如何搭建生物信息分析平台

“工欲善其事，必先利其器”，生物信息分析平台是数据分析工作的基础，在未来，分析平台将是每个实验室标配的设备。自行搭建分析平台是最经济的和高效的解决方案。

首先，节约成本，一次数据分析外包的价格，就可以购买一台配置强劲的服务器；

第二，分析数据和传输数据更加方便，数据也更加安全；

第三，更加自由，可以方便安装需要的软件，比云计算或者图形软件更方便；

第四，更加方便进行数据挖掘，省去沟通成本。

第五，可以一个课题组或者多个课题组同时进行使用，有这样一个硬件载体，对于提高整个实验室生物信息分析能力都有所帮助。

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这里我们分为七个步奏来具体介绍一下，如何自己搭建生物信息分析平台。

1、选购硬件

选购硬件包括选择哪种类型的设备，选购塔式服务器还是刀片式服务器，是否需要搭建计算集群。需要购买多大的CPU，内存，硬盘等，因为生物数据分析对硬件要求没有上限，计算资源越大越好，而有下限要求，也就是资源不足无法进行数据分析。目前一般实验室可以选购塔式服务器，塔式服务器集成度高，占地空间小，便于管理，扩展性强，目前最新的服务器，内存可扩展至320G以上，已经可以完成绝大部分的生物信息分析工作了。如果样品多，数据量大，可以考虑搭建计算集群。

2、制作RAID

现在的服务器上都是用了RAID技术，RAID可以解决硬盘IO性能弱，稳定性差的问题。提高数据读写速度和冗余能力。RAID有多种方案，搭建分析平台需要选择合适的RAID方案，一般推荐RAID5的方案。

3、安装系统

系统有Ubuntu和CentOS可供选择，那么选择哪个系统呢？系统选择哪个版本呢？无论是Ubuntu还是CentOS都能够满足要求，Ubuntu具有更好的易用性和新特性，而CentOS具有更好的稳定性，这里我们推荐使用CentOS。

4、系统配置

系统安装完成之后，需要对系统进行配置，这也是整个平台搭建过程中最难的部分，Linux系统软件之间像葫芦娃，存在较强的依赖关系。系统配置可以使用源代码编译，也可以直接安装rpm或者deb软件包，这里推荐使用yum或者apt-get工具进行配置，这样可以自动解决软件之间依赖关系的问题。系统配置包括基础的gcc，java，boost，zlib，compat，perl模块，python模块等。

5、生物软件安装

完成一些基础配置之后，才可以进行生物软件的安装，否则将会出现大量报错信息。可以通过sourceforge或者github下载相应的软件，如果会科学上网，可以通过google搜索相应的软件。选择需要的安装即可，软件安装之后就可以直接用于数据分析了。

6、生物数据库安装

生物数据库比对是生物信息分析中重要的方法，如果序列本身没有结构特征，只能通过与已有序列进行比对，根据已知信息来推测未知信息，搭建的生物信息分析平台，数据库和软件同样重要，用汪峰的话来说就是占据了半壁江山。数据库可以通过ftp软件进行下载，找到数据库ftp地址，下载即可，下载之后进行解压缩，建立索引。

7、流程搭建

当样品量大，处理过程复杂的时候，比如一次处理几百个样品，每个样品有10几个步奏，这个时候就需要编写数据自动化和批量化的程序了，可以通过perl或者python编写自动化流程。

这就是生物数据分析平台搭建的基本步奏。

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这里我们隆重推出《生物信息分析平台搭建》视频教程，本教程将系统的介绍平台搭建工作，包含视频课程与配套虚拟机练习，理论+实践，快速掌握此项技能。让您一步步打造出自己专属的分析平台，提高效率，节约时间，省下金钱；不再因为软件报错而苦恼，不再解决依赖而焦头烂额，自己动手，丰衣足食。

未来，每个课题组都将拥有自己的分析平台，而现在学习这个课程，就是创造未来。

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