生物信息百Jia软件（十五）：rnammer

通哥点评
rnammer是用来预测原核与真核生物核糖体序列的程序，使用起来非常简单，直接给基因组序列即可。因为核糖体具有一定的结构特征，因此预测起来非常简单，而且准确性非常高，所以，在核糖体预测方面，目前并没有太多其他的工具可选，rnammer是必须掌握的一个生物信息软件。

一、功能分类：

核糖体RNA预测

二、软件官网：

http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/

三、软件介绍:

rnamer可以直接进行核糖体RNA的预测。它既可以用来预测原核生物的5s、16s、23s核糖体，也可以用来预测真核生物的5s、5.8S，18s、28S核糖体。而且是不基于参考序列的从头预测。使用起来非常方便。

四、下载安装：

需要注册下载
rnammer依赖hmmer，需要首先安装hmmer

五、软件使用：

rnammer就可以运行。软件会给出帮助信息。
-S 执行要预测物种的门，是原核还是真核还是古生菌
-h 输出HMM的报告
-m  预测分子的类型，tsu代表5s或者5.8s rRNA，ssu代表16或者18S的rRNA，lsu代表23或者28s的rRNA，如果都需要预测，就用都好分隔开
-f 为输出结果文件，fasta格式的结果，一般核糖体的扩展名都为frn
-gff 为输出gff格式的列表结果

六、使用案例：

rnammer -S bac -m tsu,lsu,ssu  -gff K12.gff -f K12.frn K12.fna

七、常见问题：

1、rnmmer不仅可以预测原核生物，也可以预测真核生物，真核生物核糖体与原核不同；
2、需要先安装hmmer软件