生物信息百Jia软件（十九）：cope

通哥点评
cope也是华大团队出品的一款软件，和SOAP系列其他软件类似，功能强大，使用简单，支持多种模式进行具有overlap的pairend  reads进行连接，连接的效果非常不错，其实我觉得要比flash，fastq-join这些工具好用的。

一、功能分类：

Pairend Read连接工具

二、软件官网：

http://sourceforge.net/projects/coperead/

三、软件介绍:

Cope的全称是 (Connecting Overlapped Pair-End reads) ，连接具有overlap关系的双末端测序reads。主要应用于illumina测序数据。illumina测序采用双末端测序，只测序一条序列的两端，中间区域是不测序的。例如一条500bp的片段，两端各测序100bp，中间的300bp是不测序的现在的miseq测序已经可以达到双末端300bp。这种情况下，两条reads中间就有overlap重叠，中间的100多bp被测序了两次。所以，可以将测序的两条reads连接起来了，连成一条更长的片段。如果是500bp文库，pair-end双末端测序，那么理论上可以连接成500dp的reads。

四、下载安装：

wget https://netix.dl.sourceforge.net/project/coperead/bin/cope-v1.2.5.tgz
tar -zxvf cope-v1.2.5.tgz
cd cope-v1.2.5
make

五、软件使用：

直接敲cope命令就会屏幕输入软件的帮助信息。
-a 输入reads1 文件，可以为fasta或者fastq格式，支持压缩
-b 输入reads2文件
-o 输出连接好的长reads文件
-2 reads1中没有参与连接的reads
-3 reads2中没有参与连接的reads
-l 发生连接overlap的下限阈值，默认是10，也就是两条reads之间的overlap大于10bp就发生连接
-u 发生连接overlap的上限阈值，默认是70
-c 匹配错误率的阈值
-B 质量值为2的比率阈值
-N 过滤连接时包含的N碱基
-T 先选择一定数量的reads来作为训练
-s 质量值体系，这个我们在多款软件中有提到了，这里面默认是phred 64的模式，现在一般是phred+33的质量值体系，这个地方需要注意一下。
-m 是运行的模式，cope有四种种运行模式。

六、使用案例：

cope -a reads.1.fq.gz -b reads.2.fq.gz -o connect.fq -2 left1.fq -3 left2.fq -m 0 -s 33 >cope.log 2>cope.error

七、注意事项：

1、连接reads之前要知道文库大小，确认pairend之间有overlap。
2、overlap碱基位于reads的尾部，这部分区域错误率相对高一些，因此必须允许一定的连接错配。