如何解决生物软件报错问题

经常有人截一张或几张生物软件报错的图给我，咨询一下错误原因，一般面对这种情况，我的内心都是奔溃的，尤其是我在手机上看的时候，因为屏幕太小，看不清。即使看清了，我也不知道什么原因。因为，我还做不到图像识别，看到什么软件报错，都能立刻给出原因，但是可以给出一些建议啊……

处理软件错误分为两步：
第一，诊断原因；
第二，寻找解决方案。

软件为何会出错？

在命令行模式下运行生物软件，主要考虑三个因素。软件，输入文件，选项参数。那么可能出错的地方也就在此。部分情况下也可能是硬件问题，比如资源不足。

1、command not found

这样的错误，原因就是软件没有安装，或者是软件路径没有写正确，还有一种可能是软件名写错了，或者没有区分大小写；

解决方案：
1、检测软件是否安装正确，有可执行程序，使用全路径试一下；
2、将软件可执行程序路径添加到.bashrc 文件中的PATH变量中

2、No such file or directory

如果敲软件名，软件可以运行，或者之前软件都可以运行，那么绝大部分就是输入文件的问题。输入文件经常出现“No such file or directory”，这就是因为输入文件路径写错了，在R语言中“Error: object 'x' not found”的错误与之类似。那么检查一下这个对象是否存在，是否有值。

解决方案
检查文件路径是否正确，文件是否存在；

3、文件格式

对于输入文件，另一个比较重要的错误就是文件格式。每一款软件都需要严格的输入文件格式，比如fastq，fasta，sam，bam，vcf等，不能随便输入。还有就是数量的问题，软件需要输入三个文件，你就不能输入两个，也不能输入四个。

4、软件选项参数

如果软件和输入文件都没有错误，那么就有可能是选项参数的问题。检查选项参数是否写正确，-i 是否写成-a了，是否忘了加空格。一般这种情况下，软件不会运行，而是给出帮助信息。

5、Permission denied

这个是因为没有写的权限，就会提示，“Permission denied”，有些软件默认安装到系统目录，普通用户没有权限往这些路径写内容。

6、缺少libxxx.so文件

这种一般是缺少配置，可能是系统中没有安装相应的软件包，也可能是安装了，你没有添加到到自己配置文件中。这种问题一般都是Google一下，或者bing一下错误，查一下到底缺的是哪个软件包，这种一般都是系统文件，找到之后通过yum或者apt安装上软件包就可以了。

如何解决错误？

如果是像上面介绍过的错误，一般容易发现，比较好解决。但是软件、输入文件，选项参数都检查过了，还是提示错误，该如何解决呢？

1、学会分析问题

好的软件在内部都会有处理错误的机制，比如perl或者python的程序，一般会提示错误，面对错误，一定要做到，不要害怕。尝试阅读提示内容。如果发现里面有Memory，那么就可能是和内存相关，是不是内存不够用了。如果是包含Socket，那么可能是网络问题等；

2、Google一下

你所遇到的问题，几乎别人都遇到过，所以，Google一下，或者bing一下错误，看一下别人同样的问题是如何解决的，Google几乎可以找到所有的报错内容。但是你最好要学会搜索，不要把好几页的错误内容都去Google，要学会使用关键字，至于如何使用个关键字搜索，这个你自己Google一下吧。

3、控制单因素变量测试

如果以上方法都试了，还是找不到错误，就尝试控制单因素变量，进行测试。例如有这样的代码，

barplot(x,xlab='', ylab="genexpression",names.arg=c("Control","Cold", "Osmotic", "Salt", "Drought", "Genotoxic", "Oxidative", "UV-B", "Wounding","Heat"),col = c(brewer.pal(9,"Blues")[1],brewer.pal(9,"Blues")[2],brewer.pal(9,"Blues")[3],brewer.pal(9,"Blues")[4],brewer.pal(9,"Blues")[5],brewer.pal(9,"Blues")[6],brewer.pal(9,"Blues")[7],brewer.pal(9,"Blues")[8],brewer.pal(9,"Blues")[9]),cex.axis=1.5,cex.names=1.5,legend.text= c("0 Hour", "After 0.25 Hour", "After 0.5 Hour", "After 1 Hour", "After 3 Hours", "After 4 Hours", "After 6 Hours", "After 12 Hours", "After 24 Hours"
),args.legend =list(x = "right",cex=1),beside=TRUE)
abline(h=0)

上面是一条很长的绘图函数。一次运行会出错，那么怎么办呢。这个时候就一点点筛选，到底是哪个地方出现了问题。
首先

barplot（x)

如果没有问题，在一点点加选项，直到找到出错的地方为止，就是这样。而不是全部代码中去查找。

4、截取部分数据测试

如果感觉数据有问题，就换另外的小数据测试一下，或者截取部分进行测试。比如人基因组很大的数据，如果运行程序出错了，可以用head命令每个截取一部分进行测试。

总结

以上只是我个人的一些总结，实际过程中，软件的错误是千变万化，五花八门的。这个还需要自己多去实践，尝试学会自己解决问题，因为，你每解决一个问题，就是一次很大的提高，每个人都是这么走过来的，唐僧也是需要经历九九八十一难才成佛的。

如何优雅的提问

希望你提的每一个问题，都是自己经过思考测试的，至少自己尝试着去解决了，而不是截图发到QQ群里。另外，希望你描述清楚你的问题，大家时间都很宝贵。还有最重要的一点，希望你有礼貌，不要刚加上微信，就连续发一堆截图给我，问我是什么原因，我TM知道你是谁。

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