singleR的7个数据库文件下载失败的解决方案

Original 生信技能树单细胞天地 2022-08-10

singleR是目前单细胞转录组领域算是比较出众的自动化细胞类型注释系统，所以我分享的两个祖传代码里面都加上了它，成为标准流程：

singleR自带7个数据库文件，需要联网才能下载，其中5个是人类数据，2个是小鼠的数据：

BlueprintEncodeData Labels
HumanPrimaryCellAtlasData Labels
DatabaseImmuneCellExpressionData Labels
NovershternHematopoieticData Labels
MonacoImmuneData Labels
ImmGenData Labels
MouseRNAseqData Labels

联网下载不同数据库文件的代码是：

library(SingleR)cg=BlueprintEncodeData()cg=DatabaseImmuneCellExpressionData()cg=NovershternHematopoieticData()cg=MonacoImmuneData()cg=ImmGenData()cg=MouseRNAseqData()cg=HumanPrimaryCellAtlasData()

就会有一个问题，中国大陆地区的部分网络其实是没办法联通singleR数据库中心，所以文件是下载失败的。收到很多粉丝求助，所以我就简单检查了一下singleR的下载数据库文件联网机制：

singleR的下载数据库文件联网机制

查看snapshotDate()函数，发现它属于AnnotationHub 包，再次查看相关函数，发现了它存放数据库文件的地址，如下：

AnnotationHub 包文件地址

可以看到，其函数下载的数据库文件，都在这里，其实找一下8月30号的文件即可，但是我嫌弃它麻烦，就全部打包啦。上传到百度云：

链接：https://pan.baidu.com/s/1y4uJOmOjLe-vrNfw0fSi1w 提取码：tree

如果是Windows用户的话，解压后，放在指定路径的文件夹即可

C:\Users\win10\AppData\Local\ExperimentHub\ExperimentHub # 其中 win10 需要替换成为你自己的用户名哦

然后你再次运行：

library(SingleR)hpca.se <- HumanPrimaryCellAtlasData()hpca.se

就会发现你已经跨越了网路障碍，可以使用singleR的各个数据库文件啦。

后来在群里大家交流的时候，发现一个更好大家解决方案，来自于我们一直强推的《生信会客厅》。他上传的就是我前面的数据库文件，所以也就无需找到文件夹去替换文件。

你使用他的百度云，可以拿到后缀名是RData的文件，使用方法如下：

refdata <- get(load("ref_Monaco_114s.RData"))sce_for_SingleR <- GetAssayData(sce, slot="data")clusters <- sce@meta.data$seurat_clusterspred.hesc <- SingleR(test = sce_for_SingleR, ref = refdata, labels = refdata$label.fine, #因为样本主要为免疫细胞（而不是全部细胞），因此设置为label.fine method = "cluster", clusters = clusters, #这里我们为上一步分的9个cluster注释celltype assay.type.test = "logcounts", assay.type.ref = "logcounts")table(pred.hesc$labels)

云盘链接是：

链接：https://pan.baidu.com/s/13EjK-66tZKRsSl9G80S7uw 提取码：8mfb

文件如下：

《生信会客厅》的文件夹打包

往期回顾