零代码实操复现1篇5分纯生信SCI论文。
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临床医生,在读研究生,大家都应该很想有一篇自己的SCI论文,但是却因为做实验周期太长,比较着急。
没关系,本人在家带娃,闲来无事,就投稿至公众号《医学学霸帮》教您1小时就发一篇SCI。下面这个就是1区5分的零代码纯生信鼠标点点点就出来的SCI论文。
思路非常清晰,2020年刚发表的,用9图4表说明了:肾细胞癌(RCC)中CXC趋化因子的表达和预后价值。全程无代码操作,只要用到PPT和Excel。
那么,我们只要能复现出这篇论文,然后将肾细胞癌换成别的疾病,将CXCL因子换成另外一个因子。那就又是一篇SCI论文。
对,发SCI就是这么简单。下面来跟我的鼠标一步一步操作吧(9图4表全部复现),注意:此复现步骤比那种几千块的课程都好太多了,9图4表全部复现了。
因微信推文篇幅有限,我这里只能复现4张图,而”9图4表复现实操步骤完整版“我已经上传到百度云了,如下即可获取完整版步骤:
下面正式开始复现
图1:
Figure 1 是作者通过Oncomine在线数据库明确了各种癌症中CXC家族1-17趋化因子mRNA表达水平(阈值为FC>2,p<0.05,rank为top10);
复现步骤:打开Oncomine数据库(https://www.oncomine.org/resource/main.html),先输入CXCL1,然后如下6步选择阈值为FC>2,p<0.05,rank为top10。如下:
这样,我们就得到了CXCL1在各种癌症中的表达量,同样依次输入CXCL2-17,将每个CXCL的表达量图都下载下来,再用PPT拼接成一个完整的图:
然后图1就得到结果说:在肾癌中,CXCL6、CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL16的转录水平显著高于正常肾组织,而CXCL3、CXCL7和CXCL13的转录水平显著低于正常肾组织。这样图1就复现出来了。
表1:
Table 1 就是对图1的一个数据的展示,表明CXCL各基因的表达变化倍数Fold Change,P-Value、T-test和reference。那我们怎么得到这些信息呢?
复现步骤:我这里以CXCL1为例做个演示,然后用Excel作出这个表即可。首先在图1得到的界面,点击右上角的Dataset View,然后依次5个步骤,CXCL1的Fold Change,P-Value、T-test和reference出现了。
然后我们就每个基因的数据都得到了,用Excel做成下面这样的表格就行:
这样,我们表1就出来了。
图2:
Figure 2 是作者通过Ualcan工具对TCGA数据库中的CXC家族成员数据进行分析(注意,图1是说Oncomine数据库中这些基因在肾癌的表达量,而图2则是说TCGA数据库中这些基因在肾癌的表达量,也就是更一步明确了基因在肾癌的表达量变化),
复现步骤:首先打开UALCAN网站(http://ualcan.path.uab.edu/),然后如下点点点就出图了:
然后将图片下载下来,用AI或者PPT将每个基因的表达量图组合起来即可:
图3:
Figure 3 是作者通过GEPIA工具进一步明确CXC家族成员在肾癌中的mRNA表达水平。
复现步骤:首先打开GEPIA网站(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html),然后如下点点点就出图了:
所以,作者通过图1、表1、图2和图3说明了不管在Oncomine数据库中还是在TCGA数据库中还在在GEPIA数据中,CXCL基因家族在肾癌中的表达趋势都是一样的。
图4:
Figure 4 是作者通过GEPIA工具明确了不同表达的CXC趋化因子与肾癌病理分期的关系。
复现步骤:紧接着图3的页面,选中Stage,然后如下画图:
然后我们将每个图下载再来,用AI或者PPT组图即可:
以上就是该5分SCI复现的前面5张图和一张表。本来是一共是9张图和4张表,但是因为微信推文版面有限。我已经将该”5分SCI论文+9图4表复现实操步骤完整版“上传到百度云了。
同学们可以下载下来,跟着复现,然后把CXCL换一个基因,再把肾癌换一个疾病,也这样操作。别人发5分,我们发个3分的不成问题。
5分SCI论文+9图4表复现实操步骤完整版
免费下载方式: