(7.21)GSEA分析傻瓜式教程(附万能代码)
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今天小编要教大家:零基础实操鼠标点点点做基因的GSEA富集分析。
也就是给你一些上调和下调的基因,做GSEA分析就能知道上调的基因可能与哪些生物学过程相关,下调的基因可能与哪些生物学过程相关。
如果不能理解,就先看这一篇文献:
作者首先筛选了在胃癌肿瘤组织和正常组织差异表达的基因,然后用差异基因做GSEA富集分析,发现胃癌高表达的那些基因是跟G2M相关的(做完了这个GSEA分析,就等于一篇低分SCI的三分之一)。如下图:
同时GSEA分析结果还包括一个txt表格,里面会表明G2M过程包括了哪些基因,我们把自己感兴趣的那些基因拿出来研究就可以了。
好,现在开始操作,第一步、免费获取软件和代码:
①长按下方二维码关注《医学人才帮》
②对话框回复关键词:GSEA分析
免费获取基因GSEA富集分析的测试数据+代码:
这个gsea_input输入文件打开是这样的(你将自己的数据整理为两列即可使用下面的万能代码,第一列为基因名字,第二列为上下调值):
第二步、安装软件:
第三步、GSEA富集分析。如下用R studio打开“GSEA(公众号:医学学霸帮).R”文件,
选中下图红色框框里面的代码(万能代码),点击Run;或者一步一步的选中每一个段落的代码,每次都点击run就行(其实就是用了几个R包,如clusterProfiler包、enrichplot包和org.Hs.eg.db包等)。
运行完上面的代码之后文件夹里面会多了一个叫做“gsea_output.txt”的文件,我们用excel打开,如下:
就知道哪些生物学过程被富集到了。对于那些P小于0.05的,我们记下它的hsa号码,并将自己感兴趣的hsa号替代下图中箭头所指的,想画多少条就输入多少条,这里我输入10条(先把箭头的hsa号替换成你自己想画的hsa号,随后选中方框中的代码,最后点击Run)。
点击Run之后,我们就出图啦(顿时感觉高大上):
这样,基因的GSEA富集分析就做完了,你只要gsea_input文件里面的基因换成自己的基因数据就可以跑出GSEA分析了,这是万能代码。免费发送给大家:
赶快试试吧。
"GSEA富集分析的输入数据和代码”
免费获取方式:
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②对话框回复关键词:GSEA分析
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