 Nov 20
In vitro culture of cynomolgus monkey embryos beyond early gastrulation.
PMID：31672918
发表期刊：Science
影响因子：41.037
发表时间：2019 Nov 15
Modeling the Evolution of Human Brain Development Using Organoids.
PMID：31778651
发表期刊：Cell
影响因子：36.216
发表时间：2019 Nov 27
B Cells and T Follicular Helper Cells Mediate Response to Checkpoint Inhibitors in High Mutation Burden Mouse Models of Breast Cancer.
PMID：31730857
发表期刊：Cell
影响因子：36.216
发表时间：2019 Nov 14
Clonal Decomposition and DNA Replication States Defined by Scaled Single-Cell Genome Sequencing.
PMID：31730858
发表期刊：Cell
影响因子：36.216
发表时间：2019 Nov 14
Genetic Identification of Vagal Sensory Neurons That Control Feeding
PMID：31730854
发表期刊：Cell
影响因子：36.216
发表时间：2019 Nov 14
Clonally Expanded T Cells Reveal Immunogenicity of Rhabdoid Tumors.
PMID：31708437
发表期刊：Cancer Cell
影响因子：23.916
发表时间：2019 Nov 7
Single-Cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thymic Lymphoid Progenitors and Thymus Organogenesis in Human Embryos
PMID：31604687
发表期刊：Immunity
影响因子：21.522
发表时间：2019 Nov 19
A single-cell atlas of entorhinal cortex from individuals with Alzheimer's disease reveals cell-type-specific gene expression regulation.
PMID：31768052
发表期刊：Nat Neurosci
影响因子：21.126
发表时间：2019 Nov 25
Mapping microglia states in the human brain through the integration of high-dimensional techniques.
PMID：31740814
发表期刊：Nat Neurosci
影响因子：21.126
发表时间：2019 Nov 18
A Tppp3+Pdgfra+ tendon stem cell population contributes to regeneration and reveals a shared role for PDGF signalling in regeneration and fibrosis.
PMID：31768046
发表期刊：Nat Cell Biol
影响因子：17.728
发表时间：2019 Nov 25
Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development.
PMID：31619793
发表期刊：Nature.
影响因子：43.07
发表时间：2019 Oct 16
Dissecting primate early post-implantation development using long-term in vitro embryo culture.
PMID：31672917
发表期刊：Science.
影响因子：41.037
发表时间：2019 Oct 31
Spatiotemporal immune zonation of the human kidney.
PMID：31604275
发表期刊：Science.
影响因子：41.037
发表时间：2019 Sep 27
Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma.
PMID：31675496
发表期刊：Cell.
影响因子：36.216
发表时间：2019 Oct 31
Generation of Blastocyst-like Structures from Mouse Embryonic and Adult Cell Cultures.
PMID：31626770
发表期刊：Cell.
影响因子：36.216
发表时间：2019 Oct 17
Multimodal Analysis of Cell Types in a Hypothalamic Node Controlling Social Behavior.
PMID：31626771
发表期刊：Cell.
影响因子：36.216
Locally instructed CXCR4hi neutrophils trigger environment-driven allergic asthma through the release of neutrophil extracellular traps.
PMID：31591573
发表期刊：Nat Immunol.
影响因子：23.53
发表时间：2019 Oct 7
Single Cell Sequencing of Mouse Heart Immune Infiltrate in Pressure Overload-Driven Heart Failure Reveals Extent of Immune Activation.
PMID：31661975
发表期刊：Circulation.
影响因子：23.054
发表时间：2019 Oct 30
Transcriptional Atlas of Intestinal Immune Cells Reveals that Neuropeptide α-CGRP Modulates Group 2 Innate Lymphoid Cell Responses.
PMID：31618654
发表期刊：Immunity.
影响因子：21.522
发表时间：2019 Oct 15
TCF-1-Centered Transcriptional Network Drives an Effector versus Exhausted CD8 T Cell-Fate Decision.
PMID：31606264
发表期刊：Immunity.
影响因子：21.522
发表时间：2019 Oct 7
Single-Cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thymic Lymphoid Progenitors and Thymus Organogenesis in Human Embryos.
PMID：31604687
发表期刊：Immunity.
影响因子：21.522
发表时间：2019 Oct 3
In vivo CRISPR screening in CD8 T cells with AAV–Sleeping Beauty hybrid vectors identifies membrane targets for improving immunotherapy for glioblastoma
PMID：31548728
发表期刊：Nat Biotechnol.
影响因子：31.864
发表时间：2019 Sep 23
The phenotypes of proliferating glioblastoma cells reside on a single axis of variation.
PMID：31554641
发表期刊：Cancer Discov.
影响因子：26.37
发表时间：2019 Sep 25
Data denoising with transfer learning in single-cell transcriptomics.
PMID：31471617
发表期刊：Nat Methods.
影响因子：28.467
A pooled single-cell genetic screen identifies regulatory checkpoints in the continuum of the epithelial-to-mesenchymal transition.
PMID：31477929
发表期刊：Nat Genet.
影响因子：25.455
Activation of Hedgehog Signaling Promotes Development of Mouse and Human Enteric Neural Crest Cells, Based on single-cell Transcriptome Analyses.
PMID：31442438
发表期刊：Gastroenterology.
影响因子：19.233
发表时间：2019 Aug 20
Interleukin 1 beta and Matrix Metallopeptidase 3 Contribute to Development of EGFR-dependent Serrated Polyps in Mouse Cecum
PMID：31470007
发表期刊：Gastroenterology.
影响因子：19.233
发表时间：2019 Aug 27
Single-cell transcriptional analyses of spasmolytic polypeptide-expressing metaplasia arising from acute drug injury and chronic inflammation in the stomach.
PMID：31481545
发表期刊：Gut.
影响因子：17.943
发表时间：2019 Sep 3
A large pool of actively cycling progenitors orchestrates self-renewal and injury repair of an ectodermal appendage.
PMID：31481792
发表期刊：Nat Cell Biol
影响因子：17.728
发表时间：2019 Sep
Diversification and CXCR4-Dependent Establishment of the Bone Marrow B-1a Cell Pool Governs Atheroprotective IgM Production Linked To Human Coronary Atherosclerosis
PMID：31549940
发表期刊：Circ Res.
影响因子：15.862.
Reconstituting the transcriptome and DNA methylome landscapes of human implantation
PMID：31435013
发表期刊：Nature
影响因子：43.07
发表时间：2019 Aug 21
Conserved cell types with divergent features in human versus mouse cortex
PMID：31435019
发表期刊：Nature
影响因子：43.07
发表时间：2019 Aug 21
Locally renewing resident synovial macrophages provide a protective barrier for the joint
PMID：31391580
发表期刊：Nature
影响因子：43.07
发表时间：2019 Aug 07
Clonal replacement of tumor-specific T cells following PD-1 blockade
PMID：31359002
发表期刊：Nat Med
影响因子：30.641
Atheroprotective roles of smooth muscle cell phenotypic modulation and the TCF21 disease gene as revealed by single-cell analysis
PMID：31359001
发表期刊：Nat Med
影响因子：30.641
发表时间：2019 Jul 29
Molecular mechanisms of lineage decisions in metabolite-specific T cells.
PMID：31431722
发表期刊：Nat Immunol.
影响因子：23.53
发表时间：2019 Aug 20
An Nfil3-Zeb2-Id2 pathway imposes Irf8 enhancer switching during cDC1 development
PMID：31406377
发表期刊：Nat Immunol
影响因子：23.53
发表时间：2019 Aug 12
Single-Cell Survey of Human Lymphatics Unveils Marked Endothelial Cell Heterogeneity and Mechanisms of Homing for Neutrophils
PMID：31402260
发表期刊：Immunity
影响因子：21.522
发表时间：2019 Aug 01
Defining the Identity and Dynamics of Adult Gastric Isthmus Stem Cells
PMID：31422913
发表期刊：Cell Stem Cell
影响因子：21.464
发表时间：2019 Aug 08
Single-cell analysis of cardiogenesis reveals basis for organ-level developmental defects.
发表期刊：Nature.
影响因子：43.07
PMID：31341279
发表时间：2019 Jul 24
RNA sequencing: the teenage years.
发表期刊：Nat Rev Genet.
影响因子：43.07
PMID：31341269
发表时间：2019 Jul 24
Neuronal vulnerability and multilineage diversity in multiple sclerosis.
发表期刊：Nature.
影响因子：43.07
PMID：31316211
发表时间：2019 Jul 17
A human liver cell atlas reveals heterogeneity and epithelial progenitors.
发表期刊：Nature.
影响因子：43.07
PMID：31292543
发表时间：2019 Jul 10
scSLAM-seq reveals core features of transcription dynamics in single cells.
发表期刊：Nature.
影响因子：43.07
PMID：31292545
发表时间：2019 Jul 10
Single-cell analysis reveals T cell infiltration in old neurogenic niches.
发表期刊：Nature.
影响因子：43.07
PMID：31270459
发表时间：2019 Jul 03
Neutrophils Driving Unconventional T Cells Mediate Resistance against Murine Sarcomas and Selected Human Tumors.
发表期刊：Cell.
影响因子：36.216
PMID：31257026
发表时间：2019 Jul 11
An Integrative Model of Cellular States, Plasticity, and Genetics for Glioblastoma.
发表期刊：Cell
影响因子：36.216
PMID：31327527
发表时间：2019 Jul 9
Epigenomics and Single-cell Sequencing Define a Developmental Hierarchy in Langerhans Cell Histiocytosis.
发表期刊：Cancer Discov.
影响因子：26.37
PMID：31345789
发表时间：2019 Jul 25
Generation of Human PSC-Derived Kidney Organoids with Patterned Nephron Segments and a De Novo Vascular Network.
发表期刊：Cell Stem Cell.
影响因子：21.464
PMID：31303547
Cellular crosstalk in the development and regeneration of the respiratory system
发表期刊：NAT Rev Mol cell Biol
影响因子：43.351
PMID：31217577
发表时间：2019 Jun 19
Individual brain organoids reproducibly form cell diversity of the human cerebral cortex
发表期刊：Nature
影响因子：43.07
PMID：31168097
发表时间：2019 Jun 05
Obesity remodels activity and transcriptional state of a lateral hypothalamic brake on feeding
发表期刊：Science
影响因子：41.037
PMID：31249056
发表时间：2019 Jun 28
Cross-species single-cell analysis of pancreatic ductal adenocarcinoma reveals antigen-presenting cancer-associated fibroblasts
发表期刊：Cancer Discov
影响因子：26.37
PMID：31197017
发表时间：2019 Jun 13
The immune cell landscape in kidneys of patients with lupus nephritis
发表期刊：Nat Immunol
影响因子：23.53
PMID：31209404
发表时间：2019 Jun 17
Transcriptional dynamics of pluripotent stem cell-derived endothelial cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing
发表期刊：Eur Heart J
影响因子：23.239
PMID：31242503
发表时间：2019 Jun 26
Single Cell Analysis of the Normal Mouse Aorta Reveals Functionally Distinct Endothelial Cell Populations
发表期刊：Circulation
影响因子：23.054
PMID：31146585
发表时间：2019 May 31
Single-Cell RNA Sequencing of the T Helper Cell Response to House Dust Mites Defines a Distinct Gene Expression Signature in Airway Th2 Cells
发表期刊：Immunity
影响因子：21.522
PMID：31231035
发表时间：2019 Jun 14
Sensory lesioning induces microglial synapse elimination via ADAM10 and fractalkine signaling.
发表期刊：Nat Neurosci
影响因子：21.126
PMID：31209379
发表时间：2019 Jun 17
Single-cell genomics identifies cell type-specific molecular changes in autism.
PMID：31097668
发表期刊：Science
影响因子：41.058
发表时间：2019-5-17
Identification of a regeneration-organizing cell in the Xenopus tail.
PMID：31097661
发表期刊：Science
影响因子：41.058
发表时间：2019-5-17
Temporal patterning of apical progenitors and their daughter neurons in the developing neocortex.
PMID：31073041
发表期刊：Science
影响因子：41.058
发表时间：2019-5-10
A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia.
PMID：31130381
发表期刊：Cell
影响因子：31.398
发表时间：2019-5-23
Adaptive Immune Resistance Emerges from Tumor-Initiating Stem Cells
PMID：31031009
发表期刊：cell
影响因子：31.398
发表时间：2019-4-25
Mechanisms of lymphoma clearance induced by high-dose alkylating agents
PMID：31040105
发表期刊：Cancer discovery
影响因子：24.373
发表时间：2019-4-30
Single-Cell Analysis of the Liver Epithelium Reveals Dynamic Heterogeneity and an Essential Role for YAP in Homeostasis and Regeneration.
PMID：31080134
发表期刊：Cell Stem Cell
影响因子：23.29
发表时间：2019-5-1
YAP, but Not RSPO-LGR4/5, Signaling in Biliary Epithelial Cells Promotes a Ductular Reaction in Response to Liver Injury.
PMID：31080135
发表期刊：Cell Stem Cell
影响因子：23.29
发表时间：2019-5-7
Defining inflammatory cell states in rheumatoid arthritis joint synovial tissues by integrating single-cell transcriptomics and mass cytometry.
PMID：31061532
发表期刊：nature immunology
影响因子：21.809
发表时间：2019-5-6
A single-cell atlas of mouse brain macrophages reveals unique transcriptional identities shaped by ontogeny and tissue environment.
PMID：31061494
发表期刊：nature neuroscience
影响因子：19.912
发表时间：2019-5-6
HBEGF+ macrophages in rheumatoid arthritis induce fibroblast invasiveness.
PMID：31068444
发表期刊：SCI Transl Med
影响因子：16.71
发表时间：2019-5-8