scHLAcount || 单细胞转录组HLA等位基因分析
分享是一种态度
作者 | 周运来
男，
一个长大了才会遇到的帅哥，
稳健，潇洒，大方，靠谱。
一段生信缘，一棵技能树，
一枚大型测序工厂的螺丝钉，
一个随机森林中提灯觅食的津门旅客。
scHLAcount允许我们使用个性化的参考基因组计算HLA I类基因HLA-A、B和C的单细胞转录组序列数据中的分子数；和HLA II类基因DPA1, DPB1, DRA1, DRB1, DQA1, DQB1。可以使用由替代方法确定的提供的HLA类型，也可以使用此工具分析HLA类型，然后根据这些调用进行量化。
scHLAcount可用于观察HLA基因等位基因的特异性表达。通过将细胞特异性HLA计数mapping在t-SNE图谱上，寻找单倍型完全缺失的簇，它还可以用来评估杂合性的缺失。一般的HLA表达损失也可以用scHLAcount来评估，并且在这个任务上比默认的Cell Ranger表现得更好，特别是当样本具有与参考不符的HLA单倍型时。
scHLAcount 是10X 官方出品，也是单细胞转录组数据挖掘的另一个例子，其实我们仅看HLA表达量的话，我们写过如何快速地从单细胞数据中观察HLA基因表达模式（https://www.jianshu.com/p/cc9eca31dffd）
但是用scHLAcount可以分析HLA等位基因的情况，当然是从bam文件中calling出来的。
这个也给我们释放了一个信号：单细胞转录组数据挖掘越来越多要从比对结果BAM文件中来挖了。
github 地址：https://github.com/10XGenomics/scHLAcount
提高单细胞分析准确度的工具之一：Self-assembling manifolds
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