生物信息培训班（南京站）开课通知

随着新一代测序技术的发展，生物信息在生物学研究中发挥了越来越重要的作用，成为生物学研究中不可或缺的工具，在科学研究，农业育种，临床医学中发挥了越来越重要的作用。随着测序行业的快速发展，数据累积越来越快，掌握生物信息技能将在生物学研究中发挥巨大的优势。
本次培训班，通过5天的系统学习，您将掌握测序原理及其在科研中的应用，熟练掌握Linux操作，常用生物软件的使用。并能独立完成基因组，重测序，RNAsedq的分析以及常见科学文献绘图等。培训之后，通过继续使用服务器，巩固生物信息分析技能，助您尽快发表SCI。

课程特色：

1、五天时间，包含丰富学习内容；
2、课程包含Linux，基因组分析，重测序分析，RNAseq分析，R语言等生物信息常用技能。
3、以完整项目为案例，通过亲自上手操作，快速掌握技能。
4、赠送9套500多集生物信息视频教程，可继续巩固学习。
5、半年生物云服务器（32线程，256G，24T）使用权限，可分析自己数据；
6、课程内容讲义一份；
7、QQ交流群，可进行后续答疑；

主讲老师：

王通：曾任职于华大基因，8年以上生物信息分析经验，擅长基因组，转录组，宏基因组，肿瘤基因组等数据分析。曾任华大基因高级讲师。2015年开始创业，主要做生物信息培训工作。国内最早生物信息教学视频制作者，已制作视频500集以上。首创视频＋云服务器培训模式，目前已在北京，深圳，哈尔滨，杭州，武汉，长春，青岛等组织过多场培训班，线上线下累计学员超过4000多名。

报名须知：

时间：11月28~12月2日（五天）
每天早上8:30~17:00。

上课地址：根据报名情况待定。

注意事项：

培训费用：5000元。
付款方式：银行对公转账
户      名：青岛同源基因科技有限责任公司
开户银行：中国建设银行青岛高新区支行
账户：37101006101052502221
可以现场刷卡或扫码支付等，会议通知等请联系工作人员，

联系方式：

电话：[phone]

课程安排：

第一周
日期	主题	课程安排
第一天 （上午）	基因组Denovo分析	生物信息学简介 实践一：登录服务器 SSH登录服务器 服务器上传下载数据 Linux基本命令 实践二：数据质控 测序原理 fastq文件格式介绍 数据质控fastqc 实践三：编写脚本 vim文件编辑 进程管理 管道 重定向
第一天 （下午）	基因组Denovo分析	实践四：数据过滤 利用fastp软件过滤数据 实践五：序列处理 文本筛选grep 高级命令sed 高级命令awk seqtk工具 实践六：序列拼接 kmer估计基因组大小 pairend reads连接 基因组序列拼接 三代测序拼接 拼接结果评估 GC-depth图 如何改善拼接结果
第二天 （上午）	测序原理及数据质控	实践七：基因组分析 基因预测 ncRNA分析 重复序列分析 基因功能注释和功能分类 其他基因组分析 在线分析 实践八：构建系统发育树 批量下载序列 多序列比对 利用mega构建系统发育树 iTOl美化系统发育树
第二天 （下午）	常见基因组分析	实践九：基因组比较 全局比对 局部比对 寻找共有基因 实践十：其他 生物软件下载 编译安装软件 bioconda安装软件 参考基因组下载 生物数据库下载 Aspera高速下载
第二周
日期	主题	课程安排
第一天 （上午）	重测序分析	重测序简介 变异检测基本原理 GWAS、WGS、WES、RAD、GBS、BSA 实践十一：短序列比对 bwa比对 sam格式介绍 samtools处理sam格式文件 实践十二：SNP检测 利用freebayes找SNP vcf格式介绍
第一天 （下午）	基因组变异检测	bcftools处理vcf文件 过滤SNP结果 实践十三：人全基因组分析 利用gatk找SNP 利用mutects找somaic突变 利用lumpy找SV 利用delly找SV 利用cnvnator找 实践十四：变异结果可视化 利用igv查看变异结果 实践十五：变异结果注释 变异结果注释snpeff
第二天 （上午）	R语言基础	R语言简介 R语言安装 Rstuido介绍 基本命令 安装R包 获取帮助 读写文件 R数据类型 案例1：绘制人染色体长度分布图 案例2：绘制基因表达热图 案例3：利用R实现vlookup提取数据
第二天 （下午）	R语言统计分析	案例4：频数统计与独立性检验 案例5:t检验与wilcox检验 案例6:相关性检验 案例7:线性回归 案例8:基因组大小与基因个数线性回归 案例9：购物篮分析 案例10: R语言与机器学习案例——乳腺癌预测
第三天 （上午）	R语言与生物信息	Bioconductor简介 RNAseq原理 hisat2比对 统计reads数 利用11语言分析RNAseq数据 案例12：差异表达基因火山图 案例13：GO功能注释条形图 案例14：KEGG富集点图
第三天 （下午）	R语言绘图	案例15：分组条形图 案例16：基因长度分布直方图 案例17：饼图及扇形图 案例18：箱线图 案例19：韦恩图 案例20：gwas分析曼哈顿图 案例21：COG功能注释图

*具体课程会根据现场情况适当调整

参加培训班，赠送生物云计算资源以及视频教程