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前面我分享了: 聊个天就把生存分析给做了? 吸引了朋友圈诸位大佬的关注,马上有人也想分享一下他关于这个“人工智障”的使用体验

下面联川生物沈励泽的投稿

    你能想象有一天,跟你在一个界面对话的根本不是人,而是机器人或人工智能,然后他还特别懂你,你提出来的分析需求他都给你做了,这种感觉让人感觉五味陈杂。

    上面这张图,你看到是什么感觉?你觉得是跟一个鲜活的人在聊天,实际上这货只是个机器人。但是他十八般武艺样样齐全。画得了生存曲线,做得了差异分析,CNV、DNA甲基化分析等统统不在话下。

    而此时此刻,曾经把生信分析视为看家本领的初级生信人员此时肯定是最不开心的,因为这部分工作相当于把他们的日常工作给替换了,这种失落的感觉小编也曾有过。

    曾几何时,小编苦学Perl和R,还买了鸟叔的Linux私房菜。几个月时间串好整个转录组分析流程,还能自动化分析差异结果,出热图出基因富集分析图等一气呵成,想想都觉得牛逼地不得了。看着大家求你干活的样子,心里美滋滋。

    但是时代变了,现在机器人也能做分析,这货的名字很骚气,叫做Dr.BioRight,简称Dr. Right。中文翻译过来叫右边的博士,哦不,叫正确博士。你看看,多嚣张的名字,而这位Dr.Right的作者正是来自于MD Anderson及贝勒医学院的梁晗教授。

    2020年9月,梁晗教授即在Cancer Cell上发表一篇纯生信的超级增强子的文章不久,继续在Cancer Cell投下一枚重磅炸弹——DrBioRight。

    这位长得像盗版Android,配色上变成橘色的小可爱机器人,当你与他进行对话时,只要不是特别过分的需求,按照Manual上的设定来对话,这位24h不间断工作的机器人,会满足你任何需求……比如画一幅基因突变棒棒糖图。


    当然除了画图和做关联分析之外,DrBioRight还能做差异分析、生存分析、泛癌多组学分析、GEO在线测序数据的SNP和转录组分析等强大的功能。

    尤其是GEO分析,还能生成不亚于当下高通量测序服务公司生成的结题报告,内容之丰富款式之新颖,让人惊讶,同时也让部分生信分析人员感到了一丝丝的危机。

    例如调戏机器人在肾癌的TCGA样本中,做一个ZFX基因与性别相关的转录组层面关联分析时,分分钟就把图给你画出来了,你说气不气人?还恬不知耻地让我给他点赞。

    我们继续让他马不停蹄去画TP53基因表达在乳腺癌病人中的生存曲线,于是…………

    结果当然又是枯燥乏味地完成了任务。

    最后,纯作图分析,我们来个高难度的,那就是肿瘤外显子测序中经常用到的突变瀑布图,于是我们在对话框里输入了please show a waterfall plot of TP53, KRAS, HER2, MET, NRAS, BRAF, PIK3CA, HERC2, HMSHI, HLH1, PMS1, PMS2, GTBP, FAT4 and EGFR mutations in TCGA colon cancer这段文字后,机器人果断给我跳出了一张瀑布图。放大后就是下面的样子。

    当然这些任务都太简单了,最变态的莫过于从NCBI的GEO数据库(存储大量高通量测序原始数据的地方)捞取数据进行分析


    这边我们当然不会让我们的机器人停下来,刚才这些画个图做个分析啥的只是开胃菜,这回丢几个大的数据给你。如上图所示,我们继续把GEO数据库中的SRR编号“投喂”给他

    继续问我,是不是真的要做转录组分析?当然是yes啦!

    经过漫长的等待后,这货终于完成了分析,还给了一个网页版报告链接,是不是很有科技服务公司的感觉


    我们从结题报告可以看到,测序数据质控、比对率、基因TPM归一化等一应俱全,甚至你还可以下载tsv格式的表达谱文件到本地进行后期其他分析。

    如果不告诉你这是一个机器人根据网上GEO数据库的编号自动做的分析,你还会以为这是人做的。

    这货真的是太可怕了,小编我会继续关注这货的成长和发育。目前已经有的功能包括多组学关联分析、生存曲线分析、差异分析、基因突变棒棒糖图以及基因突变瀑布图这五种功能,后期开会开发用户自上传数据以及群聊(群P?)功能等,尽请期待!


彩蛋时间!!!!!!!!!!!!!

    等等,还没完,接下来是彩蛋时间。既然是人工智能,肯定少不了调戏环节。下面的2个截图分别是生信技能树老大曾健明同学和联川生物市场部老大沈工对DrBioRight的无情调戏。可怜的机器人还不能识别中文,有时候调戏过猛容易变成人工智障重复发一段话。

如果你也有关于DrBioRight的好玩的故事,欢迎留言分享。

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