一些压箱底的Linux技巧
编者按
Linux的强大之处就在于它的批量化和自动化，能够高效的完成工作，即使比较复杂的工作，通过一条命令就能够快速完成，另一方面，Linux系统相对完善，只要你能想到的功能，只要耐心去搜索，都能够找到比较好的解决方案。这里我们介绍一些平时我工作中常用中Linux技巧，可以极大提高我的工作效率，如果你有更好的技巧，也欢迎留言给我。
time
time命令可以用于计算任务消耗时间，只需要在执行命令前面加上time即可。
例如
# sleep命令设置休眠60秒
$ time sleep 60
real 1m0.009s
user 0m0.000s
sys 0m0.005
输出的信息分别显示了该命令所花费的real时间、user时间和sys时间。
real时间是指挂钟时间，也就是命令开始执行到结束的时间。这个短时间包括其他进程所占用的时间片，和进程被阻塞时所花费的时间。
user时间是指进程花费在用户模式中的CPU时间，这是唯一真正用于执行进程所花费的时间，其他进程和花费阻塞状态中的时间没有计算在内。
sys时间是指花费在内核模式中的CPU时间，代表在内核中执系统调用所花费的时间，这也是真正由进程使用的CPU时间。
locate
locate命令可以快速定位需要的文件路径，其实是相当于find -name。但是find搜索比较慢，locate从一个目录文件中进行搜索，因此比较快。
#搜索服务器中dbsnp数据库路径
$ locate dbsnp_138
locate是搜索一个数据库/var/lib/locatedb，这个数据库中含有本地所有文件信息。系统自动创建这个数据库，并且每天自动更新一次，所以使用locate命令查不到最新变动过的文件。为了避免这种情况，可以在使用locate之前，先使用updatedb命令，手动更新数据库。
disown
如果执行了一个比较大的任务，下班要关机走人，但是之前没有使用nohup放到后台，这个时候怎么办呢？
disown可以将后台运行的任务，忽略hup信息，也就是变成nohup模式。
sleep 100
按ctrl+z 切换为后台
jobs
[1]- Running sleep 100 &
disown
注：screen 命令也可以完成类似的功能，但是对于新手过于复杂，感兴趣的可以研究下screen命令。
sed+awk
sed和awk是Linux系统下非常强大的文本处理工具，其实awk本身就是一门语言。sed主要用于替换，但是也可以输出任意的行，而awk可以输出任意的列，sed+awk的组合就可以输出文件中的任意位置的信息。
#输出文件第100到200行，第3到第5列
sed -n '100,200' seq.fna |awk '{print $3,$4,$5}'
xargs
xargs是给命令行传递参数的一个过滤器，也是组合多个命令的一个工具。它把一个数据流分割为一些足够小的块，以方便过滤器和命令进行处理。通常情况下，xargs从管道或者标准输入中读取数据，但是它也能够从文件的输出中读取数据。xargs 是一个强大的命令，它能够捕获一个命令的输出结果，然后传递给另外一个命令。
#搜索当前目录下所有一点fna结尾的文件，然后删除掉。
find ./ -name *.fna | xargs rm
#将某个目录下fq.gz格式的文件，拷贝至当前目录。
find ../../ -name "*.fq.gz | xargs -I {} cp {} .
快捷键
命令行有很多快捷键，熟练使用快捷键可以极大提高效率。
Ctrl+A 快速回到命令行行首
Ctrl+E 快速回到命令行行尾
Ctrl+右箭头：向右移动一个单词
Ctrl+左箭头：向左移动一个单词
Ctrl+F：向右移动一个字符，相当于按向右按键
Ctrl+B：向左移动一个字符，相当于按向左按键
Ctrl+C 终止当前命令
Ctrl+D 给程序一个终止信号，一般相当于exit
Ctrl+R 快速搜索历史记录
Ctrl+Z 暂停当前任务
Ctrl+L 清空当前屏幕
Shift+Insert 粘贴
Tab 补齐
!!：执行上一条命令
!num：执行历史命令中第num条命令
!-num：执行历史命令中倒数第num条命令
!?string?：执行最近一条包含有string字符串的命令
echo
echo命令只是用于在命令行显示内容，但是可以使用echo将命令行内容保存到一个脚本中。首先测试命令行内容是否可以执行，然后终止掉。使用向上箭头回到上一条命令。使用Ctrl+A快捷键快速回到行首，使用echo将命令保存到脚本中。
$ SOAPdenovo-63mer all -s lib.list -K 45 -o kmer45/kmer45 -D 1 -d 1 -u 2 -p 2>kmer45.log
Ctrl+C终止掉，回到这条命令，Ctrl+A切换到行首，使用echo命令
$ echo "SOAPdenovo-63mer all -s lib.list -K 45 -o kmer45/kmer45 -D 1 -d 1 -u 2 -p 2>kmer45.log " >soapdenovo.sh