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(8.3)一键做好KEGG富集分析!

点击关注 医学科研帮 2022-11-30

星标

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我们此前教大家傻瓜式做GSEA分析、GO分析等(点击查看)今天给大家免费发送的资源是:


”基因功能预测之KEGG信号通路富集分析

(附万能代码及操作视频)“


如下即可免费获取

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②对话框输入关键词:833


获取资源包之后,跟着我的步骤操作,你可以从从这样(根据基因的名字):



得到一表三图(预测出基因的功能,并能知道具体是哪个分子在发挥作用,一表是指预测到的信号通路,三图是将结果可视化出来):


多么高大上啊,赶快收藏本文,以后不论做实验还是发纯生信的SCI论文,都是非常需要的。”基因功能预测之KEGG信号通路富集分析(附万能代码及操作视频)“如下即可免费获取:

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好了,下面是具体的操作步骤:先看下面这个SCI论文,学会了KEGG富集分析,就学会了三分之一的SCI论文。KEGG富集分析就是看看基因与哪些通路相关(起到预测基因功能的作用),这样会给我们后续的研究提供很大的思路。



那么基因的KEGG信号通路富集分析怎么做的呢?话不多说,开始,傻瓜式万能代码,只要鼠标点点点就行。首先从我们这里领取资源后,资源包括三份文件和一份完整版操作视频(28分钟)



大家可以看着视频操作,也可以看下面的步骤:


第一步、安装R软件:打开0、软件文件夹,双击安装即可。



第二步、基因的ID转换:打开1、ID转换文件夹,里面有symbol2id.R代码和symbol.txt,将symbol.txt里面的基因名和logFC换成你想做功能富集的基因名字和logFC值。



接着打开用Rstudio打开symbol2id.R代码,全选点击run后就会生成一个id文件:



第三步、KEGG信号通路富集分析:首先将刚才生成的id.txt文件复制粘贴到2、KEGG富集分析文件夹下,用Studio打开学霸资源宝库KEGG富集分析.R这个万能代码。一样,将代码全选,点击Run。



所以,这个时候很关键了,代码运行之前是这样的:只有id这个文件:



代码运行之后:就多了非常关键的一表三图:第一表:KEGG.txt。我们打开就知道哪些信号通路被富集。



第二、三图:富集总图。哪一条通路有多少基因富集,P值是多少,清清楚楚。同时也非常炫酷。



第四图:每一条通路的具体呈现图,如上我们得到了很多通路,然后我自己对Cell cycle这条通路感兴趣,那么,我们都点开它,就能看到每个基因在这个通路里面的哪个位置,红色是上调,绿色是下调。



这就是我们整理的傻瓜式万能代码。只要把基因名字一换,KEGG信号通路秒出来结果,分分钟感觉高大上。赶快把这个傻瓜式万能代码领取吧。免费哈👇👇👇


基因功能预测之KEGG信号通路富集分析(附万能代码及操作视频)“如下即可免费获取:

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