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这样学习生物信息最有效
编者按
我把自己收藏很多的kindle电子书都彻底删除了，因为我已经意识到这些东西已经收藏很久了，几年来一直都没有看，未来很长时间应该也不会看。现在学习生物信息也是一样，可选的内容太多了。书籍，微信公众号，博客，教学视频，培训班等等学习方式，那么为什么还没有学会呢？其实，很多时候，表现的只是某种形式，比如我收藏了资料，但这并不能等于理解了。经常有购买我视频的人问我，五年之后不能看了怎么办，就是一个mega画树的教程，大概一个小时左右就能学会，为什么不能现在就学完，还要都能到五年之后呢。
纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行
以前在鞋厂的时候，根本没有练习的时间，上来就直接给你真实的数据开始做，自己想办法解决，可以自己搜索资料，可以去问周围的人。当时很诧异，应该有个系统培训的过程，发一些培训材料学习一下啊。但是都没有，就是直接上手。直到后来过了很久终于理解这种“以项目，带人才”的模式，因为，生物信息这类工作就是实践性很强的工作，在实践中遇到问题，解决问题才是正确途径，所有人都是这么走过来的。
很多微信公众号的内容写的很不错，无论是单篇的技能教程还是一个系统的分析过程。如果自己能亲自动手操作一遍，是不是更好呢。
我们配置的云服务器中内置大量生物信息分析案例，登录之后直接运行，快速掌握。
| 目录名 | 案例 |
|---|---|
| 1.Linux | Linux练习脚本 |
| 2.bioconda | 安装bioconda练习 |
| 3.fastqc | fastqc质控 |
| 4.fqcheck | fqcheck质控绘图 |
| 5.fastp | fastp数据过滤 |
| 6.trimmomatic | trimmomatic数据过滤 |
| 7.readfq | readfq数据过滤 |
| 8.fastx | fastx数据过滤 |
| 9.cutadapt | 暂无 |
| 10.soapnuke | soapnuke数据过滤 |
| 11.jellyfish | kmer分析 |
| 12.kmerfreq | kmer分析绘图 |
| 13.bwa | bwa比对 |
| 14.samtools | samtools处理bam文件 |
| 15.soap | soap比对 |
| 16.bowtie2 | bowtie2比对 |
| 17.tophat2 | tophat2比对 |
| 18.hisat2 | hisat2比对 |
| 19.subread | subread比对 |
| 20.featureCount | 统计reads数 |
| 21.htseq.count | 统计reads数 |
| 22.star | RNAseq |
| 23.kallisto | kallisto计数 |
| 24.cope | 连接pairend |
| 25.flash | 连接 |
| 26.SOAPdenovo | 短序列拼接 |
| 27.spades | illumina与Ion |
| 28.Newbler | 454以及长reads拼接 |
| 29.velvet | 短序列拼接 |
能动手尽量别吵吵
将案例数据拷贝至个人目录下，
cp -Rv /ifs1/Example/13.bwa/ ./
cd 13.bwa/
cat bwa.sh
运行脚本
bwa index -a is ref.fna
bwa mem -t 4 -R '@RG\tID:A1\tPL:illumina\tSM:MTB' ref.fna /ifs1/Sequencing/H37Rv_clean.1.fq.gz /ifs1/Sequencing/H37Rv_clean.2.fq.gz >A1.sam
bwa mem -t 4 -R '@RG\tID:B1\tPL:illumina\tSM:MTB' ref.fna /ifs1/Sequencing/H37Rv_clean.1.fq.gz /ifs1/Sequencing/H37Rv_clean.1.fq.gz | samtools view -Sb - | samtools sort -> A1.sort.bam
读万卷书，行万里路
我们每周会为用户提供1-3个生物信息案例，供用户学习，包含脚本，数据，文档，在服务器里直接运行即可得到结果，省去自己准备数据的大量时间，可以快速掌握一项分析技能。学习生物信息从未如此容易。
| 目录名 | 案例 |
|---|---|
| 30.gapcloser/ | 补洞 |
| 31.SSpace/ | 连接scaffold |
| 32.trinity/ | 转录组拼接 |
| 33.glimmer/ | 原核生物基因预测 |
| 34.prodigal/ | 原核生物基因预测 |
| 35.genemarks/ | 基因预测 |
| 36.augustus/ | 真核生物基因预测 |
| 37.rnammer/ | rRNA预测 |
| 38.tRNAscan/ | tRNA预测 |
| 39.RepeatMasker/ | 重复序列分析 |
| 40.trf/ | 串联重复序列预测 |
| 41.gcdepth/ | gcdepth图 |
| 42.OnlineAnalysis/ | 基因组在线分析网站列表 |
| 43.batch_entrez/ | 批量下载序列 |
| 44.insertsize/ | 插入片段分析 |
| 45.blast/ | blast比对 |
| 46.blastplus/ | blast+比对 |
| 47.blat/ | blat比对 |
| 48.fasta/ | fasta比对 |
| 49.diamond/ | diamond比对 |
| 50.lastz/ | lastz全局比对 |
| 51.mummer/ | mummer比对以及找SNP |
| 52.muscle/ | muscle多序列比对 |
| 53.clustalW/ | clustalw多序列比对 |
| 54.mafft/ | mafft多序列比对 |
| 55.mega/ | megacc比对 |
| 56.hmmer/ | hmmer比对 |
| 57.phylip/ | 构建系统发育树 |
| 58.treebest/ | 构建系统发育树 |
| 59.iTol/ | iTol在线编辑系统发育树练习数据 |
| 60.seqtk/ | seqtk序列处理 |
| 61.seqkit/ | seqkit序列处理 |
| 62-gatk4/ | gatk找SNP |
| 63-bcftools/ | bcftools工具 |
| 64-freebays/ | freebays找SNP |
| 65-mutec2/ | 找somatic |
| 66-muse/ | 找somatic |
| 67.SomaticSniper/ | 找somatic |
| 68.strelka/ | 找somatic |
| 69.VarScan2/ | 找somatic |
| 70.snpEff/ | 变异结果注释 |
| 71.svsim/ | 模拟SV |
| 72.vcftools/ | 处理vcf文件 |
| 73.picardtools/ | picardtools工具 |
| 74.annovar/ | 变异结果注释 |
| 75.cnvnator/ | 找CNV |
| 76.vep/ | 变异结果注释 |
| 77.lumpy/ | 找SV |
| 78.delly/ | 找SV |
| 79.manta/ | 找SV |
| 80.svtools/ | sv处理工具 |
| 81.tcga_downloac/ | TCGA数据下载 |
| 82-busco/ | 序列拼接结果评估 |
| 83-bedtools | 处理bed格式文件 |
| 持续更新中 | …… |
如何购买
直接复制淘宝链接到浏览器中访问，
https://item.taobao.com/item.htm?spm=a1z10.3-c.w4002-10284985292.38.6d9245dbVjkgFZ&id=44171484650
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