其实咱们这个行业真正自己做测序的公司并不多,也就是华大基因,诺禾基因,贝瑞基因等等,其它绝大部分公司并没有自己的测序仪也没有必要自己从头组建测序实验室。但是并不妨碍大家在测序行业做的风生水起,因为承接测序项目更重要的是对ngs数据的理解,对上下游产业链的打通能力。
我自己并没有这方面能力,但是架不住我们生信技能树圈子大啊,我们有各路神通广大的合作伙伴可以提供超级方便的测序外包服务。尤其是合作了3年的转录组测序服务,值得推荐给我们生信技能树的粉丝!
for NGS, we only do RNAseq forever!
去年通过技能树平台的推荐,有不少老师的常规转录组业务是找我们合作的。所有项目测序稳定,结果真实客观,并且我们针对有疑问的地方和老师做了详细的解释,同时也根据实际科研需求针对性的做了相应的售后工作。在售后沟通方面一直很顺畅。通过大量的合作项目经验来看,这种合作模式具有很强的生命力。
为了使产品更具有竞争力,我们今年线上仅开展了真核生物普通转录组。这样一方面售后工作的流程化程度会更高一些,另一方面整个合作流程更精简,有利于压缩成本。
基于去年的转录组业务交付可靠性,今年我们又委托健明老师帮我们代为推广。
价格:¥799/sample。
策略及平台:PE150,6G数据量(上下浮动10%),MGIseq2000平台。
1.免费提供基于数据结果的项目再次优化
2.项目回款后,返客户任意¥100/sample的参与赠礼
3.样本量大于12个客户,免费赠送16小时转录组分析全套视频(Linux系统操作、R语言绘图、转录组分析)及针对视频的1年服务器练习使用权限。
抢购方式
有转录组测序项目的,赶紧联系我们吧,钱塘生科公司提供全套服务!而我,生信技能树创始人jimmy提供监督和审核数据分析规范性!
(另外,有少量转录组项目诊断名额,先到先得哈!)
常见问题汇总
我的转录组实验该设计多少个样本
这个取决于你的科学假设,如果你想看药物处理前后的基因全局转录水平变化,设计两个分组,每个分组3个样本就足以发表,也就是不到6000块钱!如果你要做时间序列,做多个处理,另当别论。
做完转录组后差异分析后上下调基因数量很少
首先,你需要明白,上下调基因数量是根据你自定义的统计学指标来筛选的,有可能你的分组差异整体来说都不大,但是你给定的阈值很大,那么必然满足你要求的,被筛选到的统计学显著的上下调基因数量很少。要么你降低阈值,拿到更多上下调基因,要么你使用GSEA等全局分析算法跳过自定义阈值卡上下调基因这个环节。
对上下调基因分开或者合并做GO/KEGG等生物学功能数据库注释没有结果
你仍然是需要明白,没有结果也是结果的一种,你需要接受这个现实!你可以更改阈值,调整上下调基因数量重新走GO/KEGG等生物学功能数据库注释。或者使用GSEA等全局分析算法跳过自定义阈值卡上下调基因这个环节,直接看整体基因集的变化情况。一定要对数据有足够清晰的认识,才会有各种角度的合理的解释。
转录组标准分析图表那么多我课题不知道如何使用或者用不上绝大部分
这个是正常的,毕竟现在一个转录组项目就几千块钱。如果是十几年前你做一个转录组近10万,那些上游分析,软件,参数,质量指标都可以写入文章,火山图,差异基因热图,层次聚类,表达量相关性热图,GO/KEGG数据库注释大家都很陌生。现在都是你的项目结题报告的标准了,并没有太多新颖。很多依赖于转录组的课题其实也就是在附件列出差异基因数量,正文描述你分组后比较得到的通路变化而已。比如下面:
如果想结合公共数据库
常规转录组测序项目的必要性
年轻的朋友们,不要追热点,沉下心来做科研,单细胞转录组不应该是你课题的全部,他可以是点睛之笔。你错过了仅仅是靠单细胞就可以迅速发CNS的那个时代,不是简单的分群,定义一个新的细胞类型你的课题就结束了,大样本量的单细胞转录组课题消耗经费起码上百万,放弃吧!
十多年前的普通转录组也是如此,那个时候一个转录组样品测序也是一两万块钱,然后随便五六个样本分两组做一下差异分析,富集到通路就是一个文章。但是这些年过去了,转录组已经深入到生命科学领域的方方面面,区别是它不再是唯一的主角,现在转录组不到一千块钱一个样品,只要你有好的课题思路,好的实验设计,让转录组为你的课题增光添彩吧!
在我们这里做项目均赠送普通转录组上游分析(原价800)