生物信息之独孤九剑——sort

编者按：

　 在金庸武学体系的众多武功之中，独孤九剑并不是最强劲的武功，它与其他武林绝学有很大的不同，可以说是鹤立鸡群。比如乔峰的降龙十八掌，段誉的六脉神剑，张无忌的九阳神功，石破天的罗汉伏魔神功，这些神功都需要强大的内力支撑，而独孤九剑则不同，不需要内力，这点其实可以从华山派气宗与剑宗的分歧就可以看出来。独孤九剑传人风清扬属于剑宗，更注重招式，而不是像剑宗注重练气。独孤九剑分为总诀式，破剑式，破刀式，破枪式，破鞭式，破索式，破箭式，破掌式，破气式，遇到不同的场景使用关不同的招式，因此，独孤九剑更加注重问题的解决，本质上就是就是通过工具来解决问题。只要学会这九剑，就可以处理很多的问题。学习生物信息也是同样的道理，当然练好内功，掌握很好的基础是非常必要的，但是也可以学习一些小工具，解决一些实际问题。那么从这次内容开始，我们就来给大家介绍生物信息之独孤九剑。

文本排序是计算机编程中非常重要的一项工作，排序之后的数据更加具有规律，并且更方便处理。在生物信息分析中排序也是非常重要的工作，我们常常需要根据基因组的坐标位置进行排序，例如在利用短序列比对进行变异检测的过程中， 首先就需要进行排序，例如bwa比对之后，利用samtools对bam结果进行排序，然后才能进行后续的分析。在Linux系统中，可以使用sort工具对文本文件内的内容进行排序

排序主要可以分为三种情况：

第一种：根据数字大小进行排序，例如根据坐标位置大小进行排序，根据比对的分值大小排序结果；

第二种：根据根据字符大小进行排序，比如abcdef这种顺序；

第三种：给定一个文件，里面包含了指定的顺序。

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案例一：直接排序；

sort  

案例二：按相反顺序进行排序；

sort -r  

案例三：根据数字大小进行排序；

sort -n

案例四：排序去除重复；

sort -u

案例五：多条件排序；

sort -nrk3 -k2   #首先按照第三列进行排序，然后按照第2列进行排序；

案例六：统计blast比对上的序列数目；

awk '{print $1} ' blast.out  |  sort -n | uniq | wc

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