生物信息常用30个Linux命令（一）

学习生物信息，Linux是必须掌握的内容，其实常用的Linux命令也就30个左右，而且这些命令都是单词的简写，记忆起来并不困难。从这次内容开始，我们将详细介绍这30个左右的命令。

1、cd

cd：Change directory
修改工作目录，cd和ls应该是使用最多的两个命令，尤其是对于Linux目录结构不熟的用户。

cd /  #进入根目录
cd -  #返回上次的目录
cd  #返回home目录
cd ~ #返回home目录
cd ../ # 返回上一级目录

2、ls

ls：List files

-a  列出包括.a开头的隐藏文件的所有文件
-A  通-a，但不列出"."和".."
-l  列出文件的详细信息
-c  根据ctime排序显示
-t  根据文件修改时间排序
---color[=WHEN] 用色彩辨别文件类型 WHEN 可以是'never'、'always'或'auto'其中之一

3、pwd

print working directory

$pwd
/home/wangtong

4、sh

script
运行脚本的命令，脚本是包含很多命令的一个文件，sh 这个文件，就可以之和运行，例如目录下有个多个sh文件，就可以一次运行。

$ sh a1.index.sh;
sh a2.fasqc.sh

5、cp

cp: Copy file
拷贝并粘贴文件
-b  覆盖前做备份
-f  如存在不询问而强制覆盖
-i  如存在则询问是否覆盖
-u  较新才覆盖
-t  将多个源文件移动到统一目录下，目录参数在前，文件参数在后

cp a1.index.sh a2.index.sh

6、mv

mv: Move file
移动文件，相当于windows下的剪切粘贴，如果剪切粘贴到同一目录下，则为重命令。
-b  覆盖前做备份
-f  如存在不询问而强制覆盖
-i  如存在则询问是否覆盖
-u  较新才覆盖
-t  将多个源文件移动到统一目录下，目录参数在前，文件参数在后

mv a1.index.sh ../

7、rm

rm: Remove file
删除文件
-r  删除文件夹
-f  删除不提示
-i  删除提示
-v  详细显示进行步骤
注意！命令行模式下删除文件不可恢复。

rm -rf *.fna  #删除目录下所有以.fna结尾的文件

8、ln

ln: Link files
创建连接文件，包括软连接和硬链接，一般软连接比较常用，相当于windows下的快捷方式。
-s  建立软连接  
-v  显示详细的处理过程

ln -s /ifs1/Example ./ #为/ifs1/Example目录在当前目录下创建一个快捷方式

9、vim

vim是Linux系统自带的文本编辑器，可以理解成为windows系统下的word软件。

:w filename 将文章以指定的文件名保存起来  
:wq 保存并退出
:q! 不保存而强制退出
命令行模式功能键
1）插入模式
  按「i」切换进入插入模式「insert mode」，按"i"进入插入模式后是从光标当前位置开始输入文件；
  按「a」进入插入模式后，是从目前光标所在位置的下一个位置开始输入文字；
  按「o」进入插入模式后，是插入新的一行，从行首开始输入文字。

2）从插入模式切换为命令行模式
按「ESC」键。
3）移动光标
　　vi可以直接用键盘上的光标来上下左右移动，但正规的vi是用小写英文字母「h」、「j」、「k」、「l」，分别控制光标左、下、上、右移一格。
　　按「ctrl」+「b」：屏幕往"后"移动一页。
　　按「ctrl」+「f」：屏幕往"前"移动一页。
　　按「ctrl」+「u」：屏幕往"后"移动半页。
　　按「ctrl」+「d」：屏幕往"前"移动半页。
　　按数字「0」：移到文章的开头。
　　按「G」：移动到文章的最后。
　　按「$」：移动到光标所在行的"行尾"。
　　按「^」：移动到光标所在行的"行首"
　　按「w」：光标跳到下个字的开头
　　按「e」：光标跳到下个字的字尾
　　按「b」：光标回到上个字的开头
　　按「#l」：光标移到该行的第#个位置，如：5l,56l。

4）删除文字
　　「x」：每按一次，删除光标所在位置的"后面"一个字符。
　　「#x」：例如，「6x」表示删除光标所在位置的"后面"6个字符。
　　「X」：大写的X，每按一次，删除光标所在位置的"前面"一个字符。
　　「#X」：例如，「20X」表示删除光标所在位置的"前面"20个字符。
　　「dd」：删除光标所在行。
　　「#dd」：从光标所在行开始删除#行

5）复制
　　「yw」：将光标所在之处到字尾的字符复制到缓冲区中。
　　「#yw」：复制#个字到缓冲区
　　「yy」：复制光标所在行到缓冲区。
　　「#yy」：例如，「6yy」表示拷贝从光标所在的该行"往下数"6行文字。
　　「p」：将缓冲区内的字符贴到光标所在位置。注意：所有与"y"有关的复制命令都必须与"p"配合才能完成复制与粘贴功能。

6）替换
　　「r」：替换光标所在处的字符。
　　「R」：替换光标所到之处的字符，直到按下「ESC」键为止。

7）回复上一次操作
　　「u」：如果您误执行一个命令，可以马上按下「u」，回到上一个操作。按多次"u"可以执行多次回复。

8）更改
　　「cw」：更改光标所在处的字到字尾处
　　「c#w」：例如，「c3w」表示更改3个字

9）跳至指定的行
　　「ctrl」+「g」列出光标所在行的行号。
　　「#G」：例如，「15G」，表示移动光标至文章的第15行行首。

10、mkdir

mkdir：Make directory
创建文件夹
-p  递归创建目录，若父目录不存在则依次创建
-m  自定义创建目录的权限
-v  显示创建目录的详细信息

mkdir rnaseq #创建一个名为rnaseq的目录