我们非常强调进入一个领域需要读综述来获取基本认知，尤其是单细胞，我们在《单细胞天地》公众号给大家精选了2017-2020的4篇综述：

大家可以自行前往《单细胞天地》公众号寻找其对应的中文翻译整理版本，现在是2021了，所以再加一个综述：《Critical downstream analysis steps for single-cell RNA sequencing data》，Briefings in Bioinformatics,  , https://doi.org/10.1093/bib/bbab105

• PIPELINE FOR ANALYSING scRNA-seq TECHNOLOGY
• QUALITY CONTROL AND DIFFERENTIAL GENE EXPRESSION ANALYSIS
• CLUSTERING
• TRAJECTORY INFERENCE
• CELL-TYPE ANNOTATION
• INTEGRATING DATASETS

主要是这个综述罗列了大量的工具， Table 1. Clustering methods for single-cell RNA sequencing data

还有

• Table 2. Trajectory inference methods for single-cell RNA sequencing data
• Table 3. Cell-type annotation methods for single-cell RNA sequencing data
• Table 4. Popular data resources for cell-type annotation
• Table 5. Integrating datasets methods for single-cell RNA sequencing data

挺容易看懂的，今年入坑单细胞的，可以优先看看这个！其实这样的基础认知，也可以看基础10讲：

• 01. 上游分析流程
• 02.课题多少个样品，测序数据量如何
• 03. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）
• 04. 过滤线粒体核糖体基因
• 05. 去除细胞效应和基因效应
• 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群
• 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释
• 08.把拿到的亚群进行更细致的分群
• 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较

最基础的往往是降维聚类分群，参考前面的例子：人人都能学会的单细胞聚类分群注释