生物信息百Jia软件（十六）：tRNAscan

通哥点评
与rnammer工具类似，tRNAscan专门用于转运RNA的预测，由于转运RNA具有固定模式，而且非常显著的倒三叶草模式，因此预测并不难，准确性也比较高，所以，在这个分析方面基本上没有对手，也没有太多类似的工具，对于tRNA预测，掌握这一款工具就差不过够了。

一、功能分类：

转运RNA预测

二、软件官网：

http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/

三、软件介绍:

tRNAscan-SE 工具中综合了多个识别和分析程序，通过分析启动子元件的保守序列模式，tRNA 二级结构的分析，转录控制元件分析和除去绝大多数假阳性的筛选过程，据称能识别99%的真实tRNA基因，其搜索的速度可以达到30kb/秒。该程序适用于大规模人类基因组序列的分析，同时也可以用于其它DNA 序列。并且可以在Web上使用这个工具，也可以下载这个程序。

四、下载安装：

需要注册下载

五、软件使用：

直接敲tRNAscan-SE命令，就会输出软件的帮助信息。
-B/-P 搜索细菌类的tRNA ，如果是细菌就选择-B或-P
-A 搜索古菌类的tRNA
-O 搜索细胞器的tRNA，如线粒体和叶绿体
-G 一般真核细胞的tRNA
-o 最终的结果文件
-f 生成的tRNA 二级结构文件
-m 生成的统计结果文件
-a 生成ACeDB 格式的结果
-H 为输出一级和二级结构的分值
-q 为安静模式运行
-h 则为答应帮助信息

六、使用案例：

tRNAscan-SE  -B  -o tRNAScan.out -f tRNAScan.out.structure -m stat.list O157.fna

七、常见问题：

1、软件默认安装到HOME目录下，可以修改Makefile中的$HOME变量进行修改；
2、需要将程序目录添加到export PERL5LIB变量中，否则会提示找不到perl模块；
3、原始的输出结果只是列表形式的结果，需要自己从原始文件中提取出序列。