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染色体分布图该怎么做

xiongxu 基因学苑 2022-03-29

基因组数据的可视化可帮助我们直观的了解基因组数据的分布的异常,从而快速定位异常区域的基因,找到致病原因。

我们在分析NIPT、CNV-seq、RNA-seq或者WES数据的时候,经常需要从染色体层面去了解某些因素在整个染色体水平的变化规律,如果CNV-seq经常需要了解异常CNV片段的分布,RNA-seq,需要了解表达量在整个染色体水平的分布。

了解js的可以研究下这个工具,js便于动态交互特效。

https://github.com/eweitz/ideogram

下面是本人实现的WES数据call的CNV分布


上面的图看似纵向拉的有点长了,有很多图是这么做的

但上面的图横向拉的又太长了,小的CNV看不太明显。


在这本人推荐一个很好的,染色体布局的R包

https://github.com/jokergoo/gtrellis

以下是两个例子,可实现纵向和横向分布的平衡。


有好的工具大家也可参与讨论


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