生物信息之独孤九剑——find

编者按：

　 在金庸武学体系的众多武功之中，独孤九剑并不是最强劲的武功，它与其他武林绝学有很大的不同，可以说是鹤立鸡群。比如乔峰的降龙十八掌，段誉的六脉神剑，张无忌的九阳神功，石破天的罗汉伏魔神功，这些神功都需要强大的内力支撑，而独孤九剑则不同，不需要内力，这点其实可以从华山派气宗与剑宗的分歧就可以看出来。独孤九剑传人风清扬属于剑宗，更注重招式，而不是像剑宗注重练气。独孤九剑分为总诀式，破剑式，破刀式，破枪式，破鞭式，破索式，破箭式，破掌式，破气式，遇到不同的场景使用关不同的招式，因此，独孤九剑更加注重问题的解决，本质上就是就是通过工具来解决问题。只要学会这九剑，就可以处理很多的问题。学习生物信息也是同样的道理，当然练好内功，掌握很好的基础是非常必要的，但是也可以学习一些小工具，解决一些实际问题。那么从这次内容开始，我们就来给大家介绍生物信息之独孤九剑。

Linux系统主要采用命令行模式，不方便看目录下有哪些文件，每次都需要ls一下。当磁盘内的文件过多的时候，就容易忘记文件的具体位置，或者是当系统磁盘要写满的时候，需要删除一些内容过大的文件；又或是删除一些创建时间较长的文件等，这就需要进 行文件的搜索。在windows系统中，可以直接在资源管理器中进行搜索。可以在菜单选项中，设置一些搜索条件，精确搜索。例如选择搜索位置，搜索的类型，按照时间，文件类型，文件名称，文件标记，文件内容等进行搜索。Linux系统下可以使用find命令来完成这些功能。

find也是linux下一个非常复杂的命令，提供了60多种不同的选项。find属于三元操作符，find后面首选是要查找的目录，当前目录，就是一个点。所有目录就是一个斜线，目录这部分很容易。然后是要查找条件，也叫作expression，也就是设定按文件名字，时间，类型等查找，这里面可使用的选项有二三十个之多，这部分就是比较复杂的地方。最后就是具体的条件设置，支持通配符。

find 搜索expression部分介绍。

-perm      #按执行权限来查找 ，比如 755

-user   #按文件属主来查找

-group       #按组来查找

-nogroup   #查无有效属组的文件，即文件的属组在/etc/groups中不存在

-nouser  #查无有效属主的文件，即文件的属主在/etc/passwd中不存

-mtime   -n +n  #按文件更改时间来查找文件，-n指n天以内，+n指n天以前

-atime    -n +n  #按文件访问时间来查GIN: 0px">

-ctime    -n +n #按文件创建时间来查找文件，-n指n天以内，+n指n天以前

-newer   f1 !f2  #查更改时间比f1新但比f2旧的文件

-depth   #使查找在进入子目录前先行查找完本目录

-prune  #忽略某个目录

-empty:空的档案

案例一：搜索Data目录下以点fna结尾的文件；

find  ../Data -name *.fna

案例二：搜索系统中最近5分钟内编辑过的文件；

find / -amin 5

注意：当在根目录下搜索的时候，需要小心，由于文件较多，往往速度比较慢，并且系统中有很多实时更新的文件，所以，一般情况下尽量不要在根目录下搜索。

案例三：查找大于100M的文件；

find ./-size 100M

案例四：按照文件类型搜索；

find  ./ -type 文件类型

c 的档案

d: 目录 

b: 区块装置档案 ，

p: 具名贮列

f: 一般档案

l: 符号连结

s: socket

案例五：搜索文件，直接处理；

find ./temp/ -name *.fna -exec rm '{}' \;

-exec ，也就是execise，执行。相应命令的形式为'command' { } \;筛选以点fna结尾文件，直接将查找出来的文件删除掉。

案例六：多条件逻辑操作；

find ./temp/ -name *.fna -and -size 1M

查找名字中包含fna，并且文件大小大于1M的文件。

更多内容，可以find --help查看帮助文档。