《OTU or zOTU or sOTU or seq table…》文章的一点更正
这几天想用Deblur跑一下自己的数据看看结果。
在OTU or zOTU or sOTU or seq table, Which will rule microecology？这篇文章的Deblur部分，我提到Deblur之后还需要去除嵌合体。来源于原文的这句话：After applying Deblur, only reads likely to have been presented to the sequencer are retained. However, it is possible that thereads would still contain chimeras originating from PCR. Reads are filtered forde novo chimeras using UCHIME (8) as implemented by VSEARCH (9) using modifiedparameters。
我以为需要自己再手动去除嵌合体。但是不管用uchime_denovo还是uchime3_denovo，一直在报各种错误。结果这两天一直纠结于这个问题上不能解决。
在Github向Deblur的开发者进行了询问才知道，Deblur流程中其实已经包括了去除嵌合体的步骤，大神的回答是：
Deblur does the chimera removal after the denoising usingvsearch --uchime_denovo. The parameter values used are: '-dn', '0.000001','-xn', '1000', '-minh', '10000000', '--mindiffs', '5', The idea is to removeany sequence that is made up of 2 parts which are exact matches to othersequences.
加上--keep-tmp-files重新运行之后发现，果然结果中已经包含了没去掉与去掉了嵌合体的结果，分别为.deblur和.deblur.no_chimeras。
原文中的那句话我理解错了，耽误了好多时间。在此也对之前那篇文章做一更正。
一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士，深受拖延症的困扰。想给自己一点压力，争取能够每天分享学到的生信小技能，亦或看文献过程中的一些笔记与小收获，记录生活中的杂七杂八。
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