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昨天我们生信技能树分享了 TCGA数据库免疫相关文件下载大全，里面给出来了2018年4月Immunity杂志上发表的文章The Immune Landscape of Cancer 整理好的49G的TCGA数据库文件，其中一个是甲基化信号值矩阵，单个文件就39G。

大量粉丝留言表示：基本上在中国大陆是无法下载的，希望我们生信技能树好人做到底，帮忙下载整理好。

通常呢，这样的要求我是拒绝的，毕竟绝大部分粉丝都是白嫖，一分钱不花，从来没有看到他打赏，但是提起要求来绝不含糊。就跟疫情期间那些耀武扬威的海外党，平时不交社保医保，这个时候想回国白嫖我们纳税人撑起来的医疗资源！我们不答应！

不过，生信技能树有一个宝藏男孩，唐医生，人如其名，偏向虎山行，用他的128G内存服务器，加上特殊手段，下载完了49G的TCGA数据库文件。而且还帮你把单个文件就39G甲基化信号值矩阵按照癌症拆分了，处理过程非常精彩。

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下面是唐医生投稿的教程：

读取39G甲基化信号值矩阵按照癌症拆分

处理数据步骤 安装包

rm(list = ls()) 
options(stringsAsFactors = F) 
###安装必须的包 
if(!require('tidyverse'))  install.packages('tidyverse')
if(!require('data.table')) install.packages('data.table')


读取甲基化矩阵数据

#######读取甲基化数据############# 另外也可以尝试使用vroom包中vroom函数读取
methy1<-data.table::fread('~/Desktop/jhu-usc.edu_PANCAN_HumanMethylation450.betaValue_whitelisted.tsv')
methy1[1:5,1:5]

这个时候不同读取代码速度不一样，但是39G甲基化信号值矩阵仍然是服务器级别的计算机才能hold住的哦。

千万不要使用最基础的文件读取函数哦！

TCGA 官网下载全部甲基化样本sample-sheet信息

TCGA 官网摸索教程，我们这里不细说了，下载如下信息：

把从gdc 下载官网 全部甲基化的sample sheet信息读入R进行处理。

sam<-read_tsv('/home/ftp/gdc_sample_sheet.2020-03-17.tsv')%>%
  mutate(barcode=substr(`Sample ID`,1,12))%>%
  dplyr::select(project=`Project ID`,barcode)
head(sam)


sample sheet信息文件如下：

构建甲基化样本注释信息

samp<-data.frame(sample=colnames(methy1),barcode=substr(colnames(methy1),1,12))%>%
  dplyr::filter(row_number()!=1)%>%
  left_join(.,sam,by='barcode')
head(samp)


批量分割提取数据

splitdata<-function(i=1){
tcga_type<-unique(samp$project)
barcode<-dplyr::filter(samp,project==tcga_type[i])###提取单个肿瘤的barcode
methy450<-dplyr::select(methy1,V1,barcode$sample) ##按sample id 提取单个肿瘤
save(methy450,file = paste0(tcga_type[i],'_methy450.Rdata')) ###按肿瘤类型分别保存
}
lapply(1:33,splitdata) # 精彩


拿到的文件如下：

用此同样的方法，也可以分割提取的pan cancer RNA-seq数据集！

这些文件都存储在百度云啦

如果你确实有需要，而唐医生也耗费了好几个小时做了这些工作，有必要稍微设置一下门槛！链接是：https://pan.baidu.com/s/1eI95uJC8tzDSbxdCkvrDog

但是密码需要付费6元才能查看哦！(文末付费)

文末友情宣传

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付费内容分割线

为有效杜绝黑粉跟我扯皮，设置一个付费分割线，这样它们就没办法复制粘贴我的代码，也不可能给我留言骂街了！

世界顿时清净很多！（下面就是百度云链接的提取码！付费查看，所获得的收益，完全归唐医生所有，慰藉他辛苦整理好几个小时的付出。）

"},{querySelector:"qqmusic",genId:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{};return(t.node.getAttribute("musicid")||"").replace(/^\s/,"").replace(/\s$/,"")+"_"+t.index},calW:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{};return 1*t.parentWidth},calH:function(){return 88},replaceContentCssText:"",appendContentCssText:"margin:16px 0;diplay:block;",outerContainerLeft:"",outerContainerRight:""},{querySelector:"mpvoice",genId:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{},e=decodeURIComponent(t.node.getAttribute("voice_encode_fileid")||"").replace(/^\s/,"").replace(/\s$/,"");return e+"_"+t.index},calW:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{};return 1*t.parentWidth},calH:function(){return 122},replaceContentCssText:"",appendContentCssText:"margin:16px 0;diplay:block;",outerContainerLeft:"",outerContainerRight:""},{querySelector:"mppoi",genId:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{};return t.node.getAttribute("data-id")||""},calW:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{};return 1*t.parentWidth},calH:function(){return 219},replaceContentCssText:"",appendContentCssText:"margin:16px 0;diplay:block;",outerContainerLeft:"",outerContainerRight:""},{querySelector:"mpsearch",genId:function(){return decodeURIComponent("mpsearch")},calW:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{};return 1*t.parentWidth},calH:function(){return 100},replaceContentCssText:"",appendContentCssText:"margin:16px 0;diplay:block;",outerContainerLeft:"",outerContainerRight:""},{querySelector:"mpvideosnap",genId:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{},e=t.node.getAttribute("data-type")||"video";return"live"===e?decodeURIComponent(t.node.getAttribute("data-noticeid")||""):decodeURIComponent(t.node.getAttribute("data-id")||"")},calW:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{},e=t.node.getAttribute("data-type")||"video",n=t.node.getAttribute("data-width")||"",r=t.node.getAttribute("data-height")||"";if("live"===e||"topic"===e)return t.parentWidth;if("image"===e)return.665*t.parentWidth;var i=1,o=0,a=0,d=!1;return 1===(i=n/r)||i===3/4||(i===4/3||i===16/9?d=!0:i1&&i4/3?d=!0:("number"!=typeof i||Object.is(i,NaN))&&(i=1)),t.node.setAttribute("data-datio",i),t.node.setAttribute("data-isHorizontal",d),o=(a=!0===d?t.parentWidth:window.innerWidth0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{},e=t.node.getAttribute("data-desc")||"",n=t.node.getAttribute("data-type")||"video",r=t.node.getAttribute("data-computedHeight")||"";switch(n){case"live":return e?152:116;case"topic":return 201;case"image":return e?this.calW(t)+44+35+27:this.calW(t)+44+35;case"video":return parseFloat(r)}},getBorderRadius:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{},e=t.node.getAttribute("data-type")||"video";return"video"===e?4:8},replaceContentCssText:"",appendContentCssText:"margin:16px auto;diplay:block;",outerContainerLeft:"",outerContainerRight:""},{querySelector:"mp-wxaproduct",genId:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{};return decodeURIComponent(t.node.getAttribute("data-wxaproduct-productid")||"")},calW:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{};return 1*t.parentWidth},calH:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{},e=t.node.getAttribute("data-wxaproduct-cardtype")||"";return"mini"===e?124:466},replaceContentCssText:"",appendContentCssText:"margin:16px 0;diplay:block;",outerContainerLeft:"",outerContainerRight:""},{querySelector:"mpprofile",genId:function(t){return t.node.getAttribute("data-id")||""},calW:function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{};return 1*t.parentWidth},calH:function(){return 143},replaceContentCssText:"",appendContentCssText:"margin:16px 0 16px;diplay:block;",outerContainerLeft:"",outerContainerRight:""}]};!function(){var t=arguments.length>0&&void 0!==arguments[0]?arguments[0]:{};if("function"==typeof document.querySelectorAll)for(var e={maxWith:document.getElementById("img-content").getBoundingClientRect().width,idAttr:"data-preloadingid"},n=0,r=t.config.length;n