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人—卵巢癌腹水单细胞悬液制备

联川生物 单细胞天地 2022-08-10

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注 |  以下操作指南中涉及的消化酶以及实验方法仅供参考,实际应用过程中请根据自己的组织样本类型进行细节上的调整。



背景介绍

正常状态下,人体腹腔内有少量液体(一般少于200ml),可以对肠道蠕动起润滑作用。任何病理状态下导致腹腔内液体量增加,超过200ml时称为腹腔积液(ascites)。腹腔积液是中晚期癌症患者的常见并发症之一。

大多数腹水中含有较高比例的CD45+ 细胞,从而导致非免疫和恶性细胞的捕获能力下降。因此,在做腹水的单细胞检测试验时,需要添加一个CD45+ 细胞去除的步骤,以减少CD45+ 细胞的,另外去除的CD45+ 细胞我们也可以回收后进行评估。

腹水示意图

实验仪器及耗材

实验步骤

  1. 进行scRNA-seq至少需要200mL腹水,建议收集在4个50mL离心管中。

  2. 4℃,500g离心5分钟;在步骤6的表格中记录细胞沉淀的颜色;去上清。

  3. 每管用1-5mL的红细胞裂解液重悬细胞,也可以将同一样品混合在一个管子中进行裂解,但不要超过管子的1/3。
    eg. 4个5 mL的细胞悬液(总共20 mL)可以在两个50 mL的管中混合,4个1 mL的细胞悬液(总共4 mL)可以在一个15 mL的管中混合。

  4. 冰上孵育3分钟。

  5. 加入红细胞裂解液两倍的PBS后迅速580g,4℃离心5分钟。

  6. 观察离心后沉淀的颜色,如果仍旧是粉色或红色说明红细胞还大量存在,那么重复步骤3到步骤5。记录下红细胞裂解液的体积,处理时间以及颗粒颜色。
    注意!红细胞裂解步骤不要重复3次以上,会导致细胞活力的大量损失。

样品重复次数红细胞裂解液体积(μL)红细胞裂解液处理时间沉淀颜色
1



2



3



  1. 去上清。用20mL PBS重悬细胞。

  2. 使用70μm细胞过滤器过滤到50Ml离心管中。4℃操作!

  3. 用20mL PBS冲洗细胞过滤器以尽可能获得细胞。4℃操作!

  4. 如果样本中免疫细胞与非免疫细胞的比例较大,则需要按照补充中的步骤去除CD45+细胞。

  5. 滤液580g,4℃离心5分钟。弃上清,使用含有50μL0.4%BSA的PBS重悬细胞。

  6. 使用台盼蓝血细胞计数仪分析细胞数量和活性。

  7. 检测细胞活性,活性在85%以上可用于后续测序实验。

制备结果

补充CD45+ 去除

注意!除操作6和11外其它步骤都要在4℃进行!

  1. 无红细胞腹水细胞悬浮液,细胞计数。

  2. 4℃,580g离心5分钟。尽可能去除上清。

  3. 细胞数量少于1000万,加入80μL MACS缓冲液重悬;细胞数量大于1000万个则按每1000万个细胞80μL MACS缓冲液的比例添加。

  4. 每80μL MACS缓冲液加入20μLCD45+磁珠。

  5. 4℃或者冰上孵育15分钟。

  6. 在孵化过程中,灌注 LS 柱:将柱插入 Midi MACS 分离器,用3mL MACS 缓冲液润洗柱子。

  7. 孵育结束后(步骤5),每100 μL悬浮液用900 μL预冷的MACS 缓冲液重新悬浮细胞。

  8. 4°C ,500 g 离心悬浮液 4 分钟。

  9. 尽可能完全去除上清液。

  10. 用500 μL 预冷的 MACS 缓冲液中重新悬浮颗粒(最多1亿个细胞)。

  11. 将细胞悬浮液使用步骤6处理的LS分离去除CD45+,收集过滤后的溶液进行后续实验。提示:可用3 mL MACS 缓冲液洗涤柱子以提高细胞回收率,冲洗次数不能超过3次。


往期回顾

小细胞肺癌(SCLC)病人的scRNA-seq数据分析

人—卵巢组织细胞悬液制备流程

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