200篇纯生信SCI范文+复现步骤,免费领取!
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前两天我们给大家发送一份步骤:完整复现一篇2020年9月份发表的6分纯生信SCI论文。然后就有同学安装我们发的步骤也复现出来了,就顿时感觉原来发SCI这么简单。
其实我也是鼓励大家多发论文,先把自己补充实了发个2 ,3篇再说(有SCI总比没有好)。而大多在读硕博士或者临床大夫应该也知道做生信很简单,但就是没有上手的资料,不知道如何开始,以为生信SCI不好发,不知道发在哪个杂志上面。没关系,医学学霸帮解决问题。
今天小编就要给大家发送一份特殊福利资料:
“200篇纯生信SCI范文 + 6分SCI复现步骤完整版”
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回复关键词:2021
一共是两分资源首先是,一、200篇纯生信SCI范文:
小编在Pubmed中,通过“GEO”、“TCGA”、“bioinformatics”、
“biomarker”、“differentially expressed”、“protein protein interaction”、“ROC analysis”“signature”等关键词进行组合检索,再经过筛选、去重复,最终检索到2020年发表的所有生信SCI共4165篇。
其中纯生信(或仅含少量表达检测)文章3194篇,剩下的971篇生信实验类文章,其包含实验占比>30%。并将2020年影响因子大于7分的生信文章全文(近200篇)全部下载好了,而且还分了类,单基因研究,多组学,非编码等等。别人怎么做研究,我们就按照别人的步骤做就行,2020年别人发7分,我们2021年就发5分就行。
(200篇纯生信SCI范文)
我们有了2020年发表的7分以上的纯生信的SCI,我们就有了套路,跟着别人学就行,以后发生信类SCI也发到这上面。
二、2020年9月发表的二区6分纯生信复现步骤完整版:
这是一篇6分的纯生信零代码SCI论文(2020年9月的,思路非常新,值得学习):分析了SND1基因在人泛癌中的作用(下截图)。
只要鼠标点点就可以,一共6张图。所以,我们只要把原文中的SND1换一个基因,然后跟着原文一样的操作,再得出一个类似的结论,不要说发6分,至少也能发个3分的SCI论文。
所以我将原文和复现操作步骤上传到百度云盘了,文末↓↓↓扫码下载即可。
(原文及复现步骤)
此SCI一共6张图,大家先跟着我的鼠标点点点复现前面3张图,剩下的3张图复现步骤,因为微信推文篇幅有限,大家记得文末↓↓↓下载完整版步骤。):
图1:
图1是介绍SND1基因的表达情况。
下面我们来拆分及重现:
拆分:图1a
作者通过TIMER2工具挖掘出TCGA数据库中SND1基因在各种癌症中的表达情况。
重现操作步骤:输入网址http://timer.cistrome.org/,打开TIMER2工具,如下操作,点击Submit之后就出来图了,再点击PDF下载下来就OK,跟文章一模一样的图。
拆分:图1b
作者想表示出SND1在癌症组织和正常组织哪个表达更高。但是TCGA数据库没有DLBC 淋巴癌、GBMLGG 脑癌、SKCM 皮肤癌、TGCT 睾丸癌、THCA 甲状腺癌对应的正常组织,所以作者将TCGA与GTEx数据库联合进行分析。用的是GEPIA2工具(http://gepia2.cancer-pku.cn/#index)。
重现操作步骤:输入网址http://gepia2.cancer-pku.cn/#index,打开GEPIA2工具,如下操作就出图了,跟文章一模一样的图。
拆分:图1c
作者明确了基因的表达水平,现在就要明确SND1的蛋白表达水平了。作者利用Ualcan工具(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)挖掘TCGA数据库中SND1的蛋白表达水平。因为TCGA总共有7中肿瘤有蛋白数据,作者用了其中的6种。下面我只重复一种,都是一样的操作的。
重现操作步骤:输入网址http://ualcan.path.uab.edu/index.html,打开Ualcan工具,如下操作就出图了,跟文章一模一样的图。
拆分:图1d
作者明确了基因的蛋白表达水平,现在就要明确SND1在不同肿瘤不同分期的表达水平。这里我也只示范一种肿瘤,其中肿瘤操作也是一样的。作者还是利用GEPIA2工具。
重现操作步骤:输入网址http://gepia2.cancer-pku.cn/#index,如下操作就出图:
图2:
图2是介绍SND1这个基因的预后情况
作者依然用的是GEPIA2工具,不多说。
重现操作步骤:输入网址http://gepia2.cancer-pku.cn/#index,如下操作就出图:第7步记得将文章中的肿瘤全部选上,我这里只选了4个作为演示。
继而,明确了预后之后,我再以SND1在BLCA中的OS为例画单个基因的生存分析图(其他肿瘤的单基因生存分析也是一样的操作)。如下操作出图:
图3:
图3是介绍SND1这个基因变异情况
所用的工具是 cBioportal工具(网址:http://cbioportal.org)。下面来拆分及重现:
拆分:图3a
重现操作步骤:
这样,SND1这个基因在各种肿瘤中的变异情况图就出来了。这里作者去除了最后3个肿瘤类型,并对图片进行了修饰,大家可以下载pdf后用AI修饰(AI软件安装包在这里)。
拆分:图3b
重现操作步骤:
接着图3a的操作,下图中第二步点击p723这个位点可出现详细信息,得到了3例STAD和1例UCEC,跟原文中一样。
拆分:图3c
此图是作者体现该基因的3D结构图。
重现操作步骤:接着图3b的操作,如下点击3D,随后再如下图设置一下,原文中的图就出来了。
拆分:图3d
此图是基因变异的生存分析。作者做了SND1基因UCEC子宫内膜癌的overall survival(总生存率)、Disease-free survival(无病生存率),都是一样的操作,这里我以总生存率为例操作一下。
重现操作步骤:同样的,作者用的是cbioportal工具,如下操作:
这样我们就得到了原文中一模一样的图。本原文有6张图,原文中所有的图都能重现出来,详细步骤一共是写了17页(已上传百度云)。因微信推文篇幅有限,重现6分SCI的实操详细完整步骤步骤请文末扫码下载!
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